El barco Piper Maru encuentra, durante una exploración en el Océano Atlántico, un avión hundido... con alguien vivo dentro. La cinta con datos secretos que perdieron Mulder y Scully parece ser la clave.

Skinner aparece en la cama junto a una prostituta que acaba de morir. La teoría de Mulder es que Skinner sufre la maldición de un espíritu de tiempos de la Edad Media.

Jeremiah Smith y Mulder están en la búsqueda del Cazador Extraterrestre, y Smith lleva a Mulder a una pequeña granja atendida por niños idénticos y las niñas son clones exactos de su hermana de pequeña. Mulder se prepara para llevar a Jeremiah y uno de los clones a ver a su madre en el hospital pero el Cazador los encuentra y mata a Jeremiah. Mientras, el Sindicato sospecha que hay un traidor entre ellos y preparan un plan que termina con X siendo ejecutado.

Cuando a Scully le diagnostican un cáncer, Mulder descubre que otras personas abducidas pasan por lo mismo después de haber sufrido los mismos implantes en la nuca.

De nuevo aparecen insectos en los misterios investigados por Mulder y Scully, esta vez con la participación del agente Skinner, que descubre la causa de la muerte de una empleada de Correos: unas abejas que pueden estar siendo utilizadas como medio de contagio de una viruela mortal.