魔法師之一的遠坂凜，與使魔「Archer」一起開始搜尋與「聖杯戰爭」有關的敵人。在那之中凜遇到了敵人的servant「Lancer」並與之戰鬥。因為學校的事情，所以回家很晚士郎目擊了那場戰鬥，並被Lancer襲擊刺死......

士郎被美麗少女般的Servant「Saber」救了一命。與Saber對峙的，是在同一所學校上學的凜。士郎大吃一驚，他從凜那裡聽說了“聖杯戰爭”的大致情況，並且“聖杯戰爭”的監督者神父言峰綺禮詢問他是否決定參戰......

知道士郎一個人去了言峰教會的事後，Saber感到不安，並急急忙忙地趕到教會。但是，時間已經晚了，士郎被長矛貫穿，以瀕死的狀態躺著。想要跑到士郎的身邊，但眼前卻出現了Lancer，Saber與之展開了戰鬥。這時言峰出現了，向士郎詢問了某件事…...

從言峰教會逃出的Saber和士郎回到衛宮邸時，看到了渾身是血倒在地上的凜。言峰出其不意，把作為聖杯器皿的伊利亞帶走了。發誓要破壞災難的元兇聖杯的Saber和士郎，前往降靈之地柳洞寺，與吉爾伽美甚和言峰進行最後的戰鬥!