どーーーん!フリュネが残したブローチから出てきたのは幼い女の子ドッペル・ネッサだった。普通のドッペルとは違う触れるドッペルに戸惑うクレイン。一方天真爛漫・無邪気なネッサは行く先々で問題を起こしてしまい…。初めて他人に振り回されるわずらわしさに苛立つクレインはネッサを｢忘れ物｣としてセキュリティに預けてしまう。クレインを自分の居場所だと言ったネッサは一体どうなってしまうのか…!?

星祭り会場に突然現れたフリュネ。スンダは襲撃を諦め、｢世界の鍵｣・フリュネを僧院側から誘拐する。それにより僧院から指名手配されてしまったグラニッツ一家は、フリュネを連れて村から離れる決断をする。フリュネとの再会を喜ぶクレイン。もともとはフリュネの物だとネッサを返そうとするがフリュネはそれを拒絶してしまう。自分は嫌われているから……と。そんなクレインに腹を立てるネッサ。フリュネの事が気になるクレインはネッサよりもフリュネを優先してしまって……。

グラニッツ一家と共にダナンに乗る事になったクレインとフリュネ。フリュネは人質としてだが、付録扱いのクレインにはイマイチ居場所がない。ただ乗りするわけにもいかず、艦の手伝いをするクレインだが初めての肉体労働に戸惑うばかり。興味のあるヴィンテージの機械にも触らせてもらえないし、気配はあるものの姿を現さないネッサやはっきりしないフリュネにもやもやするクレイン。そんな中ダナンに異常事態発生!?

地下施設からなんとか生還したクレインとフリュネはグラニッツのメンバーと合流する。フリュネとネッサの秘密……そして｢鍵｣の秘密をを知るクレイン。フリュネもネッサも自分にとって大切な人だとクレインは二人を守る決意を固める。そんな中ロスミレ派の村が僧院により次々に攻撃されグラニッツの村も襲撃されてしまう。ロスミレ派はこれを機に僧院に総攻撃をかける事に。スンダはフリュネとネッサを守るようにとクレインに言うが……。

ついにロスミレ派と僧院の全面戦争が始まってしまった。僧院を急襲するロスミレ艦隊、応戦する僧院、そのさなかに、飛行船に乗ったクレインとネッサがやってきて、グラニッツと合流する事に……!?

フラクタル・システムを巡った激しい攻防。システムの再起動を強行するモーラン、阻止しようとするディアス、混乱の渦に巻き込まれたクレインは、ある重大な選択を託される……。