成功地解救出被绑架的少女后，相良宗介小队接受了一项新任务：保护一名叫千鸟要的少女，据说克格勃及其他组织想要绑架她。 转学到小要所在的阵代高中后，宗介发现出身伍行的自己似乎很难适应日本的高中生活。先是老师检查他的随身物品时找出了真枪，在做自我介绍时，宗介报出的阿富汗、黎巴嫩、及安哥拉等地名把同学们吓了一大跳。接下来宗介更是突然闯入了女子垒球队的更衣室……

训练有素的宗介以军人的警觉保护着小要，然而他的过度紧张造成了不小的麻烦。不过，由于宗介的英勇表现，小要也渐渐的注意到了这个怪人的存在，对他的看法似乎有了一点变化。 某天同组织的克鲁兹驾驶着AS走在街上，由于开动了ECS电子迷彩，用肉眼是无法观察到它的，但是一名胡子拉渣面目凶恶的大叔却将口香糖粘在了AS的脚上，克鲁兹恍然大悟，意识到此人与要绑架千鸟要的组织有关。

夜里有人鬼鬼祟祟地爬上小要家的阳台，梅丽莎、克鲁兹和宗介三人顿时蹦了起来—— 一直等了这么久，想要绑架目标的人终于出现了。 此时，秘银的精锐潜水艇“丹努之子”号得到了情报，用巡航导弹摧毁了苏联设在符拉迪沃斯托克附近的秘密研究机构，所有的资料都消失在熊熊烈火中。看起来，对小要的保护也将宣告结束了。

阵代高中组织学生前往冲绳进行修学旅行，但是神秘人物九龙劫持了宗介的千鸟要芽所在班级乘坐的飞机，将他们带到了顺安，并准备在研究出小要身上的特殊能力后将所有的学生连同飞机一起炸毁。 宗介救下差点被杀死的老师，很快他认出九龙是自己过去在阿富汗狙杀的恐怖份子，他怎么也想不到为什么这人还能够活着出现在自己面前。

泰莎和加里宁安排了一个能救出所有人的计划，于是梅丽莎和克鲁兹驾驶着AS为先锋，然后Mithril的精锐部队强行空降，将机场完全控制后运走所有的人质。 此时宗介救出了小要，并抢走了一台苏制AS逃出基地，然而九龙驾驶着新型AS截下了他们并打伤了宗介，幸好此时克鲁兹赶到，不过，在敌人先进的武器面前，克鲁兹陷入了苦战。

九龙的AS“科达尔”开动了强大的λ系统，克鲁兹的武器根本无法将其打穿，最后在几乎零距离的搏斗中，克鲁兹的AS被打成了碎片。宗介、小要找到了身受重伤的克鲁兹，三人艰难的在森林中穿行，希望能到达海边与潜艇回合。 小要忽然发生了变化，她身上隐藏的“黑科技”突然觉醒，令她几乎陷入狂暴。此时兴凯湖的军队包围了他们，危急时刻泰莎将新型AS“强弩兵”（ARBALEST）送到他们身边。

小要被一名叫白井的男生缠上，宗介以为这位倒霉的追求者要伤害小要 ，自然是将他关在厕所里一阵毒打，不过暗恋白井的女生瑞树非常伤心，一直怪罪小要抢走了自己的男朋友。由于怕丢面子她强迫宗介假扮自己男朋友，以应付好友的追问。 经过瑞树的打扮，整天板着张扑克脸的宗介摇身一变成了一个着装前卫的大男孩，被推到了瑞树的朋友面前。 骗局最后被拆穿，瑞树的初吻被糊里糊涂的宗介夺走，只因他把接吻当成了自己曾经在战场上做过很多次的人工呼吸。

东京成田机场抓获了一名入境少年卓间，他很可能是A21恐怖组织进行λ系统的研究相关“耳语者”。为此泰莎来到东京，但是在研究所遭到A21组织的突袭，保安人员在敌人的重型装备攻击下被横扫一空，加里宁也因为保护泰莎而身受重伤，被A21恐怖组织的驾驶员莎拉俘获。 由于宗介的不解人意，小要把他大骂了一通。回到家中，宗介赫然发现司令泰莎带着卓间躲在自己家里。此时来找宗介道歉的小要破门而入。

风间信二的父亲是一名AS部队的指挥官，该部队在与兄弟部队的AS比武中总是败北，使得士气十分低落，信二也因此对父亲失去了信心。 宗介隐瞒身份帮助风间小队参加了比赛，与此同时对方的一名英俊军官盯上了小要千鸟要，双方全力以赴，最后熟悉对方机体的风间大叔与其小队取得了胜利。