故郷の空守村を出て、東京で平凡な大学生活を送っていた枸雅匡平は史場日々乃に告白をしようとする。そんな二人はエレベーターで残虐な死体を発見してしまう…。一方、村に幽閉されていた阿幾は匡平が村から出たことを知り脱走する。そして案山子という神の人形を操る匡平の妹、詩緒も阿幾を追うために上京してくる…。

川岸には玖吼理（ククリ）という案山子の操縦訓練をする詩緒達の姿が。同じ頃、大学の真・科学部部室で爆発事件を起こし、気を失ってしまう空張久羽子と部員。爆発音に気付き、玖吼理を操縦して二人の救助作業をする詩緒。久羽子は、案山子の事件を追う刑事である恭助の娘であった…。

阿幾を拘束し村に帰る工作員。しかし阿幾は再び逃走してしまう…。日々乃に連れられ街に出掛けた詩緒は、玖吼理でまたひと騒動。一方、逃げ出した阿幾は匡平と会っていた。日々乃を引き合いに、匡平の気持ちを逆なでる阿幾。そして、日向家の勾司朗もまた、阿幾を捕らえるためにやってきていた…。

勾司朗と阿幾の戦闘に巻き込まれた久羽子は、案山子のことを聞き出そうと倒れている阿幾を自分の家に連れて帰る。久羽子の部屋で阿幾と鉢合わせた匡平は、過去の出来事に触れられ、日々乃の前で怒りをあらわにする。その場から姿を消した阿幾を追う途中、詩緒にそっくりな男の子が現れ…。

街中で戦う玖吼理と武未禍槌。激闘により、二体の案山子は大きな損傷を負ってしまう。案山子は空守村でしか修理が出来ないため、玖吼理を連れ匡平達は村へ向かう。一方、詩緒にそっくりな男の子、桐生も日向家に戻り、武未禍槌を壊したことをお館様に厳しく叱責されていた…。 ※「槌」は2点しんにょうです。

案山子を修理する器師、靄子のもとには、玖吼理と同じく武未禍槌も修理に出されていた。詩緒は枸雅家のお館様から、桐生が双子の弟だと明かされる。弟と仲良くするために、姉としてどうしたらいいかを考える詩緒だった…。

日々乃に過去の事件を話す匡平…。ある日赴任してきた女教師の千波野は阿幾と親しくなるが、腹違いの兄弟である篤史が千波野に絡んでくる。篤史が操る暗密刀の攻撃から阿幾をかばう千波野。その瞬間、悲劇が…。

空守村から戻った日々乃は図書館で阿幾に遭遇するが、詩緒が玖吼理を使って日々乃を守る。「神様にできるのは破壊と殺戮だけ」と言う阿幾の言葉に、詩緒は神様の存在の意味を考える…。

久羽子は案山子を調べているうちに空守村へと辿り着き同居中の阿幾を問い質す。匡平は詩緒と桐生のことを考え、勾司朗を通して仲直りを画策する。詩緒と桐生が対面しうまくいくと思われたが…。

詩緒と桐生の仲直りの場に、まひるが禍津妃を操り乱入。 まひるは、匡平以外を敵視し傍若無人に振舞う。まひるとの関係を勾司朗から聞かれた匡平は、過去に阿幾、まひると三人で謎の案山子に遭遇した出来事を話す…。

阿幾から日々乃が匡平の彼女だと聞かされ激昂するまひる。 何も知らない日々乃は買い物の途中、突然まひるにさらわれてしまう。あわてる匡平達の前にまひるが現れ、匡平に村へ一緒に帰るよう嘆願するが…。

久羽子は日々乃の誘拐に気付き、助けにくる。しかし、その場にいた平城との過剰なやり取りで銃を撃ってしまい、そのまま現場から逃走する久羽子。再び日々乃の前にまひるが現れる…。