世界最強といわれる特殊部隊「ミスリル」。その組織に所属する相良宗介は、あらたな任務として、陣代高校に通う女子高生、千鳥かなめの護衛を言い渡された。早速、任務遂行のため、転校してきた宗介だが、平和な日本で戦争ボケをかましまくり、逆に変人扱いされる。

ようやくかなめと仲直りし、いい関係になれた宗介。護衛任務も快調。本当にかなめを狙う組織が存在するのか？と、疑問に思いかけていた矢先、かなめの自宅に侵入する人影が！ 早速、侵入者を捕らえるべく出動した三人だが、これがまたかなめとの関係をぶち壊す大変なことになるのだった。

前回の事件で、またまた不仲になってしまったかなめと宗介。そんな中、陣代高校は沖縄へ修学旅行に行くことになった。当然、同行する宗介。せっかくの旅行にもかかわらず、飛行機内でもかなめは無視、無視…。さあ到着後関係を修繕しよう、と思いきや、到着した場所は沖縄とは似ても似つかない場所であった。

ハイジャックされたかなめたち陣代高校の面々。実はハイジャック犯はかなめを狙う連中だった。実験体にされそうになったかなめを危機一髪救出する宗介。その後、ASサベージを操り、脱出するものの行く手を阻む未確認ASが…。そこから木霊する声は死んだはずの宿敵、ガウルンだった。

ガウルンのAS「コダール」との激戦の末、九死に一生を得たクルツ。かなめと宗介にやっとの思いで合流したそのとき、宗介自身もかなりの傷を負っていた。二人の負傷者を抱えたかなめ。自分たちが足手まといだとする宗介は、かなめだけでも逃げるように諭すのだった。

クルツとの戦闘による損傷を癒し、再活動し始めたガウルン＝「コダール」。再度、今度は新型AS「アーバレスト」に搭乗した宗介と対戦。「ラムダ・ドライバ」が作動せず、ピンチの宗介。止めをさそうとする「コダール」。そのとき、かなめの隠された能力が開花する。

ガウルンとの激しい攻防を制した宗介、かなめたち。またいつもの学園生活が始まった。そんなある日、かなめの同級生「稲葉瑞樹」は彼氏の白井にふられた直後、友達に彼氏を紹介する羽目に…。困惑する瑞樹。そんな彼女が彼氏役に指名したのは、何と宗介だった！ 複雑な心境のかなめ。

かなめとの宿題の約束を、ミッションのためすっかり忘れていた宗介。慌てて、学校に戻ってきたが、待っていたのはかなめの投げた二塁ベースだった。そのころ、成田空港の税関で奇妙な行動を繰り返す少年が捕まった。名はタクマ。この少年と謁見するため本土に降り立ったテッサだった。

テッサとタクマを自宅に匿うはめになってしまった宗介。宗介と仲直りしようと訪ねてきたかなめの前に、バスタオル1枚で現れた艶かしいテッサ。宗介を挟んで一触即発の奇妙な三角関係が始まった。そんな中、タクマは着々と脱出するための策を講じるのだった。

テロリストA21によって捕まったかなめとテッサ。彼女達が向かうのは若者で人気のスポット有明お台場であった。二人を救出すべく後を追う宗介達。彼等を待っていたのは、この世のものとは思えないとてるもない化け物であった。

超巨大AS「ベヘモス」が起動した！ 暴れまわるベヘモスの追跡から逃れようと、疾駆するかなめ、宗介達の軽トラ。追跡をかわそうと彼らが逃げ込んだのは、国際展示場「ビックサイト」。窮地に追い込まれたその時、夜空にきらめく一筋の閃光が。

ミスリルの本拠地「メリダ島」。ドック入りしているトゥアハー・デ・ダナンの整備に疲労困憊しているテッサ。自室に戻ったテッサが見たものは酒とタバコまみれのマオの醜態であった。怒り浸透のテッサ。マオに食ってかかり、挙句の果てに両者、ASでの決闘となってしまう。

信二の父親も参加する自衛隊の基地祭に赴くかなめ、宗介達一行。AS同士の卓球大会、綱引き、騎馬戦…。まるで、AS運動会である。そんな中、信二はASに乗れない制服組の父親が歯がゆくて仕方がない。ついには親子喧嘩にまで発展してしまう。

ガウルンはやはり生きていた！ その不死身のガウルンを暗殺すべく命を受けた部隊に宗介も参加することに。部隊が派遣される場所は、皮肉にも宗介の故郷であった。複雑な思いの宗介。一方、かなめは、仲間達と海水浴に来ていた。

隊長を失った宗介達部隊。悲しんでいる暇もなく、襲い来る敵機。部隊が奪取した核弾頭を奪還すべく、銃弾を浴びせる敵機。応戦すべく体制を立て直す部隊であったが、バチストの治療のため一時避難することに。そこは宗介が幼い頃、仲間達と共に戦った場所だった。

敵にかつての同士であり、宗介の盟友だったザイードがいた！ザイードは宗介の行動全てを見透かし、裏をかいてくる。防戦一方の宗介達。激しい戦闘の中、ついに、ザイードvs宗介！ザイードの乗るASは新鋭機「シャドー」。絶体絶命の宗介、アーバレスト。

夏休みも終わりに近いある暑い日、かなめ、宗介達は文化祭の準備真っ只中であった。文化祭の予算のほとんどをしょーもない複合装甲のゲートで使ってしまった宗介。すっかり意気消沈したかなめに対して、数日間南の島に二人っきりで出かけようと誘う。

デ・ダナン内、女性士官特別バスルーム。かなめ、テッサ、マオの三人が入浴中である。いつしか、話はマオの宗介とクルツとの出会い話に…。当時、マオは新しい部下を探すべく、ミスリルの訓練キャンプに来ていた。そこで出会った二人は、部下としては、はっきり言って落第点だった。

米軍の施設、「ベリオ共和国・ベリルダオブ島の化学兵器解体基地」がテロリストグループによって占拠された。島に急行するデ・ダナン。施設を占拠したのは、ソ連の新型AS「シャドー」。そして…、赤い不気味なAS「ヴェノム」であった。殲滅すべく出撃する6機のM9。そんな中、一人だけ取り残されるかなめであった。

ベリルダオブ島での激戦に勝利した宗介達。しかし、「ラムダ・ドライバ」を発動できず、マオを重傷に追いこんでしまった宗介は、一人責任を痛感するのであった。心配げなかなめにもやつ当たりしてしまう。そんな中、捕虜になったにも関わらず、ガウルンは余裕の笑みを浮かべていた。

「デ・ダナン」を乗っ取ったガウルン。彼が取った行動は、米軍の戦艦「コロラド」へのミサイル攻撃であった！ 是が非でも阻止しようとするテッサは、かなめと共振、すべてをかなめに託すのだった。方や、海底からは米軍の原潜「パサデナ」も追って来ていた。

米軍の原潜「パサデナ」に追い詰められた「デ・ダナン」。高笑いのガウルンは、「デ・ダナン」の限界深度を超えて艦を沈めていく。そんな中、テッサの共振により、ようやく、「デ・ダナン」の心臓部、「レディ・チャペル」に、かなめがたどり着いた。

いよいよ宗介VSガウルンの最終決戦の時が来た！ 舞台は、「デ・ダナン」。大嵐の中、激しい戦いが展開される。一方、米軍の原潜「パサデナ」からの攻撃ソナー音もドンドン大きく響いてきていた！ 絶体絶命のピンチ!! その時！ どこからか「女神」の声が聞こえた。