Mulder og Scully finder ud af, at de ikke er de eneste, som leder efter deres forsvundne søn, William. Hele jordens skæbne kan afhænge af, at de finder ham.

En gammel ven kontakter Mulder og Scully på en tilsyneladende umulig måde, og afslører en rædselsvækkende hemmelighed.

Mulder og Scully haster for at finde en William på flugt, mens Cancer Man går videre med sin ultimative plan.