从自称“13”的犯人那里，出现了“处决使日本无法再生的战犯”的信息，同时送到全国各地的“受害者”家中。13所说的“战犯”是指死者，“处决”是指砸碎遗骨。受害者是遗骨被盗的家属。遗骨被盗从去年开始断断续续地发生，但警视厅以事件全貌不明为由隐瞒。其理由是，包含了前官房室长小野田公显(岸部一德)的遗骨。考虑到一系列的经过，右京(水谷丰)向与小野田有深缘的米泽(六角精儿)请求协助。而且，尊(及川光博)突然来到特命负责人的情况。另一方面，私塾“长河童塾”的塾长葛叶宰三和受害者遗族真野正义(柴崎枫雅)等补习班学生一起采取了某种行动。不知道犯人的目的和真实身份，完全抓不到线索，连锁的新事件。还有，无法预测的陷阱...。在小野田的“遗骨被盗”这种前所未有的事态面前等待着，实在是太意外了!!拘泥于“13”这个数字的犯人的目标是什么!?尊和米泽从各自的立场参与事件中，右京和薰挑战前所未有的艰难任务!

被警察厅赋予搜查权，追查遗骨盗窃事件的右京(水谷丰)和薰(寺脇康文)从一点线索中推断出犯人可能是学校相关人员。向铁道爱好者米泽(六角精儿)请求合作，对自称“13”的犯人团体所追踪的路线进行分析。与此同时，尊(及川光博)和美弥子(仲间由纪惠)秘密地举行了第一次会面，各自的想法交错了。其中，以遗骨被盗的前官房室长小野田公显(岸部一德)的小野田家为首的受害者家中收到了第二条信息。那里写着关于“赎金”的指示，但是交货的方法和金额出乎意料...!?还有，受害者13个家庭中的2个家庭坚决拒绝了。其中一家，拜访真野家的右京，感受到了被参加接待的中学生儿子正义(柴崎枫雅)所吸引。据说正义就在前几天去奈良参观遗址了，带领的葛叶宰三（渡边一景）私塾的补习班长也是个有癖好的人...!?以新收到的“恐吓信”为契机，史无前例的遗骨盗窃事件越来越昏迷...。在尊、米泽、美弥子等人的思绪交错中，特命系有着惊人的结局！