Edward et Alphonse, encore très jeunes, tentent une transmutation humaine, technique d’alchimie interdite, pour ressusciter leur mère. Mais l’opération échoue, Edward perd sa jambe gauche, tandis qu’Alphonse perd tout son corps. Ed scelle alors l’âme de son petit frère dans une armure de métal en sacrifiant son bras droit. Quelques années plus tard, sur invitation, ils se rendent à la cité de Lior où tout se passe bien au début. Mais les choses se dégradent, et un combat a lieu entre les deux frères et le père Cornello. Durant celui-ci, Edward et Alphonse apprennent que Cornello possède la pierre philosophale qu’ils recherchent.

Edward vient de se faire tuer par Envy, Alphonse va à l'encontre de Dante et tente de faire ressusciter son frère. Pendant ce temps, le combat entre Mustang et Bradley continue mais tourne à l'avantage de ce dernier. Heureusement, le "fils" de Pride vient apporter le "trésor de papa". Énervé, le Fürher tue son fils, mais se fait tuer par Mustang. À la sortie, Archer l'attendait mais mourut de la main de Hawkeye. Alphonse ayant réalisé une transmutation humaine a disparu mais Edward est de retour saint et sauf avec ses membres originaux.