穆德和史卡莉讲述了他们在南极的冒险（电影《征服未来》），争取恢复X档案，遭到了一致否决。他发现史邦德和戴安娜接替了他们的工作。亚利桑那州发生了一起事件，斯基纳怀疑与穆德搜寻的外星人有关，透露给了穆德。穆德和史卡莉去了核电站但是被拒绝进入，随后发现神童吉布森在他们车里，原来癌人想利用他与“那家伙”的联系找到它，而吉布森偷跑了出来。戴安娜找到穆德，带他进入核电站，而吉布森跟着史卡莉来到医院检查，却被影子政府的人带走。在核电站中，穆德看到了吉布森，一路追踪，到达外星人把所在的地点后却被关在门外，眼睁睁看着它把影子政府的人干掉，回头却面对着戴安娜黑洞洞的枪口……史卡莉告诉穆德，“外星人”的DNA存在于人类的身体里，我们每个人都可能是外星人……