英雄ギルガメスによって崩壊した「ドルアーガの塔」が八十年の歳月を経て復活した。邪神ドルアーガを倒すため、ウルク国は何度も軍隊を塔に派遣するも、その遠征はことごとく失敗に終わる。そんな中、女神イシターの啓示を受けた青年ジルは英雄王ギルガメスにより、邪神を打ち倒す勇者の証として光輝く黄金の鎧と剣を拝受する。かくして民衆の歓喜に見送られ邪神討伐に赴いたジルは途中、弓使いのニーバ、メイジのファティナなど心強い仲間とめぐり合い、見事「塔」最上階への登頂を果たすのだった…！