Scully wird in ihrem Büro bewusstlos aufgefunden. Im Krankenhaus berichtet sie Mulder von ihren Visionen einer Zukunft, in der die Apokalypse durch den Krebskandidat ausgelöst wird. Scully besteht darauf, dass ihr gemeinsamer Widersacher nicht tot sei und schickt Mulder nach South Carolina, um ihn zu finden. Während seiner Nachforschungen trifft Mulder auf Mr. Y und Erika Price, zwei frühere Mitglieder des Syndikats, die das Überleben der Menschheit durch Kolonien im All sichern wollen.

Mulder und Scully werden von Richard Langley kontaktiert, einem der drei Einsamen Schützen, die eigentlich bereits seit 2002 tot sein sollen. Wenig später müssen die beiden FBI-Agenten Hals über Kopf aus Mulders Haus flüchten, als sie von schwarz gekleideten Truppen beschossen werden. Durch Skinner halten Mulder und Scully Zugang zu den X-Akten, die in den vergangenen Jahren ausgerechnet durch eine russische Firma digitalisiert wurden. Auch die Männer, die hinter den beiden her waren, sprachen mit russischem Akzent.

Mulder begibt sich auf die Spur von William, während Scully über Ted O’Malleys Internet-Magazin die Öffentlichkeit über die drohende Pandemie informiert. Nicht nur der Krebskandidat ist William auf der Spur, auch seine geheimnisvollen Gegenspieler um Erika Price. Mulder gelingt es schließlich seinen Sohn aufzuspüren, doch es kommt zu einer tödlichen Konfrontation, in die nicht nur Mulder und Scully, sondern auch der Krebskandidat, Monica Reyes und Skinner verwickelt sind.