Marcus Daimon, un chico normal de 14 años, se encuentra con un Agumon, quién se ha escapado del Digimundo. Marcus lo ayudará a esconderse de quienes lo buscan, los DATS.

Marcus trata de esconder a Agumon de los DATS, incluso de su familia. Mientras tanto, un Kunemon ataca a los animales de la escuela.

Mientras Marcus y Agumon peleaban contra un DemiMeramon, Thomas, un importante componente de DATS aparece, y ni él ni Marcus se llevan muy bien.

Tratando de atrapar a unos ladrones, Marcus, Thomas y Yoshino, descubren de que los asaltantes están acompañados por un Drimogemon.

Thomas y Marcus siguen a Drimogemon en el Digimundo, un mundo que nunca han visto.

Marcus y Agumon discuten sobre quién merece el crédito en todas las peleas, por lo cual se separan. El peor caso es que un Elecmon ataca la ciudad.

Kristy, la hermana de Marcus, celebra su cumpleaños, pero su hermano no podrá estar debido a un examen de recuperación, por lo que le pide a Thomas de que lo reemplace por ese día.

Yoshino empieza a salir con un famoso cantante, con la excusa de que tiene un Digimon ilegal entre sus pertenencias.

Los chicos investigan a un luchador de boxeo profesional, ya que creen que utiliza un Digimon para hacer trampas. El luchador es el héroe de Thomas.

Marcus empieza a tener mala suerte luego de que Kristy le deseara lo peor para él. ¿Tendrá que ver su deseo, o será la culpa de algún otro Digimon?.

Un Vilemon y unos DemiDevimon le prometen a un pobre panadero dinero, pero sólo si hace lo que ellos le dicen.

Kristy, la hermana de Marcus, recibe un DigiHuevo, del cual sale un Puwamon que logra digievolucionar en Biyomon. Ese Biyomon es buscado en el Digimundo.

Merukimon va al Mundo Real a buscar a Falcomon y al Biyomon de Kristy. Marcus debe hacer lo que sea para salvar a Kristy, junto con Biyomon.

Marcus se entera de algo sobre su padre, por lo cual, junto con Thomas y Yoshino, irán al Digimundo. Allí todos son enemigos, incluso los que son humanos.

Los chicos son capturados por un MetalPhantonmon, quién los debilita con sus recuerdos más terribles y se alimenta de su fuerza vital.

Yoshino y Keenan se infectan de un virus, y Falcomon los ayudará a conseguir la cura. Pero, ¿Falcomon será de fiar?.

Keenan junto con Gotsumon deciden atacar al equipo de DATS. Yoshino va perdiendo confianza en si misma, porque siente que atrasa a los demás.

El escuadrón de DATS cree que es la hora de enfrentar a Merukimon, pero no les será fácil.

Los chicos vuelven al Mundo Real con Keenan, quien lo conoce por primera vez. Mientras tanto, Gotsumon inicia un plan para ir al Mundo Real.

Keenan va a encontrarse con sus padres, pero él no cree lo que dicen los de DATS, y que Frigimon fue la única madre que tuvo.

SaberLeomon traiciona a Merukimon y Gotsumon se pasa al bando de los rebeldes. Ahora atacarán al Mundo Real con un ejército de Pteramon y Boarmon.

SaberLeomon decide lanzar otro ataque al Mundo Real, pero no con sus camaradas, sino él mismo. Mientras que Keenan se queda a vivir con Marcus.

Los chicos vuelven al Digimundo para tratar de hacer la paz, junto con el profesor Aruka, pero Gotsumon los recibe, y no de una buena manera.

Los chicos descubren lo que les pasó a la primera expedición en viajar al Digimundo, y descubren por qué los Digimon están peleados contra los Humanos.

Como todos ya saben lo de Kurata, decide volver a atacar a los Digimon.

A Marcus, Thomas y Yoshino se les borra la memoria, luego de que Kurata mintiera y los tratara de traidores.

Los chicos deciden volver al Digimundo para protegerlo, junto con Keenan y sus padres, pero Kurata diseñó unos nuevos enemigos, muchos más difíciles de vencer.

Los chicos vuelven al Digimundo y buscan a Cherrymon para que les de un consejo. Los Bio-Híbridos también llegaron, y no para pasear por ahí.

Luego de que los Digivices de Marcus, Thomas y Yoshino fueran destruidos, los chicos buscan a alguien que les ayuda a repararlos.

Los chicos llegan a la Ciudad Sagrada, la capital del Digimundo, donde gobierna ElDradimon. Mientras los Bio-Híbridos se hacen más fuertes, por petición de Kouki.

Los chicos empiezan a preparar un plan para defenderse del ataque de Kurata y los Bio-Híbridos. A Thomas le toca pelear contra Nanami, la Bio-Híbrido más lista.

Marcus y Keenan siguen atacando para llegar a Kurata, mientras que Yoshino tiene que pelear contra Ivan, el 2do Bio-Híbrido. Si Yoshino pierde, ¿aceptará salir con Ivan?

Kouki decide pelear contra Marcus, el último Bio-Híbrido. Mientras tanto, Kurata sigue con sus planes.

Thomas es llevado a la casa de su padre y de su hermana, quién está enferma. Esa persona que lo llevo allí le va a hacer un trato muy especial para Thomas.

Marcus hace que ShineGreymon evolucione al Nivel Ruina, destruyendo todo a su paso.

Kurata manda a Belphemon para destruir al mundo, para dominarle. Mientras tanto, Relena, la hermana de Thomas, se va a operar y Marcus quiere que Agumon resucite cuanto antes.

La pelea contra Belphemon Modo Furia ya empezó y Marcus es el único el cual no puede pelear. Deben esforzarse para vencerlo, o sino, todo estará perdido.

Con Agumon de regreso, los de DATS harán lo que sea para derrotar a Belphemon, pero ¿Será suficiente?

Luego de la muerte de Kurata, el muro que separa al Mundo Real del Digimundo se destruye. Y alguien, en el Digimundo, decide ejecutar una solución, acabar con el Mundo Real.

DATS vuelve al Digimundo, siendo recibidos por todos los Caballeros Reales, mandados por el Rey Drasil.

Los chicos vuelven al Mundo Real, luego de que Kentaurosmon los salvara. Allí, Gallantmon los ataca, y no será sencillo vencerlo.

Mientras Marcus se va a hablar con su padre en el Digimundo, Thomas se queda con su familia para defenderlos, y su enemigo es LordKnightmon.

Kristy, junto con Yoshino y Keenan, se encuentran con el Biyomon que Kristy había conocido. Mientras tanto, Leopardmon intentará acabarlos.

Marcus intenta acercarse a su padre, pero primero, debe vencer a Craniamon, y su indestructible escudo, un regalo de Nokia y el Rey Drasil

Los DATS se acercan al Rey Drasil, para atacarlo de una buena vez por todas. Mientras tanto, Craniamon ataca la Tierra y Kristy, junto con Biyomon, serán las que defenderán el Mundo Real.

BanchoLeomon le confiesa a Marcus lo ocurrido, desde como se conocieron, sus aventuras, y las cosas que tuvieron que pasar.

La decisión del Rey Drasil es definitiva, destruir a los humanos y al Mundo Real sin remordimientos. La batalla que decidirá todo inicia.

El final de la lucha contra el Rey Drasil. Las emociones y los sueños de los Digimon y Humanos se unen para tratar de hacer lo imposible, y así salvar al Digimundo y al Mundo Real.