超国家的秘密組織「ミスリル」は、難民救助のため内戦中のバリク共和国に、宗介たちの部隊を派遣。世界でも最新鋭の装備を誇るミスリルだが、現地ではミスリルの介入を見越していたかのように、対抗できるだけの装備を持った政府軍の部隊が待ち構えていた。宗介の搭乗したアーバレストは、退路を断たれ窮地に追い込まれる。

　千鳥かなめが、何者かに狙われている！？風間信二から、ホームページのサイトに、無断で、かなめの写真が掲載されていることを知らされる宗介。早速、犯人を拘束すべく、学校内を調査することに。一方、そんな宗介たちの日常とは裏腹に、謎の中国少女他、敵組織らしき人物の存在が明らかになる。

　南北に分断された中国の南京で、和平会談に出席していた北中国の代表団を武装グループが拉致。中国が再び内戦状態になるのを防ぐため宗介たち、ミスリルの部隊が代表団救出に派遣される。しかし、代表団を拉致したのは単なる武装グループではなく、ゲイツ率いるアマルガムの部隊であり、拉致事件は宗介たちをおびき寄せるための罠だった。

　裏切り者、ブルーノの仕業により、ゲイツ率いるアマルガムの部隊に、作戦行動が筒抜けとなってしまうミスリル部隊。次から次へと敵に先回りされてしまう。いぶかしがるテッサは、自分たちの作戦情報が漏れていることを確信する。いよいよ追い込まれていくミスリルの部隊。万事休す！と思われたその時、テッサの取った行動とは？

　メリダ島基地会議室。ミスリルの高官たちに取り囲まれているテッサ。今回のブルーノの件でミスリル作戦部、情報部双方から責めを負う。一方、その当人ブルーノは、ミスリルの手から逃れるため、イタリアはシチリアの知人宅に身を隠す。そこで彼は、ある東洋人の美女と出会う。その美女の正体は！？

　ミスリルへの帰還命令の出た宗介は、かなめのもう一人の護衛者、情報部のレイスとやり合う。重なる任務に、護衛の不備を突付かれ歯噛みする宗介。その翌日、宗介と二人の時間を過ごすことができたかなめは、ご機嫌！ 登校途中、恭子との会話に興じる。まもなく、いつもの授業が始まる。しかし、宗介の席は空席だった…。

　メリダ島。ミスリル西太平洋基地。着陸するC-17輸送機。輸送機を降りてきたのは、ベルファンガン・クルーゾー中尉。宗介たちの新しい上官である。その近くを早足で通り過ぎていく宗介。彼が向かったのは、戦隊長、テッサのオフィスだった。対面する二人。重苦しい雰囲気の中、テッサは厳しい姿勢で宗介に応待する。

　宗介がいなくなり、急に恐怖心が湧き上がってきたかなめ。朝まで寝付けず、憔悴しきった顔で登校すると、待っていたのは、神楽坂先生のアナウンスだった。職員室に呼ばれたかなめに、手紙を手渡す神楽坂。その手紙の中身は、宗介からの、「退学届け」だった！

　香港で所属不明のASによる大規模な破壊行為が発生した。北中国軍と南中国軍がにらみ合う香港が、火の海になることを防ぐべく、出撃する「ミスリル」部隊。香港到着までの間、宗介は、格納庫のアーバレストに乗り込み、AIの「アル」と会話を始める。

　ASを積んで香港に向かうゲイツの部隊。その頃、宗介は、当てもなく、玉芳のコダールによって破壊された香港の街中を彷徨っていた。香港を火の海にすることだけは避けたいミスリル。コダールの潜伏先を洗っていた、ヤンとウーは、上環にある建設中のマンションで、死体を発見する。その死体にはあるメッセージが仕込まれていた！

　例のメッセージにいぶかしがる宗介。北中国軍と南中国軍との軍事的緊張感が高まる中、九龍半島に上陸するM9部隊。両軍の開戦までタイムリミットは後わずか…。メッセージに従い、ツィムシャツォイにあるアラブ人街を訪れる宗介。そこで宗介は、更なる行き場所を指示される。そこは、九龍公園だった…。

　コダールの攻撃で燃える香港市街。「もはや限界だ…」と諦めのボーダー提督。それでも宗介を信じるテッサ。九龍城跡の市街、燃え盛る建物のそばで、うずくまる宗介。そこに現れるヤンとウーの二人。かなめの死を知り呆然とへたりこむ宗介に、ヤンは、銃を向ける！