В этой серии мальчик по имени Морти опаздывает на автобус и решает срезать путь через кладбище, где он встречает шамана по имени Йо в обществе духов разных эпох. Так как Морти раньше не видел духов, он убегает, но потом решает узнать что к чему, и начинает следить за Йо. Однажды, когда он прятался на кладбище, его побила местная банда «Загнанные в угол», главарь которой — Рио, считает это место своим. Об этом узнаёт Йо и помогает Морти с помощью духа самурая Амидамару. Морти и Йо становятся друзьями.

Йо предлагает Амидамару стать своим хранителем, но тот отказывается. Морти хочет узнать больше о мире духов, а Йо - лучше разобраться в прошлом Амидамару. Они идут в исторический музей, где хранится меч Амидамару шестисотлетней давности. В музее они встречают духа Моске — старого друга Амидамару и помогают ему обрести покой. Амидамару остаётся с Йо в качестве хранителя.

В этой серии Йо все больше времени проводит с Амидамару, а Морти хочет стать шаманом. Но внезапно появляется Лен Тао — шаман в коротких штанишках, желающий править миром. Ленни считает, что духом надо управлять, а не дружить с ним. Он устраняет конкурентов до начала турнира и нападает на Йо, ранив его.

Йо просыпается в больнице, с места недавнего боя его увёз Рио, не дав Лену убить соперника. Йо рассказывает Морти о турнире. Лен появляется снова — чтобы завершить задуманное, но Йо удаётся его победить.

Здесь появляется Анна — будущая невеста Йо, она решает тренировать Йо, чтобы тот стал Королём шаманов. Она заставляет его делать изнуряющие физические упражнения, утверждая, что хорошая физическая форма позволяет добиться большего соединения с духом. Также она заставляет Морти убирать в доме и готовить еду. Джун, сестра Лена подсылает к Йо духов — охотников, но тем не удаётся его победить из-за усиленных тренировок Йо. Он убеждается в справедливости слов Анны и тренируется еще настойчивее.

Анна считает Морти трусом. В кино выходит повтор фильма семнадцатилетней давности с Ли Пай-Лоном в главной роли. Морти уговаривает друзей пойти на него. После окончания фильма на них нападает Джун со своим хранителем Ли Пай-Лоном. Ли Пай-Лон оказывается слишком силён для Йо, и видя, что последнему не победить и Джун хочет убить не только Йо, Морти убегает с места боя.

Бой продолжается, Джун предлагает Йо отдать ей Амидамару, но тот отказывает. Возвращается Морти, вместе с Рио он принёс Йо меч, с помощью которого тот наконец-то побеждает Ли Пай-Лона. Освободившись от контроля своей хозяйки, дух пытается убить её, но Йо защищает Джун. Пай-Лон настолько ослеплен яростью, что вновь атакует Йо. Анна вызывает дух учителя Пай-Лона, Шао-Линя, чтобы тот усмирил ученика. Йо, управляемый Шао-Линем, побеждает Пай-Лона. У Джуны катарсис из-за понимания того, что у духов тоже есть чувства. Пай-Лон добровольно остается защищать её.

Рио хочет стать шаманом и Анна берётся его тренировать. На деле она дает ему гору работы по дому, у Рио открываются таланты к приготовлению пищи. Джинни — ещё одна из семьи Тао нападает на Йо, но проигрывает.

В этой серии появляется Хоро Хоро, или просто Трей. Йо и Морти находят его на дороге. Приведя его домой и накормив, друзья узнают, что Трей пришел с севера, но потерял все свои вещи. Позже он рассказывает им о маленьком народе духов — минутианцах, которые живут под кувшинками. В очередной битве против духов-охотников обнаруживается, что он шаман, а его дух - маленькая минутианка. Анна находит вещи Трея, но он остаётся жить в их доме.

Рио, разочарованный тем, что ему не удаётся стать шаманом, грустит, уходит из дома Йо, и в заброшенном клубе для боулинга в него вселяется дух разбойника Токагеро по кличке ящерица. Он берёт в заложники Морти, крадёт из музея Меч Света, когда то принадлежавший Амидамару и приходит к дому Йо, вызывая того на бой. На самом деле это Токагеро хочет отомстить Амидамару за то, что последний убил его 600 лет назад, хотя Амидамару этого даже не помнит.

Йо и Амидамару были вынуждены разбить Меч Света, чтобы разоружить Токагеро, друзья Рио освободили Морти. Йо предложил Токагеро переселиться в него. Оказалось, что Токагеро не такой злой, каким хочет казаться. Амидамару говорит, что у Йо есть способность видеть в людях лучшее.

Рио очнулся и оказалось, что он стал шаманом вследствие вселения Токагеро, но он не рад этому. Рио впадает в уныние, перемежающееся с активностью в уборке дома. Друзья пытаются развеселить его, но у них мало что выходит. Амидамару грустит о своем друге Моске и о том, что ему пришлось сломать меч света. Анна предлагает план, а Рио с готовностью его выполняет. Объединившись с духом Моске, они заново перековывают меч свет. Рио уезжает искать что-то. Появляется отец Йо и заставляет Йо драться с духами, чтобы проверить его. В конце серии появляется звезда судьбы — сигнал к тому, что турнир скоро начнётся. Морти узнает подробности о короле шаманов. Рио встречает отца Йо.

Силва — судья турнира шаманов приходит, чтобы испытать Йо. Выдержав испытание, Йо получает мобильный оракул — знак того, что он участвует в турнире.

В первом раунде турнира необходимо принять участие в трёх боях и выиграть хотя бы два. Первый соперник Йо — Трей. Посмотреть бой приходят Морти, Анна и сестра Трея — Пилика. Итог — победа Йо.

Второй соперник Йо — Фауст VIII — потомок знаменитого Фауста, вступившего в сговор с дьяволом. Коварный Фауст берёт в плен Морти, который пришёл посмотреть бой друга.

Фауст рассказывает, что его цель в турнире — вернуть жизнь погибшей девушке — Элайзе, и ради достижения цели он не остановится ни перед чем. В итоге Йо проигрывает Фаусту и избегает смерти только потому, что его спас Лен Тао, чтобы убить собственноручно в третьем бою.

Морти просыпается в больнице и находит Йо, но тот прогоняет его, говоря, что Морти может помешать ему выиграть турнир. На самом деле Йо боится подвергать своего друга опасности, пока Морти сопровождает Йо — его всегда могут убить. Йо и Анна отправляются в Изумо — родной город Йо, чтобы тот увеличил свою силу. Морти и Рио решают отправиться вслед за ними, Рио всю дорогу поёт песню, импровизируя на ходу, по пути их преследует красная машина.

Тамара, ученица деда Йо — Йомея видит видение, что двое людей хотят навредить Йо, и вместе со своими духами Кончи и Пончи она нападает на Морти и Рио, но их выручает Анна. Она рассказывает Морти, что Йо вошёл в туннель Тартар, чтобы увеличить силу и вернётся он только через неделю. Тамара видит ещё одно видение, что Йо вернётся на следующий день, что и происходит. На него нападают две шаманки, преследовавшие Морти и Рио, но Йо побеждает их. Морти и Йо мирятся.

Йо вступает в бой с Леном. Тот оказывается силён, но Йо удаётся противостоять ему. Морти, как всегда, наблюдает за боем.

Бой продолжается. Джун Тао уговаривает дядю Лена остановить его, потому что она уверена, что Лен проиграет. Дядя не слушает её и запирает в подземелье. Лен проигрывает Йо, и его это радует. Силва, наблюдавший за боем, однако, говорит, что исход боя — ничья, и оба бойца проходят во второй раунд.. Йо приглашает Лена к себе домой и тот соглашается. Трей рассказывает, что он тоже прошёл во второй раунд. Лен благодарит Йо за доброту и уходит, чтобы победить своего дядю, который научил его ненависти.

На утро в дом Йо прилетает хранитель Лена — Басон и рассказывает, что Лен попал в плен к дяде. Анна запрещает Йо и остальным идти на помощь Лену, но те не слушают её и ночью отправляются на вокзал. На кладбище на них нападают братья Дзен — слуги Зика (в оригинале — Хао), и почти одерживают победу, но друзей выручает Рио, хранитель которого теперь Токагеро. Оказывается, что Рио тоже участвует в турнире.

Команда прибывает в замок Тао и на них нападают воины Дзиото. Трей и Рио остаются, чтобы задержать их, а Йо и Морти идут на поиски Лена. На втором подземном уровне Йо спасает Лена, Джун и Ли Пай-Лона. Джун говорит, что больше не будет сражаться, а Лен отправляется закончить начатое. Выйдя из подземелья Йо, Лен и Морти видят, что Рио и Трей победили четырёх воинов Дзиото, но проиграли пятому.

Морти узнаёт, что пятый воин Дзиото — Шаолинь, наставник Ли Пай-Лона. Его никому не удаётся одолеть, но неожиданно приходит Джун со своим хранителем и побеждают последнего Дзиото. После боя Лен уговаривает других шаманов уйти, потому что знает, что их могут убить. Герои решают остаться с Леном и вместе они входят в зал Тан-Гэн, где на них нападает дядя Лена.

По началу герои не могли победить дядю Лена, но в итоге им это удалось. Дедушка и мама Джун приглашают Йо и его друзей пировать и те с радостью соглашаются. После пира герои разъезжаются. Дядя Лена, понимая, что его время прошло, отдаёт Лену реликвию рода Тао — Меч Грома.

По возвращению домой, у Йо звонит мобильный оракул, сообщая о начале второго раунда турнира шаманов. Он должен проходить в месте под названием деревня Добби. Также Йо узнаёт, что в это место могут войти только шаманы, а значит Морти не может пойти с ним . Йо, Рио, Трей и Лен встречаются в аэропорту, чтобы сесть на самолёт в Америку. Там же впервые появляется Зик — шаман, называющий себя будущим королём.

Самолёт шаманов терпит крушение и они вынуждены идти по пустыне в поисках города. Рио встречает человека по имени Билли, который становится его другом и «братом по дороге». На Йо и товарищей нападают пятеро шаманок: Салли, Элли, Милли, Лили и Шарона. Друзья одерживают победу. После боя Лен решает, что Йо должен стать командиром в их команде, затем герои снова отправляются в дорогу.

В этой серии появляются новые герои: Лайсерг Дител и его хранительница - Хлоя. Он сражается с шаманами, чтобы найти такого, который превосходит его по силе. Так Лайсерг встречает Рио, и тот знакомит его с остальньной командой (сам Рио, впервые увидев Лайсерга, путает его с девушкой). Лайсерг рассказывает о своей цели - найти сильного шамана и нападает на команду Йо, побеждая Трея и Лена, но проиграв в битве Йо. После Йо предлагает Лайсергу вступить в их группу и герои отправляются в дорогу. Рио в своей новой песне сожалеет о том, Лайсерг оказался парнем, а не девушкой.

В этой серии выясняются причины, по которым Лайсерг искал сильного шамана - он хотел найти союзника, чтобы отомстить Зику за то, что тот убил его родителей. В начале серии встречаются трое побеждённых Лайсергом шаманов и братья Дзен дают им клетку хранительницы Лайсерга - Хлои, чтобы те смогли победить шамана. В бою эти три шамана проигрывают, потому что Лайсергу помогают его новые друзья, после шаманы снова отправляются в путь.

Йо и команда попадают в снежную бурю, где встречают Зика и его команду, Лайсерг пытается напасть на Зика, но ему это не удаётся. Герои укрываются от бури в пещере, где Рио рассказывает отчаявшемуся Лайсергу историю о том, как Рио и Токагеро пытались уговорить дедушку Йо - Йомея обучать их. Они сидели перед домом Йомея пять дней, пока тот не задал им испытание - подняться на гору Сёндзю по руслу реки. Река смывала Рио множество раз, но в итоге он объединился с духом реки - Яматано-Арочи и выполнил испытание. Когда Рио заканчивает свой рассказ, кончается буря и Зик растапливает лёд, чтобы убить идущих сзади шаманов. Тогда Рио вновь объединяется с духом реки и останавливает наводнение.

Йо и его команда помогают Милли вернуть её мобильный оракул, украденный Крайслером - шаманом, не прошедшим вступительное испытание в битве шаманов. Лайсерг пытается отговорить их, уверяя что нужно продолжать поиски деревни Добби, но те решают всё же помочь. В конечном итоге, герои догонят Крайслера на машине Билли, но оракул оказывается сломан. Тут прилетает Силва и говорит, что можно было легко вернуть потерянный оракул, просто сообщив совету.

На заходе солнца Рио как всегда ждёт приезда Билли, но у того проблемы и он не может приехать. Уже ночью команду подбирает старая пара — Гас и Мелони, который отвозят их в городок Хокуспок, чтобы переночивать. Шаманы проводят ночь в доме, который, как оказалось населён духами-любителями пошутить, и утром хотят уйти, но Гас и Мелони рассказывают им историю, что в заброшенной шахте в городе обитают духи и поэтому в городе пустынно. Йо соглашается посмотреть в чём дело, в этом деле к команде присоединяеться и команда Шароны. В итоге оказывается, что Гас и Мелони тоже духи и всё это было шуткой.

Шаманы сидят посреди пустыни, ожидая Билли, у которого проблемы с радиатором. Трей решает сходить на поиски еды и уходит в лес, где встречает шамана по имени Аллан и его хранителя — медведя Дота. Аллан давно защищает лес от людей, которые хотят сделать там парк аттракционов, и в этот раз строители пытаются сделать это снова. Аллан хочет уничтожить непонятливых людей, Трей пытается объяснить ему, что это не выход, но тот не слушает. В итоге лес загорается от взрыва людского оборудования, и Трей помогает потушить пожар. В конце серии вся команда помогает Аллану высадить новые деревья, а Зик посылает шамана Бэйзила, чтобы тот убил друзей Йо.

Йомэй рассказывает Анне историю семьи Асакура и месте Зика в ней. Тем временем Бэйзил атакует друзей Йо, в то время как тот удерживается заклинанием еще одного слуги Зика. Йо прорывает блокаду и вступает в бой, однако Бэйзила уничтожают неизвестные, представившиеся Х-судьями.

По пути в деревню Добби Шарона и компания подвергаются нападению Тильды - шаманки, которую они не взяли в свою команду. Та забирает и Шароны духа и пытается забрать у Йо мобильный оракул, но все ее попытки заканчиваются неудачей.

The group is attacked by another of Hao’s followers, who claims to be a vampire. Meanwhile, Anna and Manta leave to America.

Lyserg has been bitten by Boris, and the others need to understand the mystery behind the vampire's technique to defeat him - all this while the X-Laws try to break into the church to destroy them all.

Still depressed because Lyserg left with the X-Laws, the four Shamans meet a boy called Chocolove, who wants to become the world's greatest comedian through the Shaman Fight. In the meantime, Faust VIII and Anna make a deal.

Guided by Chocolove's information, the group reaches the house of Lilirara, a descendant from the warriors of the Seminoa tribe, who fought on the last Shaman Fight and know where the Patch Village is.

The Flower Team, three girls who are part of Hao's group, face Yoh to make him realize he needs to become stronger. Meanwhile, trying to find Yoh, Anna meets Hao for the first time.

Led by Anna, Yoh and the others come into contact with the source of Hao's power.

Under the eyes of Marco, Lyserg and Hao, Yoh and the others face the Flower Team a second time to test their new strength.

Ambushed by the X-Laws, Yoh and his friends must decide how they will take the knowledge that Yoh is Hao's twin. Meanwhile, Amidamaru's spirit evolves.

The group reaches a town where many God-class Shamans stop and rest before moving on to Patch Village. While there, they get to see the real power of the X-Laws' Leader, Iron Maiden Jeanne.

The Icemen group, who pride themselves on enduring the world's harshest temperatures, challenge Yoh to a fight, and only Yoh's true strength will make them see reason. Yoh win the match

The group finally makes it to Patch Village, but there's another challenge they have to face before they are allowed to enter. When they realize it's an illusion and everyone passes, Silva appears and takes Yoh to the village. For the next round of the tournament, Yoh's group divides into groups of three.

Ren's integrity is questioned when Gei Yin, who used to be under service of the Tao family, claims that he betrayed her and her family by forgetting the Tao family pride and leaving them all behind.

Ryu meets a girl called Anith, who shares with him the wish of finding the Best Place, but whose dream is crushed by her abusive fiancé. When their team turns out to be Funbari Hot Spring Team’s next opponents, Ryu vows to remind her of the true meaning of leaving your dream to another.

HoroHoro has to prove himself worthy of being the Shaman King to his team’s next opponents, some eccentric missionaries who believe that the young cannot deal with the burden of winning the Shaman Fight.

Manta struggles to understand Faust’s behavior towards Funbari Hot Spring’s next opponents, a group of Shamans whose Oversoul style damages their bodies.

When Ren and HoroHoro’s fears become weapons against them because of their next opponent’s power of illusions, it’s up to Chocolove to win over his own darkness and save his partners.

The Fudou Myouou, an organization of monks who believe all spirits attached to Shamans are evil spirits, want to send Amidamaru to the other world. When the samurai starts to believe that he is indeed an evil spirit, Yoh has to remind him of their true relationship, and save Mosuke’s spirit and Manta’s body in the process.

Yoh and the others are troubled because they still aren't a match to Hao. Meanwhile, the Lily Five wait for their first match, only to find out it is going to be much more troublesome than they thought.

The Lily Five group is willing to face Hao, and Yoh is unsure of what to do: if it is their choice, is it okay to let them fight and die? Meanwhile, Ren tries to overcome his limits to face Yoh’s father.

Lyserg desperately wishes to be bestowed with an angel by the Iron Maiden Jeanne, and Morphine, Yoh and the others fear that he is now too far from their reach.

Manta’s plan of cheering Ryu up turns upside down when he is kidnapped by the X-Laws, who want to lure Yoh into their trap, the Gate of Babylon. In his determination to be strong enough to help Yoh, Manta discovers something about his computer, and the X-Laws get in trouble when Hao intervenes in the fight.

The determination of the X-Laws, even in face of certain death, allows the Iron Maiden to recover and open the Gate of Babylon. However, their plan might bring exactly the opposite of what they were trying to achieve, when Hao takes advantage of their weakness.

After consuming Jeanne’s spirit, Hao decides to take the Great Spirit by force. Meanwhile, Yoh and the others recover from the battle in the Gate of Babylon, and muster their will to fight to prepare for the last battle.

Yoh and Ren learn other, stronger ways of manifesting their Furyoku, and the X-Laws get ready for their last stand, as Lyserg finally discovers his true strength upon witnessing the sacrifice of his comrades.

Yoh and the others are called to the Holy Ground of the Stars, wherein lies the Great Spirit. While Manta follows Hao throughout the place and Yoh tries to stop his twin’s advance, Yoh’s companions have to face Hao’s followers, who received the gift of strength from their master.

When Ren is heavily injured, HoroHoro, Ryu, Faust, Chocolove and newly arrived Lyserg fight to protect him, revealing, to Hao’s followers, what is the true meaning of companionship. Meanwhile, Anna’s rosary of 1080 beads is bestowed with the power of sealing Hao.

The big fight between Hao and Yoh starts, as his friends try to defeat the Great Spirits’ guardians, and stop Hao’s plans of uniting with the Great Spirits. However, things take a darker turn when Hao lives up to his promise of asking for Yoh’s body back…

Driven by anger and grief, Yoh’s companions fight for revenge against Hao, who has just absorbed his twin’s soul. However, Manta is there to remind them that their true strength does not come out of violence and hatred, and help them in a desperate last attempt to stop Hao.

His friends’ belief and the seeds of hope Yoh has sown wherever he went work as an anchor for his return, but the fight against Hao hasn’t ended yet.

Hao's, whose power is born of his invincibility alone, and Yoh's, whose power is given to him by his friends and companions, face off for the last time.