Après ce qui est arrivé au 5ème laboratoire, Al et Ed choisissent de trouver un moyen moins dangereux de retrouver ce qu'ils ont perdu. Ils partent donc pour Dublith, la ville où réside leur sensei. Mais en fait, ils prennent une toute autre direction, vu que leur maître les tueraient s'il apprenait que Ed est devenu un alchimiste d'état. Pendant ce temps, le major Hugues continue son enquête sur les humonculus et ce dernier pousse son enquête si loin qu'il se fait tuer par ces derniers.

La confrontation dans la base militaire se poursuit. Envy, qui a pris l'apparence du führer pour tromper Ed et les militaires, donne à manger des pierres philosophales au garçon possédant le bras et la jambe d'Ed et ce dernier s'éveille en tant qu'humonculus. Ensuite, le sensei des frères elric emmène le garçon, wrath de son nom d'humonculus, sur l'île où il a été découvert et ce dernier tente de tuer le sensei. Nos deux héros arrivent à temps pour empêcher cela, mais…

Greed et 3 de ses subordonnés ont réussi à s'échapper du Devil's Nest, en emportant Al, malgré l'intervention musclée (comme toujours) d'Armstrong. Ils sont cependant rattrapés par Lust et Gluttony. Pendant ce temps, Kimbley et Tucker rejoignent les rangs de l'armée et Edward recherche toujours son frère, il se dirige vers la maison de Dante.

Edward et Lust affrontent Wrath et Sloth dans un entrepôt abandonné... Au centre des préoccupations, Al (qui est toujours la Pierre Philosophale), ne sait quel camp choisir, celui de son frère qui l'a toujours aidé, ou celui de son « ancienne mère » bien qu'elle soit devenue un homunculus et de ce fait ne possède pas d'âme.

Hohenheim explique à Edward que ce monde (le nôtre) est lié au leur par La Porte et que les morts de cette dimension servent à l'alchimie de la dimension FMA. Nos deux dimensions sont assez semblables, si ce n'est que nous avons compensé l'alchimie par autre chose. Edward se trouve donc dans le corps de l'Edward de notre monde. Hohenheim est finalement convoqué par Churchill et un zeppelin tombe du ciel et écrase Edward.

Edward vient de se faire tuer par Envy, Alphonse va à l'encontre de Dante et tente de faire ressusciter son frère. Pendant ce temps, le combat entre Mustang et Bradley continue mais tourne à l'avantage de ce dernier. Heureusement, le "fils" de Pride vient apporter le "trésor de papa". Énervé, le Fürher tue son fils, mais se fait tuer par Mustang. À la sortie, Archer l'attendait mais mourut de la main de Hawkeye. Alphonse ayant réalisé une transmutation humaine a disparu mais Edward est de retour saint et sauf avec ses membres originaux.