Edward y Alphonse Elric llegan a la ciudad de Lior, donde la religión del sacerdote Cornello es seguida con fervor por el pueblo debido a los aparentes milagros que realiza. Los hermanos sospechan pronto de que se trate de alquimia realizada con la piedra filosofal. El sacerdote decide capturarlos porque teme que le desenmascaren ante sus fieles.

Edward recibe un reloj de plata, que le acredita como Alquimista Nacional. La evaluación de Shou Tucker se acerca y él no consigue avances. Para evitar que los hermanos se inmiscuyan, el general Basque Grand decide que se vayan de casa de Tucker. Ellos regresan a escondidas justo a tiempo de descubrir como ha transmutado a su hija y su perro en una quimera parlante. Esa misma noche, Scar decide empezar a asesinar Alquimistas Nacionales, al encontrarse con la quimera, a la que mata en un acto de piedad.

Edward recibe su primer misión, inspeccionar la mina de Youswell, a cargo del teniente Yoki, el cual trata a los mineros de forma despótica. Edward decide tomar parte y ayudar a cambiar la situación de los trabajadores. Esto será el inicio de su fama como Alquimista Nacional del lado del pueblo.

Lyra y Rose llegan a la guarida de los homúnculos. Mientras, Mustang y su equipo acompañan a Ed y Al de vuelta a Resembool, en donde se encuentran con Hohenheim, en quien Al muestra mucho interés. La mañana siguiente Hohenheim decide irse y enfrentarse al líder de los homúnculos que resulta ser Dante, ahora en el cuerpo de Lyra. Mientras, Ed y Al descubren sobre la muerte Hughes y Ed busca vengarse.

Bradley está a punto de matar a Roy, pero su hijo Selim llega con sus restos y Mustang los usa para matarlo. Al salir, Archer le dispara en el ojo a Mustang pero luego Riza lo detiene. Mientras, Gluttony está comiendo la piedra filosofal de Alphonse, pero este se levanta y revive a Ed con su piedra filosofal, dando su vida a cambio. En el limbo, Ed se encuentra con Envy, que decide ir al otro lado de la puerta a por Hohenheim y Dante muere comida por Gluttony. Luego, Ed revive y decide dar su vida para traer el cuerpo de Al de vuelta, el cual no ha crecido desde aquel día y no recuerda sus aventuras con Ed pero está dispuesto a buscar una forma de traer a Ed de vuelta y va a entrenar con Izumi. Mientras, del otro lado de la puerta, Edward decide viajar a Rumania a estudiar con un científico de cohetes creyendo que así podrá regresar a casa.