Après une mission de sauvetage, Sousuke Sagara, un mercenaire de l'inorganisation Mithril (organisation qui lutte contre le terrorisme) est investit d'une nouvelle mission consistant à protéger une jeune citoyenne japonaise du nom de Chidori Kaname. Pour assurer cette mission, il est assisté par deux autres mercenaires du nom de Mélissa Mao et Kurz Weber. Sousuke est transféré en tant que lycéen dans la même classe que Chidori afin de la protégée . Cependant, il n'est pas facile de protéger quelqu'un sans se faire remarquer et Sousuke à quelques difficultés à s'adapter a ce milieu paisible. Très vite, il se fait remarquer par tous le monde en passant pour un fana de guerre bizarre en provoquant plusieurs accidents......

Pendant que Mithril traque toujours les individus étant à la poursuite de Chidori notamment en détruisant une de leur base, Sousuke poursuit sa mission en apprenant à recycler les détritus en vu du voyage d'école qu'ils vont faire. Afin qu'il se repose un peu, Mélissa et Kurz prennent la relève mais au moment où ils pensent que tous danger est écarté, un individu escalade la façade de l'immeuble ou Chidori réside. Cet individu n'est autre que Shinji Kazama, camarade de classe de Chidori, qui est venu dérober ses sous-vêtements afin de récupérer ses négatifs que ses amis lui on pris. Surpris lorsqu'il découvre la vérité, Sosuke ne trouve rien de mieux que de discuter avec Shinji sur le balcon de Chidori. Lorsqu'elle découvre les deux compères son sur son balcon, petite culotte dans la main, Chidori ne peux que s'énerver et jeter comme il se doit ces deux vicieux. Alors que le voyage scolaire commence, une tension se fait ressentir entre les deux personnages à cause de cet événement.

L'avion viens de décoller de l'aéroport emmenant la classe vers son lieu de destination mais celui-ci est détourné par des terroristes dont le chef se nomme Gauron. C'est en atterrissant sur une base militaire d'un autre pays qu'ils découvrent qu'ils sont pris en otage. A ce moment, Sosuke, isolé face à l'ennemi, ne peux qu'attendre le meilleur moment pour agir et ainsi sauver tous les occupants de l'avion. En même temps, Chidori est emmenée afin de subir des expériences qui déterminerons si elle est oui ou non une « Whispered ». Sosuke parvient à s'échapper de l'avion afin de secourir Chidori tandis que Mithril échafaude un plan de sauvetage....

Sosuke vient à la rescousse de Kaname, et le reste de l'équipe de secours arrive également sur les lieux, mais peuvent-ils retenir l'armée et sauver les étudiants ? Est-ce que Sosuke peut mettre Kaname en sécurité ?

Alors que l'équipe de secours est partie, Sousuke, Kaname et Kurz essaient de trouver un moyen de se remettre en sécurité.

Sagara et Kaname échappent à peine à l'ennemi. Maintenant en fuite, ils essaient de trouver une issue. Au fond de la forêt, Sagara ne peut plus bouger avec ses blessures, alors Kaname décide de s'arrêter et de se reposer un peu.

Sosuke décide soudainement de devenir le petit ami de Mizuki ! Les fans de Mizuki sont en colère contre Sagara - mais c'est la réaction de Kaname dont il devrait s'inquiéter.

Lorsque Tessa se précipite vers une base des FDS après avoir appris qu'un membre de l'A21 a été capturé, elle est choquée de trouver Takuma Kugayama. Seina, aux commandes d'un RK-92, a une surprise encore plus grande qui l'attend.

Kaname est de mauvaise humeur après avoir vu Tessa sortir du bain. Malheureusement, alors même que Sousuke Sagara essaie d'expliquer que les choses ne sont pas ce qu'elles semblent être, Tessa trouve un moyen d'aggraver la situation.

Kaname et Tessa sont emmenés ! Le gang suit le signal transmis par le bracelet de Kaname pour les retrouver, mais une fois arrivés à destination, ils sont encerclés par les autorités.

Le géant AS - Behemoth - est en mouvement, écrasant le M9 de Mao en quelques secondes seulement ! Lorsque Kurz tente d'engager la monstruosité, la situation semble mauvaise - jusqu'à ce qu'un croisé apparaisse dans le ciel !

Tessa et Mao décident que la meilleure façon de régler une grosse dispute est avec une bataille AS ! Alors que Mao est calme et posé, Tessa cherche désespérément une formation auprès de Sousuke.

Kaname, Sousuke et le gang profitent des vacances d'été pour visiter le festival militaire de Narushino, et lors de la compétition AS annuelle, Sousuke aide à donner un avantage à l'opprimé.

Après avoir appris que Gauron est toujours en vie, Sousuke reçoit l'ordre de rejoindre l'équipe d'assassinat de Gauron. Alors qu'il se prépare pour la mission, il n'a aucune idée de l'effet que ses actions auront sur Tessa et Kaname.

L'équipe d'assaut Mithril commence enfin à prendre en compte les conseils de Sousuke, mais il est peut-être trop tard : Gauron demande à l'un des anciens camarades de Sousuke de prédire ce que Sosuke va faire.

Zaied déjoue l'équipe de Sousuke et interdit leur avance ! L'équipe de Zaied entoure l'équipe de Sousuke qui porte une ogive nucléaire. Zaied se déplace en premier. Alors que Sousuke se bat contre Zaied, Gray et l'équipe sont consternés par la puissance de Gauron.

Sousuke dépense la majeure partie du budget pour le festival de l'école. Kaname est tellement déçu. C'était peut-être ses excuses ? Il l'invite à "aller sur une île du sud", mais la destination n'est pas celle qu'elle pense...

Flashbacks du temps de Kurz et Sousuke en tant que stagiaires.

Le De Danaan se dirige vers l'île de Melida lorsqu'il reçoit un contact d'urgence. Les troupes de Gauron sont apparues sur l'île de Beridaobu ! Cette île est la base d'armes chimiques de l'armée américaine.

Gauron parvient à s'échapper grâce à la trahison de deux soldats. Gauron prend Kaname en otage et reprend Dana, l'IA du De Danaan.

Des problèmes se préparent sur les Tuatha de Danaan. Gauron a pris le contrôle de Dana et a isolé l'équipage dans la moitié arrière du navire. Tessa et Kaname sont retenus prisonniers sur le pont, impuissants à arrêter Gauron.

Kurz et Sousuke, libres de parcourir le navire presque vide, se battent pour libérer l'équipage confiné. Pendant ce temps, Gauron se désespère.

Kaname maintient le navire ensemble pendant que Gauron et Sousuke s'affrontent. Le problème est que Gauron sait qu'il est battu d'une manière ou d'une autre. Il prévoit d'emmener tout le monde avec lui.