위대한 파괴자와 파이토가 사라진 후 닌자고 시티는 다시 평화를 되찾는다. 하지만 닌자들은 갈 곳을 잃고 새로운 보금자리를 찾는데... 한편 황금무기를 차지한 제왕 가마돈은 해골 군단을 버리고 스네이크 군단을 자신의 부하로 두려고 한다.

"200년 전, 바다를 누비던 한 무리의 해적들이 바다 밑으로 가라 앉는 사건이 일어난다. 한편 현재, 닌자들과 로이드는 훈련을 하면서 좁은 집 때문에 고생하고 결국 무술 도장을 찾게 되는데... 황금 무기를 메가 황금무기로 바꾼 가마돈은 무기를 어떻게 사용할지 몰라서 곤란한 상황에 처한다. 그러다 사용법을 알게 되고 놀라운 일이 생기는데... "

"호시탐탐 닌자들을 없앨 기회만 노리는 가마돈. 메가 황금무기를 사용해 가짜닌자들을 만들어서 진짜 닌자들을 없애려고 한다. 한편, ‘악동학교’가 ‘천사학교’로 바뀌고 학교가 바뀌는데 도움을 준 로이드에게 감사장을 주겠다는 편지가 오는데"

"대럿의 도장이 가마돈의 계략에 의해 천 오백만원이란 돈을 갚지 못하면 헐리게 되는 운명에 처한다. 그래서 닌자들은 도장을 살리기 위해 닌자고에서 가장 위험한 자동차 시합인 닌자볼 경주에 출전하게 되는데..."

"계속 훈련을 받는 것이 불만인 로이드는 만화책도 못 보게 하는 형들한테 화가 난다.거기다 박물관에 제왕 가마돈과 부하들이 침입했단 소식을 듣고도 니야와 본부에 남게 돼 시무룩해지는데. 한편, 박물관에 도착한 닌자들은 시간을 되돌리려는제왕 가마돈의 계획을 막아내는데. 그런데 이게 웬 일?! 제왕 가마돈의 계획은 성공했고 닌자들이 어린이로 변해버리고 만다."

"닌자들을 없애는 것에 늘 실패하는 제왕 가마돈은 열심히 부하들을 연습시키며 전쟁을 준비한다. 하지만 이를 본 닌자들! 제왕 가마돈의 은신처를 공격하고 어른이 된 로이드를 보고 당황한 제왕 가마돈은 닌자들의 존재를 아예 없애기 위해 과거로 돌아가는데..."

"메가 황금무기가 사라진 가마돈. 스네이크 군단 장군들에게 무시를 당하지만 어둠의 섬을 찾

아보자는 제안을 하고 함께 바다를 순찰하는데. 한편 역사 박물관의 바위로 된 군사들 , 즉 스톤 아미들이 위대한 파괴자의 독 때문에 다시 살아나서 박물관을 엉망으로 만드는데... "

위대한 파괴자의 독 때문에 살아난 스톤 아미들이 닌자고 시티를 공격한다. 닌자들은 시민들을 구하기 위해 스톤 아미들과 맞서 싸우며 시민들을 방송국 옥상으로 피신시킨다. 한편, 가마돈은 오버로드가 준 어둠의 헬멧을 받아 쓰고, 스톤 아미를 이끄는 힘을 얻게 된다.

닌자들과 로이드, 마스터 우, 마사코는 어둠의 섬을 향해 먼 길을 떠난다. 어둠의 섬에 있는 빛의 신전에서 닌자들의 힘을 되찾기 위해서다. 그러나 바다를 향해 중, 이빨 불가사리들의 공격을 받고, 배가 난파하고 만다. 그리고 그곳에서 쟌의 아버지를 만나게 된다.

어둠의 섬에 도착한 닌자들은 빛의 신전이 있는 곳을 밝혀내기 위해 섬 곳곳을 살펴 본다. 그러던 중, 죽은 줄 알았던 쟌의 독수리가 스톤아미한테 잡혀 있는 것을 알게 된다. 쟌은 위험을 무릅쓰고 스톤아미의 본부로 들어가 독수리를 구하지만, 그 바람에 닌자들이 섬에 온 사실을 가마돈도 알게 된다. 닌자들은 새로운 무기, 드릴 머신과 파이어 로봇을 이용해 스톤아미를 피해 마침내 빛의 신전에 도착한다. 그리고 그곳에서 새로운 힘을 얻게 된다.

닌자들과 마스터 우 일행은 어둠의 섬에 숨어, 최후의 결투를 막기 위한 방법을 찾는다. 그리고 가마돈이 쓰고 있는 어둠의 헬멧을 벗겨 제 자리에 갖다 두면, 천상의 시계가 멈춘다는 사실을 알아낸 마사코는 가마돈을 속여 어둠의 헬멧을 벗기는 데 성공한다. 그러나 스톤아미의 추격을 받던 중, 니야가 스톤아미한테 붙잡히고, 닌자들의 계획이 실패로 돌아가면서 최후의 대결을 피할 수 없게 되는데...

닌자들 일행은 가마돈과 싸우러 가던 도중, 가마돈에게 붙잡혀 사악한 모습으로 변해 버린 니야의 공격을 받는다. 다른 닌자들이 니야와 맞서 싸우는 동안, 로이드와 마스터 우, 마사코는 가마돈의 계획을 막으려 한다. 그러나 닌자고 세상을 유지하던 힘의 균형이 깨지고 오버로드가 가마돈의 몸을 빌어 닌자고 세상으로 나오게 된다.

가마돈의 몸을 빌어 닌자고 시티를 점령한 오버로드를 막기 위해 닌자들이 나섰다! 최초의 마스터가 쓰던 갑옷을 입고 새로운 스핀짓주 마스터가 된 로이드가 드디어 오버로드와 최후의 대결을 펼치게 된다. 결국 오버로드가 사라지면서 가마돈도 원래의 모습을 되찾게 되고, 닌자고 세상에 평화의 시간이 찾아온다.

쟌이 죽은 후, 닌자들은 뿔뿔이 흩어져 괴로워한다. 한편, 로이드는 새로운 팀을 꾸리기 위해 새로운 닌자를 뽑기로 하고, 콜, 카이, 제이를 한 자리에 모은다. 그런데 갑자기, 악당들이 남기고 간 쪽지를 받게 되고, 그 쪽지엔 쟌이 살아 있으니, 만나고 싶으면 마스터 첸을 찾아오라는 내용이 적혀 있다.

닌자들과 마스터들은 마스터 첸의 대회에 참가하게 되고, 결국 칼로프가 탈락하고 만다. 그날 밤, 닌자들은 쟌을 찾기 위해 섬을 둘러보기로 하는데, 콜이 우연히 발견한 비밀 통로에서 마스터 첸의 비밀을 알게 된다.

마스터 첸의 계략에 따라, 콜과 제이가 대결에서 맞붙게 된다. 니야의 문제로 서로에게 불만이 쌓여 있던 콜과 제이는 서로 이겨보겠다고 싸우지만, 결국 둘은 화해하고 승리를 서로에게 양보하려 한다. 그러자 마스터 첸은 둘 다 탈락시키려고 하는데…

마스터 첸은 로이드와 카밀을 서로 맞붙게 한다. 다른 선수들은 모두 카밀의 편이 되어 로이드를 탈락시키려고 하지만, 결국 첸의 비밀을 알게 되고 로이드를 도와주게 된다.

니야는 대럿과 첸의 섬으로 몰래 숨어들어오고, 콜은 쟌을 감옥에서 빼내는 데 성공한다. 그러나 다른 닌자들은 선수들 중 누군가 마스터 첸을 도와주고 있다는 걸 알게 되고, 그 스파이가 누군지 정체를 밝히려 한다.

마스터 첸은 선수들을 데리고 새로운 경기를 시작한다. 바로 달아난 니야를 찾는 추격전! 닌자들은 다른 선수들보다 니야를 빨리 찾기 위해 각자 흩어지지만, 결국 로이드를 제외하고는 전부 마스터 첸에게 붙잡히고 마는데…

마스터 첸은 로이드를 제외한 모든 선수들을 붙잡는다. 로이드는 밤이 되길 기다렸다가 마스터 첸을 공격하지만 결국 실패로 끝난다. 그리고 놀랍게도 마스터 첸의 옆에는 카이가 서 있는데...

닌자들과 선수들이 안심하는 사이, 첸은 마법을 완성시킬 방법을 찾아낸다. 결국, 아나콘드라이로 변한 첸과 부하들은 섬을 빠져 나가고, 닌자들과 선수들은 허탈해 한다. 그때 드래곤을 소환한 쟌과 카이가 나타나는데...

변신 주문의 효과가 계속되려면, 진짜 아나콘드라이의 독이 필요하다는 사실을 알게 된 마스터 첸은 파이토를 찾아 나선다. 한편, 파이토와 마스터 첸을 뒤쫓던 닌자 무리는 함정에 빠지게 되는데…

첸의 군대가 닌자고 전체를 점령할 위기에 처하자, 닌자들은 최후의 결전 장소에서 적들을 기다리고 있다. 한편, 파이토는 전쟁을 끝낼 방법을 찾게 되고, 이 사실을 가마돈에게 전하는데…

평화가 찾아온 닌자고! 마스터 우와 닌자들은 작은 찻집을 열어 새로운 생활을 하고 있다. 그러던 중, 저주의 땅에서 빠져 나온 ‘모로’라는 자가 마스터 우를 찾아 오고, 닌자들은 그와 맞서 보지만 초능력이 사라진 상태라 물리치지 못 하는데…

결국 모로는 마스터 우의 지팡이를 손에 넣고, 최초의 스핀짓주 마스터의 무덤을 찾아 나선다. 한편, 마스터 우는 미리 복사해둔 지팡이 속의 그림을 마사코한테 보여주고, 마사코는 세 가지 그림 중 두 가지를 풀어낸다. 닌자들은 마스터 우의 말을 따라, 양 사부의 에어짓주 비법서를 찾으러 가는데…

닌자들은 로닌에게서 에어짓주 비법서를 사려고 하지만, 쉽게 돈을 구하지 못 한다. 결국 로닌의 가게를 털기로 하는데, 마침 로닌을 찾아온 모로와 유령 궁수(소울)를 만나게 된다. 결국 양쪽 모두 비법서를 갖기 위해 싸우게 되는데…

닌자들은 로닌한테 들은 대로, 에어짓주 기술을 배우기 위해 양 사부의 유령을 만나러 간다. 유령의 사원에 갇힌 닌자들은 여러 가지 테스트를 받게 되고, 결국 양 사부에게서 에어짓주 비법서를 얻게 되지만, 동이 트기 전까지 빠져나오지 못한 콜은 결국 유령이 되고 마는데…

스핀짓주 마스터의 무덤을 찾기 위한 두 번째 여정이 시작된다. 닌자들은 마사코가 알려준 안식의 검을 찾기 위해 구름의 왕국으로 가야 한다. 문제는 구름의 왕국으로 가려면, 눈 먼 자의 눈이라는 바람 속으로 뛰어들어야 한다는 것! 게다가 모로보다 구름의 왕국에 가야 하는데…

닌자들은 모로보다 먼저 구름의 왕국에 도착하지만, 그곳의 지도자인 펜윅은 자신들의 안전을 구하려고 모로와 손을 잡는다. 그러나 다행히 젊은 수도승의 도움으로 닌자들은 성스러운 검을 먼저 손에 넣는다. 이제 두 가지 암호를 풀어 무덤의 위치만 알아내면 되는데...

닌자들은 첫 번째 스핀 짓주 마스터의 무덤에 도착하는 데 필요한 모든 아이템을 가지고 있지만, 무덤의 위치로 이어지는 마지막 수수께끼를 알아 내기 전에 로린은 칼을 훔쳐 모로에게 주어 영혼과 교환한다. 그리나 닌자들과 니야는 그를 막을 수 없습니다.

닌자들은 로닌의 비행선을 타고 바다 밑 무덤으로 들어간다. 세 가지 테스트를 통과한 닌자들은 렐름 크리스털을 손에 넣게 되지만, 모로가 나타나는 바람에 로이드를 구하고 크리스털을 포기한다. 크리스털을 손에 넣은 모로는 다른 공간으로 사라져 버리지만, 로이드와 다시 만난 닌자들은 다행히 초능력이 돌아오게 되는데....

닌자들은 모로의 계획을 막기 위해 스틱스로 향한다. 니야는 로이드로 분장해, 모로를 렐름 크리스털에서 떼어놓는데 성공하지만, 로이드가 크리스털을 없애기 전에 공간의 문이 완성되고 만다. 결국 로이드는 파멸의 지배자한테 붙잡혀 저주의 땅으로 가게 되는데…

유령이 모여서 프레미 넌트를 거대한 거대한 거수로 동원 할 때, 닌자들은 에어 짓주를 사용하여 속도를 늦추기 위해 이동하는 짐승과 싸운다.

동시에 로이드는 모로와 대결하여 렐름 크리스탈을 놓고 싸우고 있다. 동시에, 그들은 서로 다른 영역을 드나 드는 싸움.

닌자들은 머나먼 스타로 왕국, 배니아 공주의 생일 파티에 초대받는다. 그러나 닌자들과 함께 길을 나선 마스터 우는 너무 먼 길이 부담스러운데...

닌자들은 ‘스타로 왕국’에 도착하고, 모험을 좋아하는 바니아 공주를 만난다. 바니아 공주는 콜에게 유독 관심을 보이고, 콜은 그날밤 침실에 몰래 들어온 정체모를 보라색 생명체와 난다. 바니아 공주와 콜은 보라색 생명체를 찾아 지하 통로로 들어가는데…"

지상으로 올라온 바니아 공주의 얘기를 들은 반젤리스 왕은 공주가 몰래 지하로 내려간 사실에 불같이 화를 내고, 콜을 구하기 위해 경호대를 보내겠다고 한다. 닌자들 역시 몰래 지하로 내려가서 콜과 새로운 친구들을 구하려고 한다. 그러나 탈출 시도는 대실패로 끝나고 닌자들까지 포로로 잡히고 마는데…

닌자들은 게클 족과 먼스 족이 왜 앙숙이 된 검에 얽힌 이야기를 듣는다. 닌자들은 스컬 마법사가 검을 가져갔음을 확신하고, 게클 족과 먼스 족에게 검을 찾아줄 테니 잠시만 싸움을 멈추라고 설득하는데…

도망치던 중 다른 닌자들과 헤어진 제이, 로이드, 니야는 머트 무리와 먼스 족이 사는 곳으로 가게 된다. 먼스족의 우두머리, 머테사 여왕은 제이에게 한눈에 반하고, 니야에게 제이를 차지하기 위한 결투를 신청하는데…"

카이, 쟌은 길을 헤매던 중 게클의 구역으로 들어가게 되고, 자신들이 부활의 전사가 아닌 걸 증명하기 위해 미노의 재판을 받게 된다. 다행히 결백이 증명되고, 카이는 게클의 새로운 수상으로 뽑히는데…"

콜은 가까스로 지하 광산에서 빠져나오고, 마스터우와 바니아 공주에게 땅속에서 본 일을 말한다. 바니아 공주는 아버지인 반젤리스 왕에게 사실을 알리러 가지만, 놀랍게도 스컬 마법사는 바로 반젤리스 왕이었다."

콜, 바니아 공주, 마스터 우는 반젤리스 왕에 의해 끝이 없는 구덩이 아래로 떨어진다. 한참을 추락하던 셋은 지하 밑바닥 세상에 도착하고, 그곳에서 ‘로울리’라는 무리를 만나게 되는데...

반젤리스 왕한테 속아서 땅속 가장 깊은 곳, 록바텀에 떨어지게 된 땅아랫족 탐험가들은 바니아, 콜, 마스터우를 만나서, 자신들이 여기까지 오게 된 사연을 들려준다. 바니아는 아버지, 반젤리스가 악당이란 사실에 절망하는데...

콜, 바니아, 마스터 우는 땅아랫족 탐험가들과 하나가 되어 록바텀을 벗어날 길을 찾아서 힘든 여정을 시작한다.

니야가 이끄는 먼스들과 카이가 이끄는 게클들은 서로를 믿지 못 하며 평화 협정을 맺으려 하지 않는다. 그러나 니야와 카이는 각각 부족들을 설득해서 한 자리에 모이고, 닌자들은 재회한다. 그러나 기쁨도 잠시, 스컬 마법사가 되살린 그리프브링어가 이들을 뒤쫓는데...

콜, 바니아 공주, 마스터 우는 땅아랫족과 출구를 찾아 나서던 중, 산맥의 심장이라는 전설 속 흙의 마법사들의 사원을 발견한다. 그곳에서 오래 전, 콜의 어머니 릴리가 스핀짓주 마스터라는 고대 무술을 익혔다는 사실을 알게 되고, 펑거스의 마법을 통해 다른 닌자들이 그리프브링어한테 쫓기고 있는 걸 보게 된다. 그러나 아무것도 하지 못해 낙심한 콜을 위해 마스터 우가 나서는데...

닌자들은 게클, 먼스들과 마법사의 군대와 드래곤한테 쫓기는 신세가 된다. 동굴에 갇혀 더 이상 피할 곳이 없게 된 닌자들은 마법사에게 순순히 따라갈 테니, 게클과 먼스들을 풀어달라고 제안한다. 그러나 마법사는 곧 말을 바꿔, 게클들과 먼스들을 다시 광산으로 데려가는데...

콜, 바니아, 마스터 우는 사원에서 발견한 돌 로봇을 이용해 땅 위로 올라갈 계획을 세운다. 이들은 광산 트랙을 타고 용암 괴물을 피해 드디어 왕궁에 도착하게 되지만, 헤일마르의 부하들에게 잡힐 위기에 처하는데....

닌자들은 스컬 마법사의 감옥에 갇히고, 먼스와 게클들은 다시 포로가 되어 벤지스톤 광산에서 일하게 된다. 콜과 땅아랫족은 게클과 먼스를 풀어주고, 스컬 마법사와 맞붙는데...

콜은 스컬 마법사와 맞서 싸우다가 엄마의 검을 깨뜨리고 만다. 절망한 콜은 엄마가 했던 말을 떠올리며 각성하고, 스핀짓주 버스트를 마스터한다.