秀树的存款所剩无几，于是四处寻找工作。但是因为经济不景气，秀树没有找到工作。秀树垂头丧气的走在街上，被乐意之至居酒屋的裕美无意间用水弄湿衣服，在换穿居酒屋的工作服后，又被当做新进的职员分配任务。误打误撞，秀树因为勤劳认真被老板大村铁哉留下来成为居酒屋的服务员。于此同时，叽学会一些日常用语，但她喜欢指着所有东西叫“秀树”让秀树很头疼。

　　在秀树的教导下，叽学会很多日常用语。但是对叽来说，最重要的还是衣服。管理员日比谷千岁送来外套，仍然缺少内裤。秀树在女式内衣店外徘徊多时，却因为害羞不敢走进去，于是秀树回到家交待叽自己买衣服。新保弘把丝茉茉借给秀树，用作叽的导航仪，在丝茉茉的引导下，叽自己出门买内裤。经过一系列乌龙事件后，叽成功买回一条男士内裤。最终，还是秀树鼓起勇气为叽买回女式内裤。

　　后天有一场比较重要的考试，秀树向乐意之至居酒屋的老板请了一天假，打算在家好好复习。复习的过程中，秀树发现自己的英语字典遗忘在老家，于是带着叽去书店买字典。因为钱不够，秀树只为叽买了画册《没有人的小镇》。新保弘借给秀树字典，秀树便在新保弘的屋子里复习。等他回到自己的屋子时发现叽浑身发光浮在半空，却找不到原因。在叽的鼓励下，秀树坚持复习，最终顺利通过考试。

　　叽突然变的和之前不一样，反应变慢，原来是因为叽的电量减少。人形电脑平时在户外可以利用太阳能自我充电，而叽因为很少出门所以只能用充电器充电。秀树没钱交电费、电话费等，使得叽没法充电。于是秀树背着叽去乐意之至居酒屋，本打算走近路的秀树，因为道路维修反而绕了远路。关键时刻，管理员日比谷千岁出现，把秀树和叽带回公寓，并给叽充满电。

　　秀树爬到7楼，叽已不在偷窥小屋，秀树又跑到街上继续寻找叽。此时的叽停在车站前的钟表上，周围的人形电脑突然间全部停机，国分寺稔制作的超级电脑柚姬也不例外。秀树追着在路灯上方跳跃的叽来到护城河边，在叽即将掉入河中时救下了叽。第二天，担心叽会再次出事的秀树，帮叽找了份工作—奇洛如蛋糕店五周年庆祝活动促销员。店长植田弘康在活动结束后继续雇佣叽，并告诉叽只能拥抱自己喜欢的人。

　　秀树和叽去国分寺稔家问关于网络的事情，被柚姬讲的关于城崎公寓104房间的鬼故事吓到。被秀树纠缠不止的新保弘，带着国分寺稔一行人查探缘由。原来，管理员日比谷千岁在搬进来时把公寓1楼的4间房子改成3间，缺少的是102，而不断闪现的光是日比谷千岁想要更换灯泡时造成的。秀树终于放心，却无人发现叽却在公寓里多次听到呼唤声。

　　居酒屋店长大村铁哉村借给秀树一套DVD播放机，秀树去买DVD的时候碰到前来购买游戏的国分寺稔，国分寺稔送给秀树一套游戏。等大家进入游戏后，却发现叽不在。第二天晚上，叽一次没有出现。为寻找叽，秀树等人遭遇大魔王，在大家即将失败的时候，叽突然出现打败大魔王。叽却没有任何游戏记忆，国分寺稔推测叽无法进入游戏是因为她有超越一般电脑的性能。

　　夏天即将到来，新保弘邀请大家去海边玩。因为国分寺稔在海边有别墅，大家可以免费住宿，因此秀树和叽也加入到海边游中。因为秀树不会游泳，大家乘坐国分寺稔的私人游艇近距离观看海豚。秀树看到海豚跃出海面非常高兴，于是叽跳入海中想要让他更高兴。秀树也跳入海中去救叽，却反被叽救了。最后大家安全无事的回到国分寺稔的别墅。

　　第二天，把丝茉茉留给秀树照顾的新保弘没去上学，清水多香子也未出现在补习学校。通过新保弘打来的电话，秀树得知两人已私奔。清水多香子的丈夫因为一直沉迷于人型电脑，经常冷落她。新保弘不忍心让清水多香子感到孤单，于是故作勇气追求她。两人本打算好好谈谈，清水多香子因为害怕所以去秀树那里借住，却因为秀树的一番话心里有所松动，最终与新保弘私奔。

　　秀树上一次的考试很不理想，所有成绩都是E。在清水多香子老师的建一下，秀树向居酒屋请一个星期的假，准备好好复习参加接下来的全国模拟考。不幸的是秀树弄丢了刚发的工资，于是只能忍饥挨饿的进行复习。叽想让秀树恢复精神，在管理员日比谷千岁的帮助下，叽成功的做出咖喱饭，笑容再一次回到深受感动的秀树脸上。

　　国分寺稔收到的是一张地图，经过柚姬的对比分析，最终确定“蜻蜓”小岛良由起的住所。小岛良由起正在用20台电脑分析叽，却激活了叽的防御体系，被叽用数据线绑起来，所有的电脑再一次当机。等秀树与新保弘赶到小岛良由起的家时，叽全身发光，之后便失去意识。而日比谷千岁在公寓里继续画《没有人的小镇》，神秘人之一则对着电脑中的地图深思。

　　网络传言，人形电脑由一个神秘组织开发，因为组织者与研发者之间的矛盾，研发者私自开发Chobits系列，日比谷千岁是核心研发人员之一。柚姬想要替国分寺稔分担破解工作，因此一个人强行侵入组织网络中下载文件。由于对方的拦截，柚姬失去关于国分寺稔姐姐的资料，国分寺稔拒绝再次输入这些信息，因为他终于明白“没有人可以代替姐姐，同时也没有人可以代替柚姬”。

　　听到秀树说“我喜欢叽”，叽立刻启动既定程序，神秘二人组突然出现进行阻拦。叽在马上成功时放弃了，因为“电脑代替不了人”，并把体内的芙蕾雅变出来。日比谷小姐报出密码“CHOBITS”，删除她们的所有资料。面对秀树心痛的表白，电脑留下眼泪，叽重新出现，执行完程序。一切回到正轨，但是有些东西已经改变，并在悄悄的发挥作用。