Obi-Wan é atraído para uma armadilha por Darth Maul e aprisionado.

O soldado clone Tup sucumbe a uma doença mental misteriosa que resulta na morte chocante de um Mestre Jedi. Incapaz de explicar suas ações assassinas, Tup é sedado e enviado de volta para Kamino para exame. Enquanto isso, o Almirante Trench dos Separatistas informa Conde Dooku da traição, e está convencido de que a morte decorreu de algo mais profundo. Anakin Skywalker e o soldado ARC Fives acompanham Tup, mas a sua viagem de regresso é uma emboscada separatista.

Yoda fica profundamente instável quando ouve algo do além-túmulo: a voz de Qui-Gon Jinn. Sabendo que é impossível para um Jedi manter a sua identidade após a morte, o Conselho Jedi começa a se preocupar que Yoda possa ser corrompido pela influência do lado escuro. Determinado a encontrar respostas, Yoda escapa do Templo Jedi para acompanhar a voz desencarnada.

Depois de muitos ensaios exaustivos, Yoda viaja para a antiga terra natal dos Sith, Moraband, onde ele deve enfrentar um antigo mal que está determinado a governar a galáxia.