Mithril et le SRT sauvent des réfugiés pris dans une guerre civile dans le pays africain de Balic. Cependant, au cours des combats, ils découvrent que l'ennemi possède des armes avancées rivalisant avec les leurs. Ils supposent qu'une organisation bien financée et bien équipée peut fournir leurs ennemis.

Sousuke et Kazama enquêtent sur qui publie des photos embarrassantes et révélatrices de Kaname sur Internet. Pendant ce temps, les agents d'Amalgam dirigés par Gates extraient le paiement de la force militaire balique qui a attaqué Mithril et tentent de reconstituer ce qui s'est passé pendant la bataille.

À Nanjing, Amalgam kidnappe des délégations de paix du nord et du sud de la Chine et se fortifie dans un tunnel souterrain sous le fleuve Yangtze. Mithril tente un sauvetage dans les limites dangereuses du tunnel, mais tombe dans le piège d'Amalgame.

Mithril est perplexe quant à la capacité de l'ennemi à suivre ses mouvements. Une fois qu'ils se rendent compte que leurs communications ont été compromises, Tessa et le commandant Andrei Kalinin donnent de faux ordres pour faciliter le sauvetage et renverser la situation sur Amalgam.

Le SRT se rend en Sicile pour capturer le traître de l'opération Nanjing. Sousuke a des difficultés à concilier travail et école lorsqu'il essaie d'avoir une conversation téléphonique avec Kaname et de conduire un véhicule d'évasion en même temps. Un mystérieux AS apparaît également pour aider l'équipe à s'enfuir. Voyant le stress de ses tâches quotidiennes, Mao décide d'interroger Sousuke sur ses propres plans pour l'avenir.

Mithril tente d'en savoir plus sur la mystérieuse organisation Amalgam. La relation entre Sosuke et Kaname commence à s'épanouir; cependant, la direction de Mithril lui interdit de la voir après que ses fonctions de garde du corps aient été attribuées à un autre agent.

Sousuke se dispute avec son remplaçant, l'agent Wraith, au sujet de la mission de protection de Kaname. Kaname se demande pourquoi Sousuke n'a pas suivi de cours depuis des jours et commence à s'inquiéter. Lorsqu'elle a besoin de le voir après une rencontre fortuite avec l'agent d'Amalgam Xia Yu Lan, elle trouve son appartement vacant et il a disparu.

près le retour de Sousuke sur l'île de Mérida, Tessa le réprimande pour s'être impliqué émotionnellement avec Kaname et avoir négligé ses autres fonctions. Le Lt Belfangan Clouseau, le pilote de l'AS vu dans l'opération Sicile, est transféré au SRT en tant que nouveau commandant. Après avoir affronté Kurz au bar pour avoir offensé la mémoire des camarades morts du SRT, Clouseau organise un duel AS pour aider Sousuke à faire fonctionner correctement l'Arbalest.

Kaname confronte l'agent Wraith au sujet du départ de Sousuke, mais alors qu'elle est sur le point d'obtenir des réponses, Xia Yu Lan tend une embuscade aux deux. Kaname déjoue son poursuivant jusqu'à ce que Leonard Testarossa, un autre agent d'Amalgam qui est également le frère de Tessa, se présente et tue Xia Yu Lan. Il révèle que l'assassin était un agent voyou agissant en dehors des intérêts d'Amalgame.

Sousuke continue d'errer à Hong Kong et rencontre une prostituée qui ressemble beaucoup à Kaname. Tessa est "forcée" par l'amiral Jérôme Borda de déployer Clouseau, Melissa et Kurz sur l'île après la confirmation des observations du Venom AS.

Xia Yu Fan conduit Sousuke à Gauron alors qu'elle s'enfuit pour combattre Clouseau, Melissa et Kurz à Hong Kong alors que le nord et le sud de la Chine sont au bord des hostilités.

Toujours démoralisé par les affirmations de Gauron d'avoir tué Kaname, Sousuke reste inerte jusqu'à ce que Kaname apparaisse enfin pour le remettre sur pied. Inspiré par sa présence, Sousuke pilote à nouveau l'Arbalest pour détruire Gates et ses hommes.