After the obituaries of four identical men are e-mailed to Mulder, the agents are contacted by a shadowy CIA agent who tells them about a bounty hunter sent to wipe out the beginning of a colony of clones. Meanwhile Mulder is distracted by the sudden reappearance of his sister Samantha.

The alien bounty hunter kidnaps Scully and wants to trade her for Mulder's sister, who is revealed to be a clone herself. After the trade goes badly and Mulder discovers the truth about Samantha, he tracks the bounty hunter to his ship buried in the arctic ice and demands the whereabouts of his real sister.

Mulder receives an encrypted computer disk containing the defense department's top secret files on extraterrestrial life and becomes a target. Scully takes him to a Navajo family that unearthed a buried secret to decipher the disk.

Scully finds her career with the FBI in jeopardy as Mulder is still missing and the Cigarette Smoking Man is pursuing the stolen files. The Navajo elders find Mulder's body in a cave and perform an ancient ceremony to call the spirit back to the empty vessel.

Alcuni testimoni di uno scontro a fuoco affermano di aver assistito alla guarigione miracolosa di alcuni feriti per mano di un individuo. La madre di Mulder ha un malore dopo un violento alterco col Fumatore. Il guaritore di nome Jeremiah Smith è inseguito dal cacciatore di taglie alieno.

Il Fumatore rivela a Mulder la verità circa il patto siglato con gli alieni e dei tentativi da parte del Sindacato di evitare la colonizzazione attraverso la creazione di ibridi umano-alieni. Jeffrey tradisce il padre e questi lo uccide. La colonizzazione è vicina!