おでんとトキの死後、錦えもんらの屍が見つからず、苛立つオロチ。20年後の再会を胸に秘め、各地に散った侍たちはそれぞれ主君を思い、雌伏の時を待ち続けた。

常影港へとたどり着いた赤鞘一行とモモの助、しのぶ。しかし四千の兵は影も形もなく、港は攻撃された跡がある。大荒れに荒れる海を、赤鞘は小舟で渡ろうとする。

錦えもん達の前にルフィ、ロー、キッドと彼らの一味が現われた。前夜、カイドウの百獣海賊団の鷲ギフターズ達はオロチの命令でサニー号に爆弾を放ったのだが…。

百獣海賊団の砲塔に刀を向け、赤鞘達を助太刀したいという狂死郎。光月家に恩があるという狂死郎は、４０年前の都で起こった山の神事件の真相を語り始めた。

カン十郎が敵方の内通者であると発覚し、モモの助が攫われてしまう。唖然とする錦えもんらと麦わらの一味。鶴の絵を描き、空に逃げるカン十郎をサンジが追う。

ジンベエがルフィ達の元へと帰ってきた。フランキーはサニー号の操舵手の座をジンベエに引き継ぎ、麦わらの一味が揃ったことを祝って宴をしようということに。

鬼ヶ島を目指して海を行く侍達の大船団。その先頭を走るポーラータング号の甲板では、錦えもんを始めとする赤鞘衆が決戦の時を心待ちにしていた。

ルフィはキッドと競って鬼ヶ島に突入。一方、ローの潜航艇内部も鬼ヶ島裏の入り口へ向けて潜航開始。鬼ヶ島へと到達すると、全体がお祭りムードであった。

鬼ヶ島に上陸した一同は討ち入りを開始。錦えもん率いる東軍、傳ジロー率いる南軍、ローの潜水艦で海中を行く赤鞘。それぞれカイドウを挟み撃ちにしようとする。

キッド海賊団を探すルフィは金色神楽ステージのライブフロアへとやって来ていた。同じ頃、カイドウは飛び六胞と顔を会わせ、ヤマトを連れ戻すよう依頼していた。

おしるこをこぼした海賊に激怒し、ライブフロアで騒動を起こしたルフィとゾロ。潜入はあえなく失敗、彼らに気付いたアプーにより、その正体は知れ渡ってしまう。

鬼ヶ島へ潜入を試みるルフィ達。アプーに気づいたキッドは、怒りに任せて殴りかかる。実はアプーはカイドウの情報屋で、キッドは最初から裏切られていたのだ。

カイドウの城の裏口を目指す錦えもん達は、内部と外部の２チームに分かれ進軍を続ける。しかし、誰もいないはずの遊郭から顔を出したのはビッグ・マムだった。

遊郭にてビッグマムと鉢合わせ、追いかけられることになったウソップとチョッパー。その頃、カイドウ、オロチの元にモモの助を捕らえたカン十郎が到着していた。

鬼ヶ島にて麦わらの一味と侍たち、キッド海賊団の戦いは続く。激闘に粉塵が立ちこめる中、キッドはヤマトの声を聞く。ヤマトは何かを探しているようで…!?

チョッパーとウソップは、ビッグマムに砲弾を命中させるが、倒すことができない。もはや絶体絶命と思われた時、遊郭の中からプロメテウスの声が飛んでくる。

ライブフロアのステージでは、オロチの演説が続く。光月おでんが処刑された20年前のあの日、モモの助と赤鞘の侍達がどうやって逃げ延びたのかを語るのだった。

鬼ヶ島の地を踏んだ赤鞘達はカイドウ城へ向かおうとした時、首なし侍の襲撃を受ける。その正体が絵であると発覚し、赤鞘達はこの先に待ち受ける者の正体を悟る。

鬼ヶ島のカイドウの城に潜入したルフィ達。ライブハウスで、カイドウは部下達を前に『新鬼ヶ島計画』の全容を語り始めた。そこに花魁姿のビッグ・マムが現れる！

オロチの首を斬り、新鬼ヶ島計画をたてたカイドウはオロチの家臣に選択を迫る。お庭番衆の隊長・福ロクジュ、見回り組の総長・ホテイはカイドウにつくと宣言。

赤鞘達はモモの助を処刑しようとするカイドウを襲う。キング、クイーン、ジャックはカイドウのために手勢を送ろうとするが、その前に反乱侍衆が立ちはだかる！

オロチの城内に散らばったロー、ゾロ、キッド。そこに侍たちが合流し、討ち入りの戦力は大きくなっていた。ルフィはカイドウとビッグ・マムに全面戦争を宣言！

赤鞘の侍とカイドウ達の激戦が繰り広げられる中、ルフィ達の戦いも続いていた。しのぶは磔にされているモモの助を助けようとするが、キングに見つかってしまう。

ビッグ・マムとの戦闘中、クロサイFR-U4号で助けに現れたフランキーとブルック。一方、ウソップとチョッパーは酔っ払ったナンバーズ達の攻撃を受けていた。

鬼ヶ島ドーム屋上を目指すルフィとゾロ。そこへブラキオサウルス化したクイーンが二人に牙を剥く！上空にはプテラノドン化したキングとギフターズ達の姿があった。