サンジを仲間に加えたルフィたちは、“アーロンパーク”へ向ったナミを追う。アーロンとは、王下七武海の一人・ジンベエと肩を並べるほどの魚人だという。ナミに続いて一同もアーロンパークのある島へ到着するが、ゾロが作戦もなしに斬り込もうとして…。

アーロン一味から逃げるウソップは、ナミの義姉ノジコに助けられ、ナミがアーロン一味の幹部をしている理由を聞くことに。一方アーロンパークへ連れられたゾロは、アーロン一味の幹部ナミを試そうと、手足を縛られたままプールに飛び込む！

ゾロはアーロンの留守中にアーロンパークの一味を全て斬り、ウソップを助けようとココヤシ村へ。一方、アーロンパークに戻ったアーロンは、ゾロが“海賊狩りのゾロ”と知り、ナミを疑う。そしてゾロと入れ違いに捕まえられてきたウソップを刺すように命じる！

ナミがウソップを殺したと知らせるジョニー。そこにナミが現れる。怒りのゾロとナミをかばうサンジが言い争いをはじめるが、それをよそにナミはこの村のことに首を突っ込まないで去っていく。その後、ウソップが戻ってきて、ナミに助けられたと告げ…。

ルフィを除くゾロ、ウソップ、サンジは、8年前のいきさつをノジコから聞く…。自分の目で見た世界地図を作るのが夢の少女ナミは、ノジコと共に、貧しいながらもベルメールに育てられていた。ベルメールは元海兵で、ノジコとナミとは戦場で出会ったのだ。

ベルメールの家が“貢ぎ金”を要求するアーロンに見つかってしまった！独身のベルメールの“貢ぎ金”は1人分あり、命は助かるはずだった。だが、血が繋がってないからこそ、ノジコとナミをいない事には出来ず、金が足りないとアーロンに撃たれてしまう！

あと少しでアーロンから解放される金額の1億ベリー。だが、アーロンと結託する海軍大佐のネズミが、ナミの盗んだ金品の没収を告げる。みかん畑から出て来る、8年間コツコツ貯めた財宝。あまりの仕打ちに激昂したナミを止めようとして、ノジコが撃たれる！

“アーロンパーク”に乗り込んだルフィが、アーロンを一発ぶっ飛ばす！続いて踏み入るサンジ、ウソップ、ゾロ。だが、ルフィが“ゴムゴムの風車”を試し、その足が抜けなくなったため、アーロンは石を切り取りルフィをプールへ投げ込む！

ゾロはミホークに受けた傷が深く、ハチとの戦いの中立つのもやっとの状態。サンジも魚人空手40段のクロオビに手を焼いていた。ルフィはかろうじてゲンゾウとノジコに息ができる状態だった。ゾロは、ヨサクとジョニーから刀を借りて、三刀流に戻る！

ルフィを救おうと海に飛び込んだサンジだが、クロオビの一撃を食らい呼吸に苦労する！水中では魚人が圧倒的に有利。だが女性を守る自分の騎士道を侮辱されたサンジは、クロオビのエラに息を吹き込んで逆に相手の呼吸を止めて逃れ、闘いの場を地上に移す！

ナミはアーロンに戻るよう選択を迫られるが、ルフィを信じ、村人の命と共に奴と最後まで戦うと宣言！ゾロが傷を露わにされながらもアーロンを足止めし、サンジがプールへ飛び込みルフィの石を蹴り砕き、水から自由になったルフィが復活した！！

ルフィはアーロンの歯を折るが、それは何度でも生え変わる“歯＜トゥース＞ガム”。両手に歯を持ってルフィに襲い掛かって来る！加えてアーロンは一度海に入り、海から飛び出す“鮫＜シャーク＞・ON・DARTS”を繰り出すが…。

アーロンがナミを道具のように扱い海図を描かせて来たと、ルフィは知る。ナミにとって“居たくない居場所”である部屋を壊しはじめるルフィ。ルフィは“ゴムゴムの斧”を振り下ろし、アーロンごと踏み抜き、“アーロンパーク”を崩壊させる！！！

アーロンからの解放を喜び、島はお祭り騒ぎ！ルフィは食べ続け、ゾロはDr傷の手当てをしてもらう。ナミは墓前でベルメールに報告する。そして村を去る前にDr.ナコーにナミは、アーロンの刺青を消し、新しい刺青を頼む。それはみかんと風車で…。

麦わらの一味になったナミは、新聞から落ちたルフィの手配書を見る。賞金は3千万ベリー！海軍ではルフィたちの捕縛への動きが活発になり。医者を目指し始めたカヤは写真に写り込むウソップに喜ぶ。そして、これまで出会った人々も記事を目にしていた。

バラバラのボディパーツの大部分をナミに奪われ、ルフィにオレンジの村から弾き飛ばされたバギーは、孤島にいた！復讐に燃えてイカダで海に出るが、小さいままでは魚や鳥にも命懸け。珍獣の島でガイモンと出会い、2人は酒を酌み交わし意気投合するが…。

オレンジの村を追われたバギー以外のバギー一味は、バラバラパーツを回収しつつ、ビッグトップ号で逃げていた。クマテ族の島でバギーの葬式を済ませると、次期船長の座を巡りモージとカバジが一騎打ち！戦いは意外な決着を迎えるが…。

麦わらの一味はそれぞれの買物のためにローグタウンへ上陸。ルフィはゴールド・ロジャーの処刑台に向かう。ゾロがミホークに折られた二刀の代わりを探していると、くいなにそっくりの女性に出会う。一方で、海軍基地にはルフィたちの情報が届けられていて…。

自分を逮捕しようとするスモーカーに対し、ルフィは技を失敗、吹っ飛んでしまう。ゾロはたしぎに連れられ眼鏡の償いに海軍で掃除をするが、海兵に正体がバレて飛び出す。その後、武器屋でたしぎと再会。そこでゾロは妖刀“三代鬼徹”を手にするが…。

ウソップは欲しかったスナイパーゴーグルを、少女キャロルに先に買われてしまう。ウソップは自分は3千万ベリーの賞金首だとウソをついてすごむが、彼女の父はダディ・マスターソン。スモーカーの元同期で、有名な銃使いの賞金稼ぎだった。

“東の海＜イーストブルー＞”No．1コックになる為、評判の腕利き料理人たちに挑んで来たカルメン。しかし『バラティエ』の副料理長こそが一番と聞き、サンジに挑戦する。料理コンテストの賞品・海の宝石エレファント・ホンマグロをかけた勝負がはじまる！

やっと処刑台に登ったルフィは、海賊王が最後に見た景色を眺める。そこへアルビダとバギー一味が襲い掛かる！海賊全員を包囲しようとするスモーカー率いる海軍が見守る中、カバジがルフィを抑え込みバギーが処刑しようとするが…。

ナミが感じた通り嵐になったローグタウン。海軍がバギー、アルビダを捕獲後、メリー号を沈めにかかる。たしぎはゾロに挑み、スモーカーはルフィを阻む。海軍に手こずるサンジに、ウソップが加勢。果たして麦わらの一味は無事出航できるのか？

嵐が去り、晴れた海に、魚だと思ってとルフィが腕を伸ばしてつかんだもの、それは見知らぬ少女だった。アピスという名のその少女は、嵐を利用して海軍の船から逃げ出していた。ルフィ達は進路を少し変えて少女の故郷の軍艦島へ送っていく事にするが…。

“凪の帯＜カームベルト＞”に入ったメリー号だが、海王類のくしゃみで無事脱出し、軍艦島へ到着。長老ボクデンの家で歓迎を受ける。軍艦島の民は大昔海底に沈んだロストアイランドの末裔で、海軍の狙いは“竜骨”という不老不死の妙薬だという。

海軍艦隊が軍艦島を封鎖した。リュウ爺をロストアイランドへ連れて行くと約束したルフィはリュウ爺を乗せる荷車を作り、“カマカマの実”の能力者だったエリックの攻撃をしのぎながら、ルフィ達はリュウ爺を乗せた荷車で一気に山を駆け降りる。

エリックはセンネンリュウを連れたメリー号を追うことで“竜骨”に辿り着こうと考える。エリックが信用出来ないネルソン提督も軍艦島へ向かう。ふとしたことからリュウ爺はロストアイランドの位置を思い出した。海に現れた鏡の壁を抜けると大嵐に遭うが…。

“竜の巣”ロストアイランドと思われたその島には廃墟しか無かった。山の頂上の遺跡に描かれた天井画を見て、“竜の巣”は軍艦島にあるとリュウ爺は思い出す。その時ゾロが殺気を感じ、鯉口を切る。リュウ爺を奪うつもりのエリックが現れたのだ！

船を鎖でつないで囲む“連環の陣”で、軍艦島へ戻るメリー号を包囲し、砲撃する海軍！ルフィたちが応戦する中エリックはリュウ爺とアピスをボートで奪い、ネルソン提督に反旗を翻す。アピス人質にとるエリックだが、起き上がったリュウ爺が翼を広げ…！

リュウ爺を引き上げようとネルソン提督が放った銛を、ルフィは受け取り投げ返す！突如、軍艦島の周囲の海が揺れる。リュウ爺の最期の呼び声に応えて、世界中に散らばっていたセンネンリュウが群れを成して飛来したのだ。だが、リュウ爺は、目を閉じ…。

あくまで不老不死のために“竜骨”を欲しを求めるエリック。“竜の巣”を守りたいというアピスの願いを叶え、彼女を守るというリュウ爺との約束を果たすためルフィはエリックと戦い勝利する！“偉大なる航路＜グランドライン＞”を目指してメリー号は進む！