Como parte de la organizacion Mithril, el Sargento Souske Sagara, Melissa Mao y Kurz Weber reciben una misión secreta: vigilar a Kaname Chidori, una popular estudiante de un colegio mayor en Tokio que posee un oculto potencial militar.

En su misión de proteger a Chidori, Souske intentará eliminar cualquier tipo de amenaza.

Sousuke es orientado en sus tareas con la recogida de basura y Kurz quiere conocer a los objetivos mejor. Mientras tanto Tessa se preocupa por un centro de investigación en Rusia. El equipo de Souske descubre a un misterioso hombre escalando a la terraza de Kaname.

El avión con Souske, Kaname y 400 compañeros de clase es secuestrado y llevado a otro lugar. Kaname es sacada a la fuerza del avión. ¿Podrá Souske rescatarla?

Souske va al rescate de Kaname, y el resto del equipo va a la zona del conflicto.

Cuando el equipo de rescate se va, Souske, Kaname y Kurz intentan buscar un camino para volver a salvo.

Sagara y Kaname escapan del enemigo. Ahora intentan buscar un salida.

Shirai, una chica del instituto, es rechazada por un chico que va detrás de Kaname. Para evitar quedar mal con sus amigas intenta hacer pasar a Souske como su novio. El problema es que Souske no tiene ni idea de qué hacer en esas situaciones...

Un extraño chico llamado Takuma Kugayama ataca extrañamente a un policia en un control de pasaporte. La capitana Testarossa va en persona a ver el interrogatorio.

Chidori no se cree que Tessa sea capitana, pero cuando las cosas se ponen mas difíciles su opinión cambia drásticamente...

A21 ha recuperado a Takuma y ha secuestrado a Kaname y Tessa. Souske y el resto del equipo va en su rescate.

Cuando es activado el Behemoth empieza a destruir todo lo que encuentra a su paso. Souske y sus compañeros se disponen a detenerlo por todos los medios.

Durante una discusión con Melissa, Tessa la desafía a un duelo de Arm Slaves. Por ser la jefa del grupo le pedirá a Sousuke que sea su entrenador.

Sousuke, Kaname, y sus amigos visitan el festival militar de Narashino durante sus vacaciones de verano. En la fiesta, incluye una competición de AS, por lo que Sousuke ayuda al equipo de Narashino que pierde contra Nerima todos los años.

Sousuke es enviado a Helmajistan después de que Gauron fue hallado con vida. Es asignado temporalmente a otra unidad para la misión, pero debido a su edad, su presencia es tomado como una broma. Ellos ignoran el consejo de Sousuke, y su primer encuentro con Gauron acaba en desastre.

Sousuke y los miembros del equipo restantes toman como refugio una cueva. Sin embargo, él desprevenidamente ve que un viejo amigo, Zaied, está luchando junto a Gauron. La visión de Zaied en la planificación de Sousuke ellos da ventaja estratégica a él y a Gauron.

Sousuke lucha contra Zaied mientras Gauron acaba con el equipo de Mithril restante. Cuando parece que él es más hábil, Sousuke mata a su viejo amigo. Él enfronta a Gauron entonces y cuando sus Lambda Drivers chocan, Sousuke es el único que sobrevive.

Kaname estaba nerviosa cuando Sousuke le pide ir a una isla apartada con él, pero pierde el entusiasmo cuando era una artimaña para ir a la base de Mithril. Cuando ella llega al Danaan, está sorprendida del tratamiento real que recibe y es invitada a la fiesta por el primer aniversario del submarino.

Melissa cuenta a Tessa y Kaname de cómo ella reclutó a Kurz y Sousuke en el SRT. Inicialmente, ellos no eran los candidatos por excelencia; sin embargo, sus habilidades de combate durante una misión le hicieron cambiar de parecer.

Tessa comparte con Kaname la naturaleza de resonancia entre dos Whispered. Entretanto, el SRT se prepara para una misión contra los terroristas liderados por Gauron, que fue nuevamente encontrado con vida. Durante la batalla, Gauron es capturado, pero Melissa termina gravemente herida.

Sintiéndose culpa por la situación en la que está Melissa, Sousuke hace llorar a Kaname. Comprendiendo su error, él busca a Kaname para disculparse; sin embargo, con la ayuda de los traidores de SRT, Gauron toma mando del AI del Danaan con un programa especial, mientras tomando a Tessa, Kaname, y el comando como rehenes.

Para desacreditar a Mithril, Gauron usa el Danaan para atacar los buques de guerra americanos. Tessa comunica a Kaname que use la resonancia como un plan para recobrar el mando del submarino, creando un caos que le permite a Kaname escapar. Los hombres de Gauron la siguen, pero Sousuke y Kurz llegan para salvarla a tiempo.

Kaname se conecta directamente al sistema de la computadora del Danaan y lo reprograma mientras Sousuke encabeza el puente. Él rescata a Tessa y a la tripulación, pero Gauron intentaa escapar. Cuando Gauron está a punto de destruir el Danaan con su AS, Sousuke llega a su Arbalest.

Sousuke y Gauron luchan dentro de los confines del Danaan. Mientras pelean, Gauron activa la autodestrucción de su AS para destruir el Danaan. Con la ayuda de Kaname, Sousuke echa fuera del submarino el AS de Gauron, antes de su explosión.

Una admiradora secreta deja una carta de amor en el cajón de zapatos de Sousuke. En lugar de encontrar la carta, él deduce que su cajón ha sido saboteado y rápidamente lo destruye. De sus fragmentos, Sousuke interpreta mal la carta como una amenaza de muerte y va en busca de su "perseguidor."

Durante un día en la playa, Kaname sostiene una discusión con Sousuke. Cuando se retira, Sousuke piensa que ha sido secuestrada.

Durante la clase de arte, que sucede en un bosque, el aula de Kaname, deciden que Sousuke sea el modelo para sus dibujos. Sousuke al no saber que tiene que hacer un modelo, le consulta a su profesor, pero éste al explicarle, comprende todo equivocadamente.

Sousuke and Kaname ask the school's karate club to vacate their dojo, which is slated for demolition. However, the club refuses to leave, challenging Sousuke to a duel where they'll leave if they lose. Sousuke defeats the club's members with relative ease until he faces the club's captain.

As a test of superiority, Sousuke and the karate club's captain compete to care for the injured school janitor; however, their overzealous efforts do more harm than good. The janitor tries to be patient, but finally goes berserk when they accidentally serve his prized koi pet to him for dinner.

Sousuke and Kaname investigate bizarre incidents where a masked predator attacks schoolgirls and gives them ponytails. With the help of a local policewoman, they set up a trap to catch the attacker using Kaname as bait.

To teach a stoic Sousuke the meaning of fear, Kaname takes him into a haunted hospital, but she becomes more scared than Sousuke. They learn that the haunted hospital rumor was perpetuated by the mother and son living there who wanted peace and quiet.

To prevent the school from disbanding the rugby team, Sousuke and Kaname help train them for an exhibition match against a rival school. Upon discovering that the players are timid and passive, Sousuke subjects them to grueling basic training to toughen them up, which helps them win the match. The scene of Sousuke's grueling training of the rugby players by berating and abusing them to desensitize them to make them stronger references the boot camp scenes from Full Metal Jacket.

During a lull at the Mithril base after the events of the first season's final few episodes, Tessa decides to spend the time as an exchange student at Jindai High to learn more about school life. Sousuke, however, finds the stress of guarding her overbearing and collapses from fatigue.

Sousuke, Kaname, Tessa, Kurz, Melissa, and their friends travel to an onsen (hot springs) for some rest and relaxation before Tessa returns to Merida Island. Sousuke sets up a defensive perimeter and booby traps around the girls' bath, foiling the other boys' attempts to sneak a peek.

Sousuke and Kaname discover that Ren Mikihara is a yakuza daughter whose members ask for their help to deal with a rival gang. Sousuke, in his mascot disguise, trains the yakuza members. When the rival gang kidnaps Kaname and Ren, Sousuke and his recruits rescue them wearing the special mascot AS. The episode was dedicated to Kinji Fukasaku, director of Battles Without Honor and Humanity, who had died earlier that year.

A lack of space for all of Jindai High's student organizations prompts a review of each group's numbers. Because they only have two members, the social science club agrees to give up their room through a contest to see which club can recruit the most members of the opposite gender. Sousuke participates, but his poor social skills fail to attract anyone to his club. Kaname, feeling sorry for Sousuke, decides to help out so he can avoid a bet he made with another club.

Sousuke orders a new scope for his pistol, but receives a strange bottle instead. Unfortunately, the contents are a biological weapon. Even worse, the bottle is opened up in the school!

***Alternate episode 01 of Full Metal Panic! Fumoffu (as it was originally intended). This re-release first available in DVD format includes "A Hostage with No Compromises".***

A secret admirer leaves a love letter in Sousuke's shoe locker. Instead of finding the letter, he deduces that his locker was tampered with and promptly blows it up. From its fragments, Sousuke misinterprets the letter as a death threat and confronts his "stalker".

After Sousuke's encounter with a gang leaves its members disrespected, their leader decides to take Kaname hostage. Instead of giving in to their demands, Sousuke holds the gang leader's little brother hostage and proposes an exchange.

***Alternate episode 02 of Full Metal Panic! Fumoffu (as it was originally intended). This re-release first available in DVD format includes "Hostility Passing-By".***

After Sousuke causes a panic at the school's bread stand, Sousuke and Kaname have to fill in for the stand's lunchtime duties, which raises the ire of the physical education teacher. He attempts to sabotage their bread, but he falls for Sousuke's booby traps, when Sousuke was expecting that someone would tamper the bread.

Sousuke forgets Kaname's notes at home, and they make a frantic dash to retrieve them and return before lunchtime ends. Despite their tardiness, they find out that the notes were not needed since their teacher coincidentally fell sick.

Sousuke, Kurz, and Melissa are deployed to the Republic of Manistan in Central Asia to eradicate a growing civil war between rebels and the Manistani military.

El capítulo empieza cuando Mithril interviene en un país que se encuentra en medio de una guerra civil. Los encargados de la misión son Mao, Weber y Sousuke a bordo de sus AS. La misión que en un principio parecía fácil, se complica al descubrir que el enemigo poseía misiles anti- ECS (el cual los detecta mientras permanecen invisibles). Sousuke se desvía de la ruta de escape y logra derribar una batería enemiga, dándoles el suficiente tiempo a sus aliados para escapar, pero siendo rodeado por el ejército enemigo. Cuando el fin parece inminente, surge el Danaan por abajo del puente donde se encontraba Sagara, llevándoselo a bordo.

Después de la complicada misión anterior, Tessa y el teniente Kalinin le informan a la tripulación del Danaan sobre la existencia y posible funcionamiento del Lamda Driver además de que Sagara es el único en Mithril que puede usarlo, mientras tanto, Sagara y Kazama descubren que en la escuela alguien ha estado tomando fotos muy comprometedoras de Kaname, resolviendo este problema con una extraña confrontación en la azotea de la escuela. Gates, el villano en turno se dirige a cobrar el armamento recientemente vendido por Amalgam, acompañado por unos cuantos soldados y las gemelas Yu Lan y Yu Fan; aquí se descubre que Gates es un hombre al que no hay que hacer enojar.

En Nanjing, un grupo de Amalgam dirigido por Gates secuestra a la delegaciones de China del Norte que negociaba la paz con China del Sur. Amalgam se esconden en una red subterránea de túneles en el río Yangtze. Mithril emprende en respuesta una misión de rescate, pero el lugar es muy peligroso, pues los mapas del túneles no son exactos y pueden estar erróneos, a que el soldado Tony exclama: -Es como la historia de los Cretenses-, la cuál dice que todos los cretenses son mentirosos. Para solucionar el problema, Vincent Blueno proporciona las comunicaciones dentro de los túneles. Una vez en la misión de rescate, está parece ir marchando muy fácil, sospechosamente fácil, hasta que Mithril consigue llegar donde los rehenes y es ahí cuando la misión se complica, con la muerte de 3 soldados de Mithril, entre ellos Tony y con las AS envueltos en sucesivas emboscadas.

Con la misión que dentro en una emboscada, Mithril lucha contra corriente en la trampa que Amalgam les ha puesto, por donde quiera que avance el grupo de Mithril, Amalgam los está esperando, como si pudieran ver el futuro. Tessa y Kalinin sospechan que las comunicaciones están intervenidas, por lo que deciden usar órdenes de emergencia, haciendo caso de lo mencionado por el soldado Tony, usan la historia de los cretenses, de tal modo que el grupo de rescate realiza las órdenes exactamente al revés de como les son dictadas. Esto culmina con una contraemboscada orquestada por Mithril en la marcha y Gates huyendo. Mithril ha triunfado, pero es una victoria que ha salido muy cara.

Los soldados de Mithril descubren que Vincent Blueno los traicionó al dar las comunicaciones al enemigo. Ahora Mithril desea vengarse del traidor Vincent Blueno por las bajas de sus soldados de parte de Yu Lan enviando a Melissa y a Kurz a Sicilia para detenerlo.En el proceso de detenerlo y llevarlo al Tuatha de Danaan son emboscados por la policía, en eso llega Sousuke y los ayuda a escapar.

Kaname y su amiga comentan que sagara necesita cortarse el pelo y deciden llevarlo a una peluquería, donde sagara hace de las suyas y son corrido del establecimiento, entonces kaname decide cortarle el pelo ella misma, al final del capítulo sagara recibe un correo en el que le ordenan regresar a la base de mithril y dejar su lugar a otro agente, lo que provoca que destruya su computadora, pero al final lo hace.

Sousuke discute con su reemplazo sobre la misión de proteger a Kaname. Kaname se pregunta por qué Sousuke no viene a la escuela y comienza a preocuparse. Cuando necesita verlo, descubre que su apartamento está vacante y que él ha desaparecido.

Tessa reprende a Sousuke por involucrarse emocionalmente con Kaname y descuidar sus otros deberes. El SRT recibe un nuevo líder que organiza un duelo AS para ayudar a Sousuke a operar adecuadamente el Arbalest.

Kaname se enfrenta al operativo Mithril enviado para reemplazar a Sousuke; sin embargo, cuando está a punto de obtener respuestas, es atacada por un asesino de amalgama. Kaname engaña a su perseguidor hasta que Leonard Testarossa, otro agente de Amalgama, aparece y mata a su asesino. Él revela que el asesino era un agente rebelde que actuaba fuera de los intereses de Amalgam.

Sousuke y Melissa se despliegan en un Hong Kong dividido en un equipo compuesto por personal SRT / PRT de origen de Asia oriental para localizar a un esclavo de brazo tipo Amalgam Codarl (m) que ataca a las unidades del ejército del norte y sur de China, pero los sentimientos de Sousuke por Kaname lo ubican sus camaradas MITHRIL casi en peligro, ganándose un sermón de Melissa.

Mientras Sousuke continúa vagando en Hong Kong, Tessa es "forzada" por el almirante Borda a desplegar sus M9 en la isla después de que se confirmaron los avistamientos del Arm Slave de tipo Codarl (m).

El grupo de los AS de Mithril van entrando en acción, solo tienen 90 minutos para llevar a cabo la misión. Por otra parte Sagara va tras una serie de pistas que al final lo conducen a donde Gauron. Este está mal herido por lo ocurrido hace tres meses, pero es sobreviviente gracias a que dispositivo Lambda es capaz de proteger al piloto en la secuencia de autodestrccion. Gauron cuenta todo lo que sabe a Sagara. Mientras tanto los AS de Mithril empiezan una sangrienta pelea con el AS que ha estado destruyendo todo Hong Kong. Al final del capítulo Sagara mata a Gauron, y el lugar por alguna razón explota.

Sousuke pelea con Gates en sus AS, resultando ganador el primero. Sousuke decide irse con Chidori a Japón a cursar la preparatoria y además pide a Mithril pilotear el Arbarest. Al final, ninguno de los dos es capaz de declarar su amor por el otro.

Teletha se pasa el día tratando de averiguar por qué se despertó semidesnuda en el puente del Tuatha de Danaan, además de buscar su peluche favorito con el que le gusta dormir.

Amalgam decide que es hora de tomarse en serio su problema de Mithril, y esto significa que hay grandes desafíos en el horizonte para Sousuke, Kaname y Tessa. A medida que los enemigos se acerquen en todos los frentes, ¿encontrarán formas de superar esos desafíos?

En Tokio, Sousuke y Kaname huyen de los agentes enemigos en un intento desesperado de encontrarse con sus aliados. En la isla de Mérida, Mithril lucha por responder a un asalto feroz y desmoralizador por parte de las fuerzas de amalgama.

El equipo de SRT tiene sus manos más que llenas tratando de proteger la isla de Mérida de tres Behemoths devastadores. Sousuke y Kaname intentan lidiar con su propia situación frenética, mientras Kurama de Amalgam arrastra a los estudiantes de la escuela secundaria Jindai a la refriega.

Sousuke y Kaname trabajan juntos para salvar a Kyoko y a todos los demás en Jindai High, y ambos llegan a un punto en el que deben tomar decisiones difíciles y fatídicas. Tessa también trata de salvar a la mayor cantidad posible de su gente mientras abandona la base de la isla.

Kaname narrates a recap of events from the first four episodes.

Sousuke se dirige a la ciudad de Namsac, donde la gente apuesta a combates entre Arm Slave desmantelados. Gracias a un poco de casualidad, conoce al dueño de un equipo llamado Nami en la arena justo cuando está buscando un operador de AS.

Mientras disfruta de un éxito considerable luchando en la arena para el equipo de Nami, Sousuke comienza a acostumbrarse a su nueva vida en Namsac. Pero las pequeñas cosas le recuerdan que vino a esta ciudad con un propósito específico en mente.

El equipo de Crossbow participa en su primera batalla ilegal, pero las fuerzas nefastas están trabajando detrás de escena. De Sousuke no juega bien sus cartas, esta primera batalla podría terminar siendo la última.

El rencor de Sousuke contra Kurama se intensifica en una guerra de disparos en las calles de Namsac, pero ¿es posible que él pelee esta guerra solo? Y cada guerra tiene su cuota de bajas.

Kaname narrates a recap of events from the episodes 5 to 8.

Cuando se encuentra a Tessa deambulando aturdida y descalza en una carretera de California, su psiquiatra podría estar en el caso de toda una vida. La historia que Tessa cuenta parece un intrincado engaño, pero a veces la verdad es más extraña que la ficción.

Sousuke que son atacados por amalgama. Las redadas también se acercan a Sousuke, que aún no puede curar heridas. Por otro lado, Tessa, que extrañaba a Fowler un poco después, se compromete con Leonard y amalgama.

Lemon determina dónde es probable que Kaname sea retenido en cautiverio, por lo que Sousuke y su grupo lanzan una misión de rescate. Pero muchas fuerzas están en movimiento esta noche de tormenta, y la misión no va según el plan.

Leonard y Kalinin hacen todo lo posible para alejar a Kaname antes de que Sousuke pueda alcanzarla. A medida que estalla la batalla entre las facciones rivales de Amalgama y los restos de Mithril, Sousuke y Kaname descubren que tienen que luchar contra el destino para aferrarse a la esperanza.