くまの姿をしたパシフィスタが、ルフィ、ジンベエ、チョッパー、ボニーを捕らえようと襲い掛かって来る。強烈なレーザー攻撃を繰り返すパシフィスタに、ジンベエは反撃を試みる。しかしその時、ボニーが「待て！」と叫ぶ。ボニーは、たとえパシフィスタであっても、自分の父であるくまの姿をした相手が傷つけられるのを見たくない。ボニーが自身の能力で一同の年齢を操作し、たちまち老人となるルフィ達だったが、おかげでパシフィスタの認証をごまかすことに成功。パシフィスタは去っていく。ボニーは、父は暴君ではなかったと主張し、改造人間化は死刑と同じだと叫ぶ。

一方、麦わらの一味はリリスの操縦するベガフォース０１に乗り、エッグヘッドの研究層へと降り立った。ブルックとサンジは船に残り、他の者は未来服に着替える。ラボへと繋がる自動階段を登っていきながら、リリスは自らの研究について語った。更に先を進んで行くと、エジソンから連絡が入り、「まっすぐ進め」と命じる。するとその先に厳重な扉があり、その扉の向こうに姿を現したのは子供のようなジンベエ。しかし異様な雰囲気を放ち、褐色の肌と黒い翼という、ジンベエにはない特徴を備えている。それはジンベエの姿をしたパシフィスタだった。パシフィスタは一同に襲い掛かって来る。その頃、廊下でシャカが通話している。そのの通話相手は、ドラゴンであった。

セラフィム・Ｓシャークが、ラボ内部のナミたち五人に襲いかかった。ジンベエそっくりのクローン兵であるＳシャークに手を出せないナミたち。だが、攻撃を食らったナミを見て、サンジの怒りが爆発。サンジ、そしてロビン、ウソップ、フランキーは、それぞれ得意技を放って反撃する。その様子を、ドクター・ベガパンクのサテライトであるエジソンたちがモニター越しに見つめていた。ベガパンクは麦わらの一味を相手に、Ｓシャークの戦闘データを収集していたのだ。個性豊かなサテライト＝６人のベガパンクはいがみ合い、言い争い、そして協力しながら作業を続ける。ナミたちとＳシャークの戦いは白熱するが、サテライトの一体であるシャカがやって来て制した。

同じ頃、ルフィはチョッパー、ジンベエ、ボニーとともにスクラップ場に来ていた。山と積まれたベガパンクの発明品の残骸。その中に、古くて巨大なロボットの姿があった。シャカによれば、それは９００年前に実在した高度な文明を持つ“王国”で建造されたものだという……。

ドクター・ベガパンク抹殺をもくろむＣＰ０のロブ・ルッチ、カク、ステューシー。戦桃丸が倒され、強力な攻撃力を有するセラフィムは再びＣＰ０のものとなる。ラボのベガパンクはサニー号に乗船する意思をナミたちに告げ、ルフィの到着を今か今かと待っていた。肝心のルフィ達は真空ロケットでラボ内部に到着するも、ベガパンクへの復讐に燃えるボニーが暴走し、どこかへ走り去ってしまう。一方、ＣＰ０はベガパンクの脱出ルートを塞ぐべく、エッグヘッド各所に部下を送り込んでいた。

大海原の上空では、バーソロミュー・くまが猛スピードで飛行していた。レッドラインに到達したくまは赤い壁に激突し、レッドポートに墜落する。

どうすればベガパンクを脱出させられるか？ 知恵を絞るサテライト達。喧々諤々の議論の末、島内にいるもう一人の味方の協力を仰ぐことになる。そんな中、突然フロンティアドームが解除される。この好機を逃すまいと、ＣＰ０は研究層に接近、サニー号の破壊を企てる。

さらには、ベガパンクと麦わらの一味が手を組んだという情報に、海軍の艦隊がエッグヘッドへと迫っていた。

研究層内のある部屋で肉球型のエネルギー体を見つけたボニー。ベガパンクはそれに決して触れるなと叫ぶ。そのエネルギー体の正体は、バーソロミュー・くまの『記憶』だった。

同じ頃、海兵の攻撃を受けながらも、くまはレッドポートの絶壁を登り続けていた。そして、研究層内にはルッチ達が侵入。サニー号を守るため、ゾロはカクと激しく交戦していた。そこへS‐ベア、S‐スネーク、S‐ホークも襲来し、一気に不利な状況になる。シャカは威権順位が上である自分達がセラフィムに指示を出せれば、戦況はひっくり返ると予測する。

一味のピンチにサンジやフランキーもゾロ達の元に急ぐが、その前にルッチの「ラボを破壊しろ！！」という命令に、S‐ベア達はラボに向かって攻撃を開始する。任務完了を確信するカクだったが、突如ステューシーが首筋に噛みつく。ステューシーはさらにルッチにも噛みつき、二人はその場に倒れる。

突然裏切りの行動に出たステューシーは、ロックス海賊団ミス・バッキンガム・ステューシーの複製人間（クローン）であり、ＭＡＤＳクローン実験成功第１号だと発覚する……！

カクとルッチを眠らせたステューシーは、２０年以上に渡って諜報機関に潜伏していたベガパンク側のスパイであった。その事実に驚く麦わらの一味。だが依然として、セラフィム達の研究層への攻撃は続いていた。攻撃を止めるため、外へ向かうリリスとエジソン。同じくゾロとブルックもセラフィムのところへと急ぐ。一足先に外へ出たリリスは、セラフィム達に命令しようとする。そこにＳ-ホークの刃が迫る。間一髪、ゾロがリリスを助け、Ｓ-ホークと剣を交える。そこへ追いついたエジソンがセラフィム達に戦闘の停止を命じた。だが、停止命令にわずかに間に合わなかったＳ-シャークのビームが、真っすぐエジソンに向かっていた。巻き起こる大きな爆発。エジソンの安否にリリスは悲痛の叫びをあげる。しかしエジソンは、駆け付けたサンジに救われていた。いつもは好戦的なリリスも、この時ばかりは涙を流してエジソンの無事を喜んだ。

ステューシーの助けもあり、エジソンの直接指示で命令は書き換えられ、セラフィムはサテライト達の指示に従うようになった。安堵するサテライト達と一味。一刻も早くベガパンクらを連れ、エッグヘッドから脱出したいルフィ達だったが、事件が起こっていた。ベガパンクの失踪である。

一方、海賊白ひげの故郷であり、新世界の海に浮かぶ島、スフィンクス。そこにはマルコの姿があった。島で起こった出来事について聞いていたのだ。子供達によれば、白ひげの財宝の隠し場所を教えろと、突然海軍が押し寄せてきたのだという。何も知らない島民の命まで奪おうとする海兵達。その危機を救ったのは元七武海、ウィーブルであった。話を聞いて驚くマルコ。すると、そこへウィーブルの母、バッキンが現れ、「海軍大将・緑牛がウィーブルを連れていってしまった」と涙ながらに訴える。島民を助けてくれた事への礼を言うマルコだが、バッキンの目的もまた白ひげの財宝であった。ウィーブルが白ひげの息子であることを疑う様子のマルコに、バッキンはDr.ベガパンクであれば血縁関係を証明できると語る。

その頃、海軍の軍艦とその軍艦に守られながら世界政府の船がエッグヘッドに向かっていた。世界政府の船に乗る、ある人物にお茶菓子を持っていく大将・黄猿。あの人物とは……世界最高権力「五老星」ジェイガルシア・サターン聖だった。

CP0諜報員はベガパンク逃走阻止のため、エッグヘッド工場層を制圧。更なる作戦遂行のため、施設破壊を試みるも、突如レーザー攻撃を受ける。それは、頂上戦争時のプロトタイプを凌駕するパシフィスタマークⅢによるものだった。圧倒的な力で制圧され、連行されるCP0。

一方、傷だらけの戦桃丸は、パシフィスタの動向を気にかけていた。「パシフィスタは…うまくやってるか？」。実は、戦桃丸こそパシフィスタマークⅢを操っていたのだ。ベガパンクの身を案じ、通信を試みるも繋がらず、ルフィに託した戦桃丸は、苦渋の決断を下す。「わいももう…謀反者…！」。全50体のマークⅢを一斉起動させ、ベガパンクの脱出を誓う。

研究層では、ボニーがくまの生み出した不思議なエネルギー体に手を伸ばしていた。幼児の姿にされたベガパンクが必死に止めようとするが、ボニーはそれを振り切って触れる。エネルギー体は発光し、ボニーは草原のような場所に現れる。不思議な声が聞こえ、近づくと、大きな子供が傷つき泣き叫んでいた。その顔を見て、ボニーは愕然とする。「お父さん…………？」。

研究所はベガパンクの失踪に揺れていた。ルフィは研究層を探し回るも、ベガパンクは見つからず、出航は不可能に。シャカからの緊急報告が飛び込む。「フロンティアドームの制御不能…！」。出ようと思えばレーザーで焼かれるというのだ。研究層から出られなくなった麦わらの一味は、ベガパンク捜索を続ける。ルフィとゾロは研究所に残る。そこには、海楼石で拘束され気を失っているルッチとカクの姿。ウォーターセブンを懐かしむルフィ。

一方、モルガンズの船は、空を飛んでいた。「四皇麦わらのルフィ！！ ベガパンクを人質にエッグヘッドに立てこもり、海軍と全面戦争！！！」という、事実とは異なる記事を作成。政府に感謝されるだろうと高笑いするモルガンズ。しかし、ビビが反論する。「ルフィはそんなことをするはずがない！」。ワポルが止めようとするが、ビビは怯まずに抗議する。モルガンズは高笑いしながら言い放つ。「この世界（フロア）を揺らすのはおれだ！ ウソか本当かじゃねェ！ 新聞はエンターテイメントだ！！！」。

ボニーは、エッグヘッドの研究層ルームＮＩＫＹＵでくまの記憶に潜り込む。そこで知ったのは、くまの悲惨な幼少期だった。

一方、麦わらの一味は行方のわからなくなったベガパンクを手分けして探しに出ていた。そんな中、暗躍する怪しい影が一つ。それはピタゴラスを爆破すると、あちこちに仕掛けられているカメコを次々に破壊していく。その影響により、ルフィの通信機が故障。モニター室の監視カメラ映像も次々に見えなくなり、シャカはエッグヘッドの異変に気付いて言う。「研究所内に……誰かいるぞ」

ウソップ、リリス、ヨーク、フランキーのチームは、ベガパンクを探す中で、黒焦げになって倒れているピタゴラスを発見。さらに何者かが近づいてくる気配に、一同に緊張が走る。現れたのは、本体から切り離されたピタゴラスの頭だった。手足を生やし、頭だけで自由に動き回るピタゴラスの頭。誰にやられたのかを尋ねていると、いつの間かヨークの姿が見当たらない。気づくと、ヨークはデレデレした笑顔で、停止状態のS-スネークの頭を撫でていた。

すると次の瞬間、停止命令を出されているはずのS-スネークが動き、ヨークは石にされてしまう。

突如命令に背き、攻撃をはじめたセラフィム達。拘束したルッチとカクを守りながらの戦闘を強いられるルフィとゾロは、S-ホーク相手に苦戦する。今は共闘するべきだと提言するカクだが、７人のベガパンクの抹殺という任務を負った彼らの言葉を、ゾロは聞き入れない。

その頃、エッグヘッド各所では行方不明となっているベガパンク本体を探していた仲間達が、セラフィムから攻撃を受けていた。さらにS-ベアもルフィ達に攻撃を開始。ついにルフィ達がルッチとカクを解放すると、４人は一斉に攻撃を放ち、S-ホーク、S-ベアを吹き飛ばすのだった。

一方、新世界のとある島の酒場では、赤髪海賊団が懐かしい旧友達と酒を飲み交わしていた。だが突如、攻撃を受けていると一報が入る。船を出すよう命じたシャンクスは、旧友達に「手伝ってくれるか」と声をかける。その相手は巨人族のドリーとブロギー。この島は巨人族が住む島、戦士の国エルバフだったのだ。シャンクスは、戦闘の前にひとつ伝えろ、と部下に告げる。

「本当に今からおれと戦うか――それとも、ロードポーネグリフを置いて消えるか、『選べ』と！！」そして赤髪海賊団に迫るのは──！？

ルッチ、カクと共闘することとなったルフィ達は、セラフィムに次々と激しい攻撃を叩き込んでいた。しかし、何事もなかったかのように、すぐに立ち上がってくるS-ベアとS-ホーク。その様子を神妙に見ていたゾロは、彼らの特徴がかつてワノ国で対峙したキングに似ていると気づく。

その話を聞いたシャカは、セラフィムはキングの〝ルナーリア族の血〟で強化されていると答える。ゾロは、キングとの戦闘経験から、セラフィムの背中の炎が燃えている間はほぼ無敵だと今更ながらルフィらにアドバイスを送る。「もっと早く気付くべきだったな！！！」と思わずつっこむルフィ、ルッチ、カク。

一方、S-シャークと対峙していたナミだったが、見た目が子供ジンベエであったため攻撃を躊躇う。しかし、ゼウスに鼓舞され、力を合わせて『雷霆』を放つ！ 吹き飛ばされたかに思われたS-シャークだったが、スイスイの実の能力で地面に潜り、再びナミに襲い掛かる。それを食い止めたのはサンジだった。そして、Ｃ棟３階でS-スネークと対峙していたフランキー達は、反撃を試みるも、瞬く間に石化されてしまう。

同じ頃、地下にある『旧〝悪魔の実〟研究室』をひとりで訪れたシャカは、そこで囚われたベガパンク本体とCPのメンバーを発見。「誰と来た？」とベガパンクに尋ねられた次の瞬間、シャカは何者かに狙撃されてしまう……！？

大将黄猿が百隻の軍艦と共にエッグヘッドに向かっている、とステューシーから聞き、驚く戦桃丸。ただごとではない政府の構えに対し、ステューシーはその理由を述べる。一つはベガパンクがオハラの禁じられた研究を受け継ぎ、その先へ進んでいたこと、もう一つはオハラになかった戦闘力がエッグヘッドにはあることだった。戦桃丸は研究員、作業員達にエッグヘッドからの避難を急がせる。

一方、研究所のＣ棟３階では、ウソップとリリスを石化したS-スネークにフランキーが怒りを露わにしていた。しかしS-スネークは気にも留めず、ピタゴラスにとどめをさす。そして、S-スネークは次のターゲットをフランキーに定め、ゆっくりと歩を進めるのだった。

Ａ棟２階ではロビンとチョッパー、アトラスがベガパンクを探しながらもナミ達を心配していた。そんな中、アトラスは現在、封鎖している研究室があると言い、ロビン達はその研究室へと向かう。Ａ棟３階では、ナミ達を襲うS-シャークから、サンジが守っていた。そしてＡ棟４階では、ルフィとゾロが、ルッチとカクの命を狙う、S-ホーク、S-ベアと戦っていた。だがその戦いの中で、S-ホークが姿を消す。S-ホークを追って走り出すゾロ。そのゾロのあとを、さらにカクが追うのだった。

これらが「エッグヘッド事件」の一部始終であったが、事の発端は三か月前に遡る。

聖地マリージョアへ何者かから、「ベガパンクが空白の100年の研究をしている」と密告がある。その調査の為にＣＰ５が派遣されたが、証拠は見つからなかった。さらにＣＰ７、ＣＰ８も続いたが、帰還した者はいなかった。五老星と何者かの会談後、ベガパンクの裏切りは明白となり、五老星はベガパンクの暗殺に踏み切る。任務を受けたＣＰ０のルッチ達が出航。五老星はベガパンクの反撃を想定し、自らの出航を決定、護衛に大将黄猿と各支部の援軍を従え、戦争の様相でエッグヘッドへと向かった。

しかしそこへ現れたのが四皇・麦わらのルフィの船であった。この翌日に迎える事件の結末は世界に思いもよらぬショックを与えることとなる。そしてアトラスの言っていた地下の研究室では、頭部を撃ち抜かれて煙を上げているシャカの近くを、何者かが歩いていた……。

Kid gives his crew a pep talk before the battle with Shanks. And Shanks also prepares for the battle but learns how his own subordinates do as they like to protect their beloved boss. Finally, Kid has his Damned Punk ready to shoot.