Böse Organisationen haben es auf die Oberschülerin Kaname Chidori abgesehen. Zu ihrem Schutz wird der Soldat Sousuke Sagara undercover in ihre Schule eingeschleust. Dummerweise wittert Sousuke hinter jeder Ecke eine Bedrohung und bringt so Kanames Leben gehörig durcheinander.

Ein Einbrecher dringt in Kanames Wohnung ein, wodurch natürlich sofort Sousuke und sein Team alarmiert werden. Gleichzeitig muss sich Captain Teletha "Tessa" Testarossa, Sousukes Vorgesetzte, überwinden, eine Rakete auf ein Forschungslabor in der UdSSR abzufeuern.

Kanames Klasse ist auf dem Weg zu einem Schulausflug nach Okinawa. Plötzlich wird das Flugzeug entführt und Kaname in die UdSSR verschleppt. Nun muss sich Sousuke an die Rettung des Mädchens machen.

Sousuke befreit Kaname aus den Fängen der Terroristen, während Mithril eine Rettungsoperation startet. Den Schülern gelingt zwar die Flucht, nur müssen Sousuke und Kaname zurückbleiben.

Sousuke, Kaname und Kurz suchen im Wald Schutz. Gerade als die Situation ausweglos scheint, erscheint Hilfe in Form des neuen Arm Slave Arbalest.

Es kommt zum Kampf und Sousuke hat Probleme mit Arbalests Lambda Driver. In Kaname erwachen ihre Whispered-Fähigkeiten, wodurch sie Sousuke zum Sieg verhelfen kann.

Shirai, der in einer Beziehung mit Mizuki ist, macht sich an Kaname ran. Das Paar trennt sich und Mizuki braucht vor ihren Freunden schleunigst einen Ersatzfreund. Sousuke soll dabei aushelfen, doch Kaname gefällt das gar nicht...

Tessa wurde losgeschickt, um einen Jungen zu begutachten, der zu einer Terrororganisation gehören soll. Auf einmal greift die Terrorgruppe A21 an, um den Jungen zu befreien. Tessa muss fliehen.

Tessa und der Junge sind in Sousukes Apartment untergekommen. Die Ruhe ist nur von kurzer Dauer, denn Kaname und Tessa werden von den Terroristen entführt. Nun steht Sousuke vor einer folgenschweren Entscheidung.

Kaname und Tessa werden zu einem Containerschiff gebracht. Sousuke und die anderen versuchen die Mädchen zu retten. Währenddessen aktiviert der Junge Takuma den Behemoth Arm Slave.

Behemoth startet seine Zerstörungstour, während Mithril Arbalest losschickt. Mithilfe Tessas und Kanames Fähigkeiten als Whispered, versucht Sousuke den starken Gegner zu besiegen.

Während eines Streits fordert Tessa Melissa zu einem AS-Kampf heraus. Tessa, die merkt, dass sie Melissa unterlegen ist, bittet Sousuke darum, sie zu trainieren.

Während den Ferien besuchen Sousuke und die anderen ein Sommerfest. Bei einem AS-Wettstreit kommen sich Shinji und sein Vater wieder näher.

Der Terrorist Gauron lebt und Sousuke soll ihn mit einer Spezialeinheit zur Strecke bringen. Leider ignoriert die Truppe Sousukes Vorschläge und muss schwere Verluste hinnehmen.

Sousuke und die Überlebenden seines Teams suchen Unterschlupf in einer Höhle. Der junge Soldat ahnt nicht, dass an Gaurons Seite sein Freund aus Kindertagen kämpft.

Sousuke besiegt seinen ehemaligen Freund und muss sich Gauron erneut gegenüberstellen. Es entfacht ein erbitterter Kampf.

Kaname wird von Sousuke auf eine Südseeinsel eingeladen. Sie ist voller Vorfreude, ahnt jedoch nicht, dass es sich dabei um eine Mithril-Basis handelt.

Kaname, Tessa und Melissa nehmen gemeinsam ein Bad. Dabei erzählt Melissa, wie sie Kurz und Sousuke kennengelernt hat.

Tessa weiht Kaname in weitere Geheimnisse der Whispered ein. In der Zwischenzeit startet eine neue Mission, um Gauron zu besiegen und es gelingt tatsächlich, ihn gefangen zu nehmen.

Der aufgebrachte Sousuke verletzt Kanames Gefühle und muss mit ansehen, wie Gauron die Gewalt über das Schiff erlangt hat.

Gauron benutzt Mithrils Schiff, um seine Rache zu vollziehen. Währenddessen schmieden Tessa und Kaname einen Plan, um das U-Boot zurückzugewinnen.

Kaname verbindet sich mit dem Computersystem des Schiffs und ihr gelingt es, dieses neu zu programmieren. Sousuke kann Tessa und die anderen befreien, aber Gauron gelingt die Flucht.

Sousuke und Gauron kämpfen gegeneinander. Gauron aktiviert den Selbstzerstörungsmechanismus seines AS. Die Situation scheint ausweglos.