W Galaktyce podzielonej przez wojnę, światy pragnące pokoju muszą poprzeć którąś ze stron, by oddalić groźbę inwazji. Separatyści i siły Republiki starają się pozyskać dla swojej sprawy neutralne planety. Mistrz Yoda spieszy z tajną misją na jeden z neutralnych księżyców w systemie Toydaria. Stawką jest budowa bazy zaopatrzenia dla sił Republiki.

Gwiezdna flota klonów otoczona. Dziesiątki krążowników Republiki uległy zniszczeniu w zasadzkach, w których nikt nie uszedł z życiem. Krążą wieści o nowej, strasznej broni Separatystów. W obliczu rosnącego zagrożenia Rada Jedi wysyła Mistrza Plo Koona, by wytropił zagrożenie zanim przyjdzie przyjąć kolejny atak.

Śmiercionośna broń nadciąga. Niepowstrzymany krążownik Separatystów - Malevolance przemierza przestrzenie Republiki niszcząc każdy statek na swej drodze. Po śmiałej akcji ratunkowej i szczęśliwej ucieczce Anakin Skywalker przygotowuje kontratak na statek wroga i jego diabolicznego przywódcy droidów - Generała Grievousa.

Grievous ucieka! Zanim krążownik Malevolence zdążył zniszczyć bazę medyczną klonów na Zewnętrznych Rubieżach, grupa uderzeniowa pod dowództwem Generała Jedi - Anakina Skywalkera zdołała uszkodzić statek, unieszkodliwiając jego potężne działo jonowe. Teraz Jedi prowadzą nieprzerwany pościg za Malevolence.

Mobilizacja wojsk klonów. Na Zewnętrznych Rubieżach Galaktyki, chronionych przez nielicznych Jedi narastają konflikty. Z powodu stałego zapotrzebowania na żołnierzy generałowie Jedi podjęli decyzję o przyspieszeniu klonowania. Wiele młodych klonów wyrusza do boju nieukończywszy nawet szkolenia. To oni, obsługując sieć stacji zwiadowczych, stanowią bardzo słabą zaporę pomiędzy Republiką a jej wrogami.

Po serii dotkliwych porażek z siłami Generała Grievousa bazy wypadowe Republiki są zagrożone. Tylko Anakin Skywalker i jego oddział z rozkazem obrony ważnego punktu strategicznego Bothawui stoją na drodze armii droidów.

Zaginiony w akcji! R2-D2 - droid nawigacyjny Anakina Skywalkera zaginął w czasie bitwy. Gdy gorączkowe poszukiwania nie przynoszą rezultatu, Anakin zmuszony jest przyjąć nowego nawigatora - R3-S6. Teraz Jedi szykują się do nowej misji znalezienia tajnego posterunku nasłuchowego wroga. Tymczasem R2-D2 wpadł w ręce nikczemnego przemytnika droidów i jest w drodze do Generała Grievousa, który podstępnie chce go wybawić z tajników Republiki.

Wojna Klonów zagraża jedności Republiki. Przez galaktykę przetacza się bitwa za bitwą, a coraz więcej światów daje się uwieść Separatystom i opuszcza Republikę. Senator Padme Amidala wyrusza z misją pokojową do położonego na Zewnętrznych Rubieżach świata Rodii, chcąc upewnić się że pozostanie on wierny Republice.

Wicekról Gunray pojmany. Senator Padme Amidala odnosi zwycięstwo nad Sojuszem Separatystów w odległym systemie Rodia. Biorąc do niewoli diabolicznego przywódcę konfederatów Nute'a Gunraya. Rada Jedi wyznaczyła mistrzynię Luminarę Unduli i padawana Anakina Skywalkera - Ahsokę do specjalnej eskorty wicekróla na Coruscant. Tam, podczas procesu, odpowie za swoje zbrodnie wojenne.

Wicekról Gunray ucieka. W drodze na Coruscant, gdzie miał odpowiedzieć za swoje zbrodnie, przywódca Separatystów - Nute Gunray, wymyka się eskorcie Jedi. Z pomocą popleczników Hrabiego Dooku nikczemnemu wicekrólowi udaje się zbiec. Uprzedzony o śmiałej ucieczce mistrz Jedi - Kit Fisto namierzył skradziony statek w odległym systemie, licząc na pojmanie Gunraya i postawienie go przed sądem.

Podczas własnej próby porwania hrabiego Dooku, Anakin i Obi-Wan odkrywają, że Lord Sithów został już schwytany przez piratów. Hondo Ohnaka i jego banda piratów trzymają Dooku w niewoli w swojej jaskini na Florrum i przetrzymują go dla okupu. Od Anakina i Obi-Wana zależy, czy oferta jest zbyt piękna, aby była prawdziwa.

Anakin i Obi-Wan zostali oszukani i są przetrzymywani dla okupu wraz z hrabią Dooku przez wodza piratów Hondo Ohnakę i jego zastępcę, Turka Falso. Podczas gdy Anakin, Obi-Wan i Dooku bezskutecznie próbują uciec, Republika wysyła okup przez specjalnego wysłannika, w tym przedstawiciela Jar Jar Binksa. Kiedy Falso próbuje ukraść okup od swojego szefa, zestrzeliwując wahadłowiec, jedynymi ocalałymi jest oddział klonów i Jar Jar, który jako najwyższy z żyjących oficerów musi przejąć misję. Staje się wyścigiem z czasem, gdy Jar Jar pędzi, by dostarczyć okup, by przejąć opiekę nad Dooku i uratować Jedi.

Anakin i Ahsoka przybywają do podniebnej bitwy, aby pomóc oblężonej generał Jedi Aayli Secura. Anakin zostaje ciężko ranny w walce. Aayla i Ahsoka wraz z rannym Anakinem, Rexem i ocalałymi klonami lądują na niezbadanej, porośniętej trawą planecie Maridun. Zmuszona do opuszczenia Anakina, aby go uratować, Aayla uczy Ahsokę, dlaczego Jedi nie mają osobistych przywiązań. Udają się do wioski Lurmen. Ich władca, Tee Watt Kaa, wyjaśnia, że ​​są pacyfistami w tej wojnie i nie są sprzymierzeni z żadną ze stron. Niepewny, czy mieć coś wspólnego z Jedi, Tee Watt Kaa zgadza się pomóc uratować życie Anakina.

Przywódca Lurmenów, Tee Watt Kaa, odmawia schronienia Jedi przed przybyciem sił Separatystów, obawiając się, że taka akcja niepotrzebnie wciągnie jego neutralnych ludzi do wojny. Ahsoka, Aayla, ranny Anakin i reszta klonów szanują ich życzenia, ponieważ nie chcą narażać wioski swoją obecnością, więc muszą wycofać się w dzikie tereny planety. Separatystyczny generał Neimoidian Lok Durd przybywa, aby przetestować niszczycielską broń, której planują użyć na Lurmenach! Ostatecznie mieszkańcy wioski muszą zdecydować, czy poddadzą się Separatystom, czy będą walczyć z Jedi w obronie swojej wioski.

Przybywając na opustoszały lodowy świat Orto Plutonia, Anakin Skywalker i Obi-Wan Kenobi badają zniknięcie sklonowanych sił bezpieczeństwa stacjonujących na odległym posterunku. Jedi, w towarzystwie senatora Riyo Chuchi i przewodniczącego Cho z pobliskiego księżyca Pantora, wkrótce odkrywają, że ich żołnierze-klony zostali zaatakowani przez plemię futrzastych tubylców znane jako Talz. Zaciekli wojownicy jeżdżący na bestiach, Talz są bardzo terytorialni i chcą tylko zostać sami. Jedi udaje się wynegocjować pokój z wodzem Talz, Thi-Senem, gdy chciwy Przewodniczący Cho łamie go, twierdząc, że planeta i Talz są pod jego władzą. Wynikający z tego konflikt przeradza się w wojnę między klonami pod dowództwem senatora a Talzem, z Jedi pośrodku.

Anakin Skywalker i Obi-Wan Kenobi dowodzą siłami Republiki, próbując pokonać armie droidów i uwolnić planetę Christophsis z oblężenia Separatystów. Kiedy Republika wpada w zasadzkę i zostaje zmuszona do odwrotu, staje się jasne, że ktoś pośród nich zaatakował ich. Jedi wierzą, że ta infiltracja jest operacją wspieraną przez Sithów i udają się za linie wroga, aby zbadać sprawę. Tymczasem kapitan Rex i komandor Cody wyruszają, by odkryć wśród nich zdrajcę.

Republika odkrywa laboratorium broni biologicznej Separatystów ukryte na planecie Naboo. Zamiast czekać na pomoc, Padmé; bada laboratorium z Jar Jarem. Anakin, Ahsoka, Rex i Obi-Wan przybywają i podążają za nią. Odkrywają, że senator jest przetrzymywany w niewoli przez złowrogiego dr Nuvo Vindi. Szalony naukowiec pracuje nad śmiercionośnym wirusem dla Separatystów. Vindi grozi, że zdetonuje bombę i uwolni wirusa!

Mimo że laboratorium zostało zamknięte, dr Vindi udaje się aktywować przerażającego wirusa Blue Shadow, zarażając Ahsokę, Padmé i wielu żołnierzy-klonów. Plaga jest śmiertelna w ciągu 48 godzin. Anakin i Obi-Wan muszą udać się na tajemniczą planetę Iego, aby zdobyć jedyne znane antidotum na chorobę. Anakin i Obi-Wan przybywają na tajemniczą planetę, aby odkryć, że jej populacja żyje w strachu przed tajemniczą siłą, która zabija wszystko, co próbuje opuścić ich świat. Z pomocą Jaybo Hooda, sprytnego chłopca z Iegoana, Anakin i Obi-Wan muszą rozwiązać tajemnicę planety, zanim będą mogli odejść i zanim zginą wszyscy zarażeni wirusem Separatystów!

Ryloth, ojczysty świat ludu Twi'lek, został poddany okupacji wojskowej przez armię droidów Separatystów i otoczony blokadą pancerników Federacji Handlowej. Podczas niespodziewanego ataku na blokadę Ahsoka sprzeciwia się rozkazom Anakina i traci większość swojej eskadry. Mimo tego, że ta porażka wstrząsa nią emocjonalnie, Anakin pomaga jej nauczyć się wytrwać, stawiając ją na czele kolejnego ryzykownego ataku.

Po zniszczeniu blokady kosmicznej wokół Ryloth, Obi-Wan Kenobi musi poprowadzić małą grupę klonów do miasta okupowanego przez droidów, aby sabotować ich działa przeciwlotnicze. Misja Obi-Wana komplikuje się, gdy dowiaduje się, że mieszkańcy miasta są wykorzystywani jako żywe tarcze. Para klonów w jego plutonie nawiązuje niezwykłą przyjaźń z uchodźczynią z Twi'leków, Numą, osieroconą przez wojnę. Dzięki ich relacjom z nią klony zaczynają rozumieć prawdziwe koszty wojny...

Bitwa o Ryloth, ojczyznę Twi'leków, szaleje, gdy Republika próbuje odeprzeć okupującą armię droidów dowodzoną przez przywódcę separatystów, Wat Tambor. Mając rozciągnięte siły, Mace Windu musi przekonać bojownika o wolność Twi'leków, Chama Syndullę, by pomógł mu ocalić stolicę przed zniszczeniem przez droidy. Początkowo bohater Twi'leków waha się, czy pomóc Mace'owi, ale ostatecznie zdaje sobie sprawę, że Jedi można zaufać i dołącza do niego, aby wyzwolić miasto - a ostatecznie planetę - w kulminacyjnej bitwie.

Chcąc wymusić uwolnienie zbrodniarza Ziro Hutta z więzienia, łowcy nagród przejmują kontrolę nad budynkiem Senatu i przetrzymują członków Senatu jako zakładników. Cad Bane, przywódca operacji, z pomocą łowczyni nagród Aurry Sing, kieruje swoje żądania do kanclerza Palpatine'a, który nie ma innego wyjścia, jak tylko spełnić jego prośbę. Bez wiedzy myśliwych Rycerz Jedi Anakin Skywalker przebywa na wolności w budynku Senatu.

Cad Bane został wynajęty przez Dartha Sidiousa do kradzieży holokronu Jedi. Holokrony – systemy przechowywania danych, które można otworzyć tylko za pomocą Mocy – są chronione w skarbcu w Świątyni Jedi. Werbując do swojego spisku uzurpatora udającego Jedi, Bane infiltruje systemy bezpieczeństwa budynku i prowadzi pościg Anakina, Obi-Wana i Ahsoki.

Anakin i Ahsoka podróżują na planetę Devaron w pogoni za Cadem Bane'em, który ukradł holocron Jedi. Bane schwytał mistrza Jedi Bollę Ropala, strażnika kryształu Kyber, który w połączeniu z holocronem ujawni dane na temat każdego znanego dziecka wrażliwego na Moc w galaktyce. Bane nie może zmusić Ropala do otwarcia holokronu, więc Bane potrzebuje kolejnego Jedi. Łapiąc Ahsokę, łowca nagród zmusza Anakina do otwarcia holokronu, aby uratować swojego padawan. Ujawnione sekrety holocronu Bane próbuje uciec, ale wydaje się, że został zabity przez klona. Anakin jednak wciąż wyczuwa obecność Bane'a w Mocy...

Cad Bane ukradł holocron Jedi, w którym znajdują się sekretne miejsca wrażliwych na Moc dzieci galaktyki. Bane otrzymuje od Dartha Sidiousa zadanie porwania kilku dzieci, aby wyszkolić ich na szpiegów Sithów. Podczas jednej z takich prób porwania Bane zostaje schwytany przez Anakina i Ahsokę i zabrany przed Obi-Wana i Mace'a Windu, aby zbadali jego umysł. Nie mogąc oprzeć się połączonym mocom Mocy Jedi, Bane zgadza się poprowadzić Kenobiego i Windu do swojej ukrytej bazy, podczas gdy Anakin i Ahsoka wyruszają do Mustafar, aby uratować skradzione dzieci przed złym spiskiem Dartha Sidiousa.

Rada Jedi podejrzewa, że ​​senator Rush Clovis, delegat Międzygalaktycznego Klanu Bankowego i były kolega Padmé Amidali, może pracować dla Separatystów. Wbrew życzeniom Anakina, Rada prosi Padmé, czy towarzyszyłaby Rushowi do Cato Neimoidia, aby odkryć wszelkie wskazówki dotyczące prawdziwych przynależności senatora. Padmé zgadza się, czując, że jej przeszły związek z senatorem – który przez pewien czas był romantyczny, dopóki go nie zakończyła – może dać jej przewagę w śledztwie. Odpierając zazdrość Anakina, a także zamach na jej życie przez Neimoidiana Lotta Doda, Padmé z powodzeniem ujawnia, że ​​Clovis spiskuje z Separatystami, aby zbudować fabrykę droidów wojskowych na Geonosis.

Anakin, Obi-wan i Ki-Adi-Mundi prowadzą inwazję, aby powstrzymać Poggle'a Mniejszego i Geonosjan przed odbudową ich armii droidów. Sprawy przybierają okropny obrót, gdy siły Geonosian zestrzeliwują statki Republiki, które spadają z kursu. Pod rosnącą presją, by wykonać swoją misję, Anakin, Obi-Wan i Ki-Adi-Mundi mają do pokonania własny zestaw wyzwań – hordy wrogich żołnierzy, śmiercionośne pułapki, bezlitosny teren i potężna tarcza energetyczna.

Anakin, Ahsoka, Luminara Unduli i jej padawan, Barriss Offee, prowadzą misję zniszczenia fabryki droidów na Geonosis. Ale Poggle the Lesser ma inne plany, gdy wykorzystuje swoją najnowszą broń, niezniszczalne super czołgi. Zdesperowani, aby wykonać swoją misję, zanim odlewnia zostanie uruchomiona, Jedi opracowują śmiały plan, w którym Anakin i Luminara będą działać jako wabiki, odwracając uwagę superczołgów, podczas gdy Ahsoka i Barriss infiltrują fabrykę przez labirynt katakumb pod miastem. Plan jest ryzykowny. Stawka jest wysoka. To ich jedyna opcja, ale czy padawani sprostają wyzwaniu?

Po bitwie mającej na celu zniszczenie nowej fabryki droidów na Geonosis, mistrzyni Jedi Luminara Unduli znika, tropiąc Poggle'a Mniejszego. Obi-Wan i Anakin prowadzą pluton żołnierzy-klonów w poszukiwaniu jej. Idąc jej śladem, nasi bohaterowie schodzą w głąb legowiska Kariny Wielkiej. Ku swojemu przerażeniu dowiadują się, że ul jest żywy i pełen nieumarłych obrońców. Podobno Karina potrafi reanimować i kontrolować swoich poddanych. Czy Obi-Wan i Anakin pokonają hordę nieumarłych Kariny i znajdą Luminarę, zanim będzie za późno?

Zaopatrzenie medyczne jest rozpaczliwie potrzebne na kluczowym froncie bitwy Republiki. Podczas gdy Rycerze Jedi przewożą Poggle'a Mniejszego jako więźnia na Coruscant, padawani Barriss Offee i Ahsoka Tano zostają wysłani, by eskortować fregatę medyczną do miejsca przeznaczenia. Gdy geonozyjskie robaki mózgowe przejmują kontrolę nad żołnierzami-klonami na pokładzie ich statku zaopatrzeniowego, Ahsoka i Barriss muszą walczyć, aby powstrzymać statek przed rozpętaniem śmiertelnej plagi na galaktykę.

Mistrz Jedi Eeth Koth zostaje wzięty jako zakładnik i torturowany przez generała Grievousa. Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi i Adi Gallia obmyślają śmiały plan ratunkowy, ale wkrótce zdają sobie sprawę, że generał ma własny plan. Rycerze Jedi i generał Separatystów próbują wymanewrować się nawzajem w walce między statkami i wręcz nad planetą Saleucami.

Generał Grievous zostaje zestrzelony nad Saleucami i ląduje na pustyni. Obi-Wan prowadzi ekspedycję, którą opisuje ogólnie droidów. Rex zostaje ranny podczas poszukiwań i musi pieszo do siebie w stodole lokalnego farmera, ale jest zszokowany, gdy przebuduje, że rolnik jest dezerterem-klonem.

Podczas zadania w podziemiach Coruscant przebiegły kieszonkowiec kradnie miecz świetlny Ahsoki. Ahsoka korzysta z pomocy starożytnej Jedi, Tery Sinube, aby wytropić jej broń i odzyskać jej honor.

Alarmujące plotki o pokojowo nastawionej księżnej Satine z Mandalore skłaniają Obi-Wana do zbadania odludnej planety. Satine chce zachować neutralność Mandalore w Wojnach Klonów, ale działania brutalnej grupy odłamowej — Straży Śmierci — grożą popchnięciem planety w kierunku wojny.

Księżna Satine podróżuje z Mandalore na Coruscant z misją dyplomatyczną z Obi-Wanem Kenobim, Anakinem Skywalkerem i zespołem żołnierzy, którzy mają ją bronić. Gdy jej luksusowy statek kosmiczny, Coronet, przedziera się przez nadprzestrzeń, Jedi muszą powstrzymać kilka prób zamachu, a Anakin odkrywa, że ​​Obi-Wan i księżna mają wspólną historię.

Na Coruscant do księżnej Satine dociera wiadomość, że Straż Śmierci mobilizuje, wywołując prewencyjną inwazję Republiki. Uciekając przed władzami Republiki, Satine i Obi-Wan wyruszają, by odkryć prawdziwe motywy grupy.

Kiedy senator Onaconda Farr umiera w podejrzanych okolicznościach, a lokalny inspektor wydaje się niekompetentny, Padmé; postanawia odnaleźć osobę, która otruła swojego mentora. Podążając tropem wskazówek, Padmé i Bail Organa zagłębiają się w niebezpieczny świat dźgnięć w plecy, kłamstw i sekretów kontrolowanych przez potężnych senatorów Mee Deechi i Halle Burtoni. Poszukiwania Padmé zmuszają ją do zaryzykowania kariery i ideałów, ale prawdziwa tożsamość zabójcy jest jeszcze bardziej destrukcyjna, niż mogła sobie wyobrazić.

Blokada separatystów otacza Christophsis. Flota Anakina ma za zadanie rozmieścić na powierzchni zapasy pomocy humanitarnej, ale są one masowo niszczone i wymanewrowane przez zręczny Admirał Trench. Obi-Wan przybywa i przedstawia nową broń Republiki: statek do ukrywania się. Niewidzialny statek jest ostatnią nadzieją na pokonanie przebiegłego dowódcy floty Separatystów i pomoc poturbowanym mieszkańcom Christophsis.

Anakin, Obi-Wan i Ahsoka wpadają na Felucię i szukają pomocy u lokalnych hodowców przypraw tylko po to, by dowiedzieć się, że to rolnicy są w prawdziwej potrzebie. Napastowani przez Hondo Ohnakę i jego bandę piratów, którzy planują ukraść ich plony, rolnicy wynajęli czterech zabójczych łowców nagród, aby chronić ich towary. W mało prawdopodobnym partnerstwie Jedi muszą współpracować z wynajętymi broniami farmerów, aby odeprzeć Hondo i jego bandytów.

Zdesperowany, by odwrócić losy zaciętej bitwy na Malastare i wygrać strategiczny sojusz z Dugami, kanclerz Palpatine rozkazuje Jedi zrzucić najnowszą superbroń Republiki, nieprzetestowaną elektro-bombę protonową. Niestety, wybuch bomby budzi starożytną i przerażającą Bestię Zillo, potwora o legendarnych rozmiarach i zaciekłości. Teraz Jedi muszą powstrzymać tę śmiertelną istotę pomimo ingerencji krwiożerczych Dugów, którzy mają swój własny plan.

Na rozkaz Palpatine'a siły Republiki przenoszą przerażającą Bestię Zillo z powrotem na Coruscant w celu przeprowadzenia badań naukowych. Palpatine, chcąc wydobyć tajemnice bestii dla korzyści militarnych, nakazuje swojemu głównemu naukowcowi zbadanie, a następnie zabicie potwora. Przepełniona bólem i złością Bestia Zillo ucieka z laboratorium i zaczyna niszczyć miasto. Wkrótce Anakin, Padmé i Palpatine zostają ścigani przez bestię, podczas gdy Jedi walczą o jej powstrzymanie.

Zdeterminowany, by zabić mistrza Jedi Mace Windu, młody Boba Fett udaje kadeta-klona i zakrada się na pokład krążownika Jedi, aby podłożyć bombę w kwaterze Windu. Ale plan Boby idzie nie tak, gdy wybuch nie zabija Mace'a i nagle każdy klon na pokładzie szuka sabotażysty. Boba niszczy reaktor statku, aby odwrócić uwagę i wkrótce cały krążownik zaczyna się rozpadać. Nieświadomi, że Boba jest winowajcą, nowi towarzysze kadetów Boby ratują mu życie, ale czy ma obsesję na punkcie zemsty, by zrobić dla nich to samo?

Boba Fett i jego grupa łowców nagród prowadzą Anakina i Mace'a w śmiertelną pułapkę na Vanqor. R2-D2 musi wrócić na Coruscant i ostrzec Jedi przed niebezpieczeństwem ich braci. Walcząc po drodze z bestiami i łowcą nagród, zaufany droid w końcu przekazuje swoje ostrzeżenie Ahsoce i Plo Koonowi, którzy pędzą do Vanqor, by uratować Mace'a i Anakina przed ognistą śmiercią.

Po nikczemnej próbie zamordowania Anakina Skywalkera i Mace'a Windu na Vanqor, Boba Fett i Aurra Sing ukrywają się. Mistrz Jedi Plo Koon i Ahsoka Tano wyruszają, by schwytać łowców nagród. Przeczesując niższe czeluście podziemi Coruscant, Plo i Ahsoka w końcu dowiadują się, że Fett i jego grupa ukrywają się na Florrum. W dramatycznej rozgrywce Fett zostaje porzucony przez Aurrę Sing, pozostawiając młodego Boba zły i zgorzkniały w areszcie Republiki.

Tup z żołnierzy-klonów zapada na tajemniczą chorobę psychiczną, która skutkuje szokującą śmiercią Mistrza Jedi. Nie będąc w stanie wyjaśnić swoich morderczych czynów, Tup zostaje uspokojony i odesłany do Kamino w celu zbadania. W międzyczasie Admirał Separatystów Trench informuje hrabiego Dooku o zdradzie i jest przekonany, że zabójstwo ma coś głębszego. Anakin Skywalker i ARC Trooper Fives towarzyszą Tupowi, ale ich podróż powrotna zostaje zaatakowana przez Separatystów.

W sterylnych laboratoriach Kamino, schorowany żołnierz klonów Tup i jego przyjaciel ARC Trooper Fives są poddawani kwarantannie w celu zbadania po szokującym zamordowaniu przez Tupa Mistrza Jedi. Z pomocą droida medycznego AZI-3, Piątka jest zdeterminowana, aby dotrzeć do sedna stanu Tupa i odkryć tajemnicę zakopaną głęboko w programie klonowania Republiki.

Ciało żołnierza-klona Tupa ma zostać przetransportowane na Coruscant, gdzie lekarze kanclerza Palpatine'a dokładnie je zbadają. ARC Trooper Fives łamie protokół i przeciwstawia się rozkazom szukania odpowiedzi i odkrywa, że w mózgach wszystkich żołnierzy-klonów ukryty jest organiczny konstrukt o nieznanym celu.

Piątki nadal starają się uzyskać odpowiedzi dotyczące tajemnicy skażenia klonów i zapewniają audiencję u Najwyższego Kanclerza Palpatine'a. Ale sytuacja szybko się załamuje, gdy Piątka zostaje oskarżona o atak na Kanclerza i musi on uciec w głąb miasta Coruscant, ścigany przez innych żołnierzy-klonów.

Przebywając na Scipio, by sfinansować misję miłosierdzia, Padmé Amidala zostaje wezwana przez starego przyjaciela, Rusha Clovisa, do pomocy w odkryciu korupcji w klanie bankowym. Muszą uniknąć łowcy nagród Embo, aby uciec z planety z obciążającymi informacjami.

Po powrocie na Coruscant Clovis - znany zdrajca Republiki - zawiera wątpliwą umowę, która stawia go na czele klanu bankowego. Rosnąca nieufność i nienawiść Anakina do Clovisa nadwyrężają jego związek z Padmé do granic wytrzymałości.

Umowa Rusha Clovisa z Separatystami przynosi odwrotny skutek i sprowadza wojnę do bankowego świata Scipio.

Spokojny świat Bardotta i jego mistyczne ścieżki są zagrożone przez starożytne proroctwo, a jego najważniejsi duchowi przywódcy zniknęli. Królowa Julia z Bardotta prosi o pomoc swojego najbardziej zaufanego przyjaciela w Senacie, Jar Jar Binksa. Uznając wagę duchowej równowagi Bardotty, Rada Jedi wysyła Mace'a Windu, aby towarzyszył Binksowi i prowadził dochodzenie.

Ukochana królowa Jara Jara Binksa z planety Bardotta została uprowadzona przez żądny krwi kult Frangawla, aby wypełnić mroczną i starożytną przepowiednię. Reprezentant Binks i Mistrz Jedi Windu muszą znaleźć zaginioną królową, zanim kult zyska na sile.

Misja Jedi znajduje miecz świetlny należący do dawno zmarłego mistrza Sifo-Dyasa, co skłoniło Yodę, Obi-Wana Kenobiego i Anakina Skywalkera do rozpoczęcia śledztwa w sprawie jego zniknięcia sprzed dekady. To skłania Dartha Sidiousa do nakazania Darthowi Tyranusowi, aby oczyścił wszelkie luźne cele, które mogą doprowadzić Jedi do odkrycia prawdy o spisku Sithów.

Yoda jest głęboko zaniepokojony, kiedy słyszy coś zza grobu: głos Qui-Gon Jinna. Wiedząc, że Jedi nie może zachować swojej tożsamości po śmierci, Rada Jedi zaczyna się martwić, że Yoda może zostać zepsuty przez wpływ Ciemnej Strony. Zdeterminowany, by znaleźć odpowiedzi, Yoda ucieka ze świątyni Jedi, by podążać za bezcielesnym głosem.

Pozwalając Mocy prowadzić go, Yoda wyrusza w podróż do serca galaktyki do starożytnego świata, który jest jednym ze źródeł Mocy i źródłem midichlorianów. Yoda przechodzi trudne próby prowadzone przez Pięć Kapłanek, tajemniczych władców Mocy, którzy skrywają sekret nieśmiertelności.

Po wielu wyczerpujących próbach, Yoda następnie podróżuje do starożytnego rodzinnego świata Sithów, Moraband, gdzie musi stawić czoła starożytnemu złu zdeterminowanemu, by rządzić galaktyką.