成功地解救出被绑架的少女后，相良宗介小队接受了一项新任务：保护一名叫千鸟要的少女，据说克格勃及其他组织想要绑架她。 转学到小要所在的阵代高中后，宗介发现出身伍行的自己似乎很难适应日本的高中生活。先是老师检查他的随身物品时找出了真枪，在做自我介绍时，宗介报出的阿富汗、黎巴嫩、及安哥拉等地名把同学们吓了一大跳。接下来宗介更是突然闯入了女子垒球队的更衣室……

训练有素的宗介以军人的警觉保护着小要，然而他的过度紧张造成了不小的麻烦。不过，由于宗介的英勇表现，小要也渐渐的注意到了这个怪人的存在，对他的看法似乎有了一点变化。 某天同组织的克鲁兹驾驶着AS走在街上，由于开动了ECS电子迷彩，用肉眼是无法观察到它的，但是一名胡子拉渣面目凶恶的大叔却将口香糖粘在了AS的脚上，克鲁兹恍然大悟，意识到此人与要绑架千鸟要的组织有关。

夜里有人鬼鬼祟祟地爬上小要家的阳台，梅丽莎、克鲁兹和宗介三人顿时蹦了起来—— 一直等了这么久，想要绑架目标的人终于出现了。 此时，秘银的精锐潜水艇“丹努之子”号得到了情报，用巡航导弹摧毁了苏联设在符拉迪沃斯托克附近的秘密研究机构，所有的资料都消失在熊熊烈火中。看起来，对小要的保护也将宣告结束了。

阵代高中组织学生前往冲绳进行修学旅行，但是神秘人物九龙劫持了宗介的千鸟要芽所在班级乘坐的飞机，将他们带到了顺安，并准备在研究出小要身上的特殊能力后将所有的学生连同飞机一起炸毁。 宗介救下差点被杀死的老师，很快他认出九龙是自己过去在阿富汗狙杀的恐怖份子，他怎么也想不到为什么这人还能够活着出现在自己面前。

泰莎和加里宁安排了一个能救出所有人的计划，于是梅丽莎和克鲁兹驾驶着AS为先锋，然后Mithril的精锐部队强行空降，将机场完全控制后运走所有的人质。 此时宗介救出了小要，并抢走了一台苏制AS逃出基地，然而九龙驾驶着新型AS截下了他们并打伤了宗介，幸好此时克鲁兹赶到，不过，在敌人先进的武器面前，克鲁兹陷入了苦战。

九龙的AS“科达尔”开动了强大的λ系统，克鲁兹的武器根本无法将其打穿，最后在几乎零距离的搏斗中，克鲁兹的AS被打成了碎片。宗介、小要找到了身受重伤的克鲁兹，三人艰难的在森林中穿行，希望能到达海边与潜艇回合。 小要忽然发生了变化，她身上隐藏的“黑科技”突然觉醒，令她几乎陷入狂暴。此时兴凯湖的军队包围了他们，危急时刻泰莎将新型AS“强弩兵”（ARBALEST）送到他们身边。

宗介驾驶着“强弩兵”消灭了敌人，与九龙的银色AS展开决斗。战斗中双方都开动了λ系统，之前对此并不了解的宗介不禁大吃一惊。但是宗无法将新武器的全部实力发挥出来，在“科尔达”的步步紧逼下几乎陷入绝境。此时小要脑中的黑科技再次觉醒，她用对讲机告诉宗介使用意念来操纵λ系统，在她的指挥下，宗介启动了λ系统的全部力量，一举打倒了九龙。 回到学校后，本以为就此与宗介永别的小要，意外的发现他就在病房门口。

小要被一名叫白井的男生缠上，宗介以为这位倒霉的追求者要伤害小要 ，自然是将他关在厕所里一阵毒打，不过暗恋白井的女生瑞树非常伤心，一直怪罪小要抢走了自己的男朋友。由于怕丢面子她强迫宗介假扮自己男朋友，以应付好友的追问。 经过瑞树的打扮，整天板着张扑克脸的宗介摇身一变成了一个着装前卫的大男孩，被推到了瑞树的朋友面前。 骗局最后被拆穿，瑞树的初吻被糊里糊涂的宗介夺走，只因他把接吻当成了自己曾经在战场上做过很多次的人工呼吸。

东京成田机场抓获了一名入境少年卓间，他很可能是A21恐怖组织进行λ系统的研究相关“耳语者”。为此泰莎来到东京，但是在研究所遭到A21组织的突袭，保安人员在敌人的重型装备攻击下被横扫一空，加里宁也因为保护泰莎而身受重伤，被A21恐怖组织的驾驶员莎拉俘获。 由于宗介的不解人意，小要把他大骂了一通。回到家中，宗介赫然发现司令泰莎带着卓间躲在自己家里。此时来找宗介道歉的小要破门而入。

梅丽莎和克鲁兹找到了大难不死的宗介，大家偷了一辆小货车赶往码头。 三人冲破了当地警方的包围来到货船里，此时卓间回到了姐姐莎拉身边，为了得到姐姐的认同，在混战中负伤的他坐上了巨大的AS“Behemoth”，超乎想象的庞然大物一把将梅丽莎的AS像玩具一样捏在手里，所有人都被这恐怖的景象吓呆了。

卓间驾驶着“Behemoth”在街头疯狂的追杀宗介等人，虽然克鲁兹用高超的枪法打伤了它，但卓间却变的更加狂暴，誓要将他们踩成肉饼。泰莎紧急调用巡航导弹运输“强弩兵”到宗介身边，此时小要的能力再次觉醒，她指引宗介攻击behemoth的薄弱关节将其打倒。战斗结束后，泰莎忽然说出自己喜欢宗介的惊人话语。

某天梅丽莎和泰莎争吵起来，两人决定用AS进行决斗来证明自己的实力，而输掉的人，就要 绕基地裸奔一周。男人们顿时为之沸腾。 泰莎找来宗介当教练，但缺乏运动神经的她常常摔个屁股朝天。于是她决定用计谋对抗战斗专家梅丽莎，果然侥幸取胜，然而作为赌注的裸奔却。

风间信二的父亲是一名AS部队的指挥官，该部队在与兄弟部队的AS比武中总是败北，使得士气十分低落，信二也因此对父亲失去了信心。 宗介隐瞒身份帮助风间小队参加了比赛，与此同时对方的一名英俊军官盯上了小要千鸟要，双方全力以赴，最后熟悉对方机体的风间大叔与其小队取得了胜利。

梅丽莎等人来到风景秀丽的海滩度假，但千鸟要因为宗介的缺席而闷闷不乐。原来Mithril的情报机关发现了九龙的行踪，决定派出精锐部队实施暗杀，有丰富经验的宗介被借调，驾驶着“强弩兵”前往他出生长大的中亚小国巴基斯坦。 同行的Mithril驾驶员高傲自大，在与敌人的初次交火中便被打的溃不成军。

驾驶着强弩兵的宗介成功地抵挡住了九龙的攻击，队友们趁机强走了这伙恐怖份子小心保护着的货车，结果发现车里装的居然是核弹。宗介等人带着受伤的战友艰难地躲避着敌人的追杀。宗介设计伏击九龙，但他过去的战友扎伊特如今与九龙在一起，他猜出了宗介的计谋，带领九龙及恐怖份子出动大批部队围剿宗介一行人。

在扎伊特的攻击下，宗介陷入苦战。此时九龙突袭待机的其余队友，虽然他们拼命反抗，但在先进的武器面前无法抵挡全部被杀，其中女雇佣兵格雷连同AS一起被残忍地钉在悬崖上。 宗介侥幸打倒了扎伊特赶回救援，与九龙发生正面激战，双方的λ系统全开碰撞，发生了巨大的爆炸。

学校举行文化节，但宗介却用上全部预算去建造一个安全门，令小要大为恼火，不过宗介却忽然邀请她去南方“南方小岛”度假，令她欣喜不已。 不过此时由于恐怖分子袭击了费尔岛并获得大量化学武器，泰莎不得不修改计划，让宗介带小要跳伞来到水下的丹努号，一起庆祝这艘潜艇下水一周年。

小要、梅丽莎和泰莎三人坐在由AS化学清洗池改造的浴缸里，谈起了过去梅丽莎和宗介及克鲁兹最初相遇的情形。

泰莎告诉了小要一些关于“耳语者”的秘密，原来她自己也是一个“耳语者”。 很快“Mithril”发动了拯救费尔岛上人质并摧毁化学武器的行动，为了对付苏制AS“毒液”和头号恐怖份子九龙，驾驶强弩兵的宗介被安排专门与“毒液”缠斗。出乎众人意料，一番激战后九龙居然举手投降。

九龙被带进了丹努号，尽管加里宁相信他另有所谋，但并没有想到丹努号内部已经被渗透。九龙和丹努号里暗插的第五纵队会合，突然袭击了舰桥，将丹努号掌握在了自己手中。

九龙将泰莎当成人质，迫使艇员们就范，并改变了艇里的电脑设置。为了制止他的疯狂，泰莎帮助小要带着机密钥匙逃走，九龙用丹努号的潜射导弹攻击了海面上的美军巡洋舰“邦克山”号。

美军潜艇向丹努号发射了鱼雷，但九龙似乎想拖着全舰的人一起死。此时小要已经拿到了泰莎的钥匙，她和宗介来到了丹努号的最机密地带——原来这里是丹努号的λ系统。小要和λ系统连接上后，泰莎通过她重新控制了丹努号，并让丹努号冲上了海面。九龙逃到了机库并启动了“毒液”，与宗介的“强弩兵”展开一场恶战。

经过一番死战，宗介的强弩兵打倒了九龙的毒液，垂死挣扎的九龙忽然发力紧紧抱住了强努兵并开动了自爆装置。此时控制着丹努号的小要用升降机将两人送上了弹射甲板，在最后几秒中，宗介得到了小要的指引，将九龙卡在弹射器上自己则绑住了甲板，巨大的冲力将九龙和“毒液”弹进了海中，随后便是恐怖的爆炸。