波しぶき立ち上がる岸壁近くの墓地で出会う双子の兄妹、レナードとテッサ。対峙する二人。テロ組織「アマルガム」は“その時”を迎えるべく、着々と準備を進めていく。一方、冬の都立陣代高校では間もなく、三学期を迎えようとしていた・・・。

対テロ組織集団「ミスリル」の西太平洋戦隊の本拠地メリダ島では、気象被害が起きていた。突如、メリダ島に向かって飛来するミサイルの大群。“アラート！”緊急事態に陥るテッサたち。

太陽からの電磁波「太陽風」によってミスリルの衛星回線が支障を来した。その自然災害に便乗してメリダ島を強襲するアマルガム。多数のミサイル攻撃に迎撃を試みるテッサたち。

敵アマルガムがメリダ島に上陸。いよいよ白兵戦に突入したテッサたちミスリルのメンバーは、デ・ダナンで脱出を試みる。一方で常盤恭子を人質に取られた宗介とかなめは、恭子を助け出すため、クラマと取引をする。

フォトグラファーのレモンは観光途中、ガラの悪い男たちから因縁をつけられ金品を奪われそうになるも、ポニーテールの若い女の子、ナミに助けられる。ナミは、レモンを救い出した報酬として５０００ドルを要求する。

「闇バトル」に挑むことになった宗介。ナミのサポートもあり、搭乗するサベージ「アル二世」も準備万端。いよいよバトルが始まる。対戦相手はまさかの相手だった。一方、ナミたちはバトルに同行させてもらえず・・・。

クラマとナムサク署長を追い詰めるべく、再びサベージ「アル二世」を操りクラマの元へ。その行く手を阻む雇われAS軍団。宗介に大きな試練が降りかかる。

アラスカのとある修理工場内。PCのモニターに向かうクダン・ミラ。PC上で「相手」に会話を試みるが長い沈黙が続く。所変わって、サンフランシスコ近郊。フリーウェイの路肩をぼろぼろの制服姿でふらふらと歩く少女。

アマルガムからの襲撃を受ける宗介たち。襲撃はまだ傷の癒えない宗介にも迫ってくる。一方、ファウラーを後少しというところで取り逃がしてしまったテッサたちは、レナードたちアマルガム討伐を誓う。

コートニーの元で訓練に励む宗介。体が回復に向かっている中、レモンたちがメキシコのニケーロでアマルガムの拠点を発見した。単身乗り込もうとする宗介だったが、レモンに叱責される。

宗介、レモンたちが迫る中、レナードは邸宅を離れ別の場所に移動することに。一緒に連れて行こうとするレナードに銃口を向けるかなめ。