Special Agent Dana Scully paras ihop med Special Agent Fox Mulder, för att värdesätta hans arbete på ett speciellt projekt, vid namn Arkiv X. Medan han tror på det paranormala, och hålls igång av ett förlorat minne av att hans syster blev bortförd av rymdvarelser; så är hon en forskare och föredrar att leta efter rationella, logiska förklaringar. Deras första fall tar de till Oregon, för att undersöka de olösta morden av åtskilliga High School-klasskompisar, vilka Mulder tror kan kopplas till rymdvarelser.