Al Quarter General de l'Armada la tensió va augmentant a mesura que s'acosta l'execució pública de l'Ace, que confessa al vicealmirall Garp que es considera fill d'en Barbablanca. L'Alvida explica als homes d'en Buggy que se serà impossible rescatar el seu capità d'Impel Down. Mentrestant, la Hancock arriba a la presó amb en Ruffy i es troba amb en Hannyabal.

En Ruffy, lluny dels seus amics, aconsegueix entrar a Impel Down per salvar el seu germà Ace, capturat per l'Armada. Els mateixos presoners d'Impel Down informen en Ruffy que l'Ace és al nivell 5 de la presó, però aviat s'adonarà que si en vol sortir amb vida haurà d'unir forces amb en Buggy, que també intenta fugir de la presó.

En Buggy accedeix a col·laborar amb en Ruffy per sortir de la presó a canvi d'una pista per trobar el tresor del capità John. Aviat arriben al nivell 1, conegut com l'infern carmesí, on en Buggy explica que coneix un camí per fugir-ne i que els durà cap al nivell 2, l'infern de les bèsties salvatges. Mentrestant, la Hancock es reuneix amb el carceller en cap Magellan.

Mentre en Ruffy i en Buggy continuen al nivell 2 enfrontant-se a tota mena de monstres salvatges, la Boa Hancock es troba amb el carceller en cap Magellan, un home verinós amb l'habilitat de la fruita del diable verí, verí. Al Quarter General de l'Armada en Sengoku s'assabenta que en Ruffy és viu i ha aconseguit infiltrar-se a Impel Down.

És el primer cop que algú aconsegueix infiltrar-se a la presó d'Impel Down. Es tracta d'en Ruffy, Barret de Palla, però fa vint anys hi va haver un home que va aconseguir escapar-ne tallant-se les cames. Aquest home llegendari és el capità pirata Shiki, el Lleó Daurat, que ara s'ha posat en contacte amb els pirates Amigo.

En Ruffy i els seus amics acaben d'arribar a l'illa de Kansorn a coll d'un escarabat gegant que es diu Hèrcules i que se'ls ha aparegut de cop enmig del mar. Allà hi viuen una nena que odia els pirates, la Yoko, l'escarabat gegant que guarda l'illa i un munt de gent vinguda de l'East Blue. Mentrestant, els pirates Amigo, sota les ordres del pirata Shiki, també es dirigeixen cap a l'illa.

Per tancar un tracte per formar part de la tripulació del pirata Shiki, els pirates Amigo arriben a l'illa de Kansorn i amenacen de destrossar tot el poble de Blue Petit si no els entreguen el Boss, l'escarabat gegant. Tot i les súpliques de la Yoko, el Boss decideix sacrificar-se per salvar el poble, però en Ruffy li recorda que tenen un deute pendent.

Després d'aconseguir fugir de la xarxa del capità Largo, en Ruffy s'enfronta contra aquest pirata que té l'habilitat de la fruita del diable xarxa, xarxa en una batalla definitiva. Mentre en Zoro i en Sanji planten cara a la resta de pirates Amigo, la Nami intenta evacuar tots els habitants de Blue Petit. Aviat també se sabrà qui és el Boss, l'escarabat gegant.

En Ruffy, amb l'ajuda d'en Buggy, el Pallasso, ha recorregut tota la primera planta d'Impel Down, la presó on hi ha el seu germà Ace, i ha arribat al nivell 2, també anomenat l'infern de les bèsties salvatges. Ara, amb l'ajut d'en Mr3, l'antic agent de la banda Baroque Works, intentaran accedir al nivell 3, l'infern de la fam.

En Ruffy, en Buggy, en Mr3 i l'Esfinx aconsegueixen accedir al nivell 3 de la presó d'Impel Down, també conegut com l'infern de la fam, i cauen a la xarxa del carceller Saldeath, cap dels blaugoris. Mentrestant, l'emperadriu Boa Hancock ja està a punt d'arribar a la planta on tenen l'Ace tancat, el germà d'en Ruffy.

Després que la carcellera d'Impel Down, la Sadi-chan, impedeixi l'entrada a la presó dels soldats de l'Armada, la Hancock comunica a l'Ace que en Ruffy ha vingut a rescatar-lo. Mentrestant, en Buggy i en Mr3 alliberen en Bon Kure de la seva cel·la i, després de desaparèixer, ajuda en Ruffy i li diu que anirà amb ell fins al nivell 5.

Després de desfer-se dels blaugoris al nivell 3 d'Impel Down, en Ruffy i en Bon Kure es troben cara a cara amb el Minotaure, que persegueix Buggy i Mr3. Mentrestant, el cap Magellan, l'home més fort de la presó i cap dels carcellers, convoca totes les forces disponibles al nivell 4 per acollir Ruffy.

Un accident inesperat fa que en Ruffy, en Buggy, en Mr3 i en Bon Kure caiguin del nivell 3 al nivell 4 d'Impel Down, l'infern roent on els està esperant el cap Magellan, el carceller en cap de la presó. En Ruffy s'hi enfrontarà amb totes les seves forces, però la particularitat d'aquest home farà que no el pugui ni fregar. Aleshores, en Bon Kure pren una decisió sorprenent.

Després de la retirada inesperada d'en Bon Kure, els poders d'en Magellan impedeixen que en Ruffy el pugui tocar per lluitar-hi. Però ell diu que, si cal, està disposat a perdre els braços en el combat! Com se'n sortirà, d'aquesta trampa mortal? Està realment disposat a posar en joc la seva vida, per salvar el seu germà Ace? Aviat ho sabrem!

En Hannyabal acaba capturant en Buggy i en Mr3, però a l'últim moment apareix en Bon Kure per defensar-los. En Ruffy, mentrestant, s'enfronta al temible Magellan i en surt molt malparat, després d'haver absorbit una quantitat de verí que podria posar fi a la seva vida. Segons en Magellan, en Ruffy patirà 24 hores i després anirà a l'infern de veritat.

Després de l'atac del cap dels carcellers Magellan i el seu verí mortal, en Ruffy acaba tancat en una cel·la del nivell 5 d'Impel Down esperant una mort gairebé segura. Aviat, en Bon Kure, amb un nou pla de rescat pel seu amic, recorrerà tot el nivell 5 buscant el rei dels transvestits Emporio Ivankov enfrontant-se a tota una bandada de llops salvatges.

Després d'enfrontar-se a un exèrcit de llops salvatges, en Bon Kure i en Ruffy es desmaien i els rescata del fred un home misteriós que es diu Inazuma, que els trasllada a un lloc sorprenent, el nivell 5.5 d'Impel Down. Allà, l'Emporio Ivankov els dona la benvinguda al paradís secret dels presoners desapareguts, la Nova Transvestilàndia.

Quan només queden 16 hores per a l'execució pública de l'Ace, en Ruffy lluita tot sol per sobreviure al verí que va absorbir durant el combat contra en Magellan. La cura del rei Iva només té èxit en un percentatge molt petit, gairebé miraculós. En Bon Kure confia en la força i en les ganes de viure del seu amic i continua animant-lo a crits.

Mentre en Buggy i en Mr3 se'n van cap al nivell 4 buscant una sortida de la presó, el rei Iva, el gran Emporio Ivankov, continua amb el tractament d'en Ruffy per salvar-lo del verí d'en Magellan, però li diu que, tot i que es curi, no podrà evitar l'execució del seu germà Ace. Ara només li falta el suport d'en Bon Kure, que encara creu en els miracles.

En Ruffy aconsegueix sobreviure miraculosament gràcies a la cura del rei Iva i es dirigeix tot sol a rescatar el seu germà Ace, que està a punt de ser executat. Aleshores, el gran Emporio Ivankov s'assabenta que en Ruffy és fill d'en Monkey D. Dragon i decideix ajudar-lo. Mentrestant, en Magellan va a buscar l'Ace a la seva cel·la per entregar-lo a l'Armada.

En Ruffy, l'Ivankov i l'Inazuma arriben al nivell 6, però s'adonen que ja han traslladat l'Ace al Quarter General de l'Armada per a l'execució. L'Ivankov intenta convèncer en Ruffy que s'oblidi de l'Ace, però tot i que s'han quedat tancats al nivell 6, el Barret de Palla està decidit a salvar-lo. Aleshores, en Crocodile i en Jinbe s'uneixen a l'equip.

L'Ace ja és a la superfície de la presó, on l'espera un comboi de l'Armada per portar-lo al Quarter General. En Ruffy, l'Ivankov, l'Inazuma, en Crocodile i en Jinbe han pogut arribar al nivell 4 amb la intenció d'obrir-se pas cap a l'exterior. Mentrestant, al nivell 2, els presos s'alcen en rebel·lió i Impel Down cau en una confusió total.

Mentre en Buggy i en Mr3 provoquen una rebel·lió dels presos al nivell 2, en Ruffy i companyia intenten arribar com sigui al nivell 3. Després d'assabentar-se de l'atac que estan duent a terme els pirates d'en Barbanegra a la presó d'Impel Down, en Magellan, en contra de la seva voluntat, decideix alliberar en Shiliew perquè els barri el pas.

En Barbanegra i en Shiliew de la pluja es troben al nivell 1 i inicien la batalla mentre en Magellan intenta aturar el motí del nivell 2. Després de superar els blaugoris i l'equip de la Sadi-chan, en Ruffy i companyia continuen avançant per arribar al nivell 3 d'Impel Down. Aviat, però, apareixerà en Hannyabal per barrar-los el pas i ensenyar-los el seu veritable poder.

En Ruffy i companyia poden accedir al nivell 3 gràcies a l'ajuda d'en Barbanegra. Més tard, enmig de la confusió de la fugida, el pirata Barbanegra es planta davant d'en Ruffy i li confessa tot cofoi que va ser ell qui va capturar l'Ace per dur-lo a la forca. Incapaç de controlar la seva ràbia, en Ruffy decideix atacar-lo amb totes les seves forces.

En Jinbe atura la baralla entre en Ruffy i en Barbanegra convencent el Barret de Palla que, si vol salvar el seu germà Ace, no pot perdre més temps. En Barbanegra, per la seva banda, explica que el seu atac a Impel Down forma part d'un pla a gran escala. En Magellan, abans d'intentar aturar en Ruffy, decideix enverinar en Barbanegra i tots els seus homes.

En Ruffy i companyia per fi aconsegueixen sortir del nivell 3. Per parar els peus a en Magellan, que s'acosta perillosament, el rei Iva ordena que es tanquin les escales que van al nivell 2 i es queda tot sol al nivell 3 per enfrontar-se al cap dels carcellers amb un atac secret d'explosions. En Magellan, però, sempre té el seu verí!

Després de derrotar el rei Iva i l'Inazuma, en Magellan aconsegueix atrapar tots els fugitius, que ja són al nivell 1. En Ruffy i en Mr3 miraran de parar-li els peus, mentre en Jinbe i els altres ho aprofiten per obrir la porta d'entrada, però en Magellan, que sempre té alguna carta amagada, no els ho posarà gens fàcil. Queden poc menys de 5 hores per a l'execució de l'Ace.

Per fer temps mentre en Jinbe roba un vaixell per poder arribar al Quarter General de l'Armada a temps d'aturar l'execució de l'Ace, en Ruffy continua lluitant a mort contra en Magellan, fins que el cap dels carcellers se sent tan acorralat que decideix posar en marxa una mesura inimaginable: un atac per destruir Impel Down!

En Ruffy i companyia per fi han aconseguit fugir d'Impel Down, però l'alegria els ha durat ben poc, perquè s'han quedat atrapats entre la Porta de la Justícia, que està tancada, i l'Armada. Entre l'espasa i la paret, en Bon Kure decideix fer-se passar per en Magellan i ordena que obrin la porta el temps suficient perquè en Ruffy i els altres la puguin travessar.

Després d'acomiadar-se d'en Bon Kure, en Ruffy i els seus amics continuen el viatge, però quan en Buggy i els altres presoners s'assabenten que van rumb al Quarter General de l'Armada per impedir la imminent execució de l'Ace, es disposen a apoderar-se de la nau. De sobte, però, de Marineford arriba un comunicat que deixa tothom glaçat.

Mentre en Ruffy i companyia continuen avançant cap al Quarter General de l'Armada, tornem una mica enrere en el temps per anar a l'illa del cel Weatheria. La nau que du la Nami a bord navega en direcció a la Grand Line, però ho fa molt a poc a poc. Aconseguirà tornar amb els seus amics? I en Franky, que s'ha transformat en un "gentleman" refinat, podrà tornar a ser com abans?

En Sanji continua al Regne de Kamabakka, a l'illa Rosa de la Grand Line, on el persegueix una munió d'individus de sexe indeterminat. Després de fugir i refugir anirà a parar davant d'una reina misteriosa amb un vestit vaporós. Mentrestant, darrere d'en Chopper, que és al Regne de Tornino, hi apareixerà un ésser rodanxó enorme.

Mentre en Ruffy i els seus nous companys continuen avançant cap al Quarter General de l'Armada per evitar l'execució de l'Ace, la Robin és empresonada pels tirans de Tequila Wolf i la petita Soran, malgrat d'estricta vigilància, decideix anar-la a veure sense pensar en el perill que corre. Mentrestant, l'Usopp no pararà d'endrapar en cerca de l'heroi del bosc.

Mentre en Ruffy i els seus nous amics continuen avançant cap al Quarter General de l'Armada per evitar l'execució de l'Ace, en Zoro, desorientat, vaga amb la Perona per l'illa de Kuraigana buscant els seus companys, però una ombra misteriosa planeja un atac ferotge. Mentrestant, en Brook intenta tornar el favor de les calces a l'illa de Namakura.

En Ruffy continua el seu viatge cap a Marineford per rescatar el seu germà Ace. Recorda quan es van trobar a Alabasta i quan ell es va assabentar a Amazon Lily que l'havien capturat. També s'explica l'enfrontament entre l'Ace i en Barbanegra a l'illa de Banaro.

A Marineford, els shichibukais i els tres almiralls de l'Armada ja estan preparats per a l'execució. Es recorden els enfrontaments dels pirates del Barret de palla amb en Kuma, en Mihawk, en Moria, la Hancock, l'Aokiji i en Kizaru, i també reapareixen en Doflamingo i l'Akainu.