Mithril og SRT rednings flygtninge fra en by splittet af borgerkrig. Men i løbet af kampene, opdager de, at fjenden besidder avancerede våben rivaliserende deres egne. De formode, at en højt finansieret, veludstyret organisation kan levere deres fjender.

Sousuke og Kazama undersøge, hvem er udstationering pinligt og afslørende billede af Kaname på internettet. I mellemtiden, Amalgam agenter, ledet af Gates, udtrække deres betaling fra deres militære kunder.

I Nanjing, Amalgam kidnapper fred delegationer fra det nordlige og det sydlige Kina og styrke sig selv i en underjordisk tunnel under Yangtze-floden. Mithril forsøger en redningsaktion i tunnellens farlige begrænser, men falder i Amalgam fælde.

Mithril er forvirret over, hvor fjenden er i stand til at følge deres bevægelser. Når de indser, at deres kommunikation er blevet kompromitteret, Tessa og Kalinin giver falske ordrer til at lette redning og vende tabellerne på Amalgam.

SRT rejser til Sicilien for at fange forræderen fra Nanjing operation. Sousuke har svært balancering arbejde og skole, når han forsøger at have en telefon samtale med Kaname og køre flugtbilen på samme tid.

Mithril forsøger at lære mere om den mystiske Amalgam organisation. Kaname og Sousuke forhold begynder at blomstre; dog Sousuke omfordelt til en anden mission, og er forbudt at se Kaname.

Sousuke argumenterer med hans afløser om den mission at beskytte Kaname. Kaname undrer Sousuke kommer ikke i skole, og begynder at blive bekymret. Når hun har brug for at se ham, hun finder ud af, at hans lejlighed er ledig, og han er forsvundet.

Tessa skælder Sousuke for følelsesmæssigt involverer sig med Kaname og negligerer hans andre opgaver. SRT modtager en ny leder, der iscenesætter en AS duel for at hjælpe Sousuke korrekt betjene Arbelast.

Kaname konfronterer Mithril operative sendt til erstatte Sousuke; men da hun er ved at få svar, er hun angrebet af en Amalgam snigmorder. Kaname narrer hende forfølgeren indtil Leonard Testarossa, en anden Amalgam agent, dukker op og dræber hendes morder. Han afslører, at morderen var en slyngelstat agent, der handler uden for Amalgam interesser.

Sousuke og Melissa er indsat på en delt Hongkong i et team bestående af SRT / PRT personel i østasiatisk oprindelse for at finde en Amalgam Codarl (m)-typen Arm Slave angribe Nord og Syd kinesiske hærenheder, men Sousuke følelser for Kaname steder hans Mithril kammerater næsten i fare, tjener en prædiken fra Melissa

Sousuke møder Gauron, nu lammet og ved at dø, mens Xia Yu Fan bekæmper en SRT enhed ledet af Closeau i downtown Hong Kong som spændinger fortsat montere mellem Nord og Syd Kina.

Kaname gør et overraskende besøg i Sousuke i Hong Kong, og hjælper ham i at bruge Arbalest s Lambda-driver til fulde. Sousuke besejrer Gates én gang for alle, vender derefter tilbage til Tokyo - og gymnasiet - med Kaname.