Mikado folgt dem Rat seines Freundes Masaomi und zieht in den Tokioter Distrikt Ikebukuro, um an einer neuen Highschool ein neues Leben zu beginnen.

Bei der Begrüßungsfeier in der neuen Schule werden Mikado und sein Freund Masaomi dem Mädchen Rio vorgestellt, dessen Entführung sie beobachtet hatten.

Mikado und Masaomi halten Ausschau nach Mädels und die beiden sehen, wie Anri von drei anderen Mädchen und einem Gangmitglied angegriffen wird.

Als die Furcht vor der legendären „kopflosen Motorradfahrerin“ von der Stadt Besitz ergreift, hofft Shinra, der Wahrheit auf die Spur zu kommen.

Ein Fremder greift Celty an, ein neuer Lehrer versucht, Anri zu belästigen, und Mikado und Masaomi werden von den gelben Schals in die Enge getrieben.

In Ikebukuro und Shibuya verschwinden Menschen auf geheimnisvolle Weise. Doch die Verschwundenen sind meist Obdachlose, Flüchtlinge und andere, die keiner vermisst.

Shizuo, der stärkste Mann in Ikebukuro, macht sich Sorgen, weil er zu leicht die Beherrschung verliert. Er dachte, das Problem seit seiner Kindheit überwunden zu haben.

Celty verlässt nach einem Streit mit Shinra das Haus und eine Austauschschülerin bittet die Leute, ihre Wünsche in das Notizbuch zu schreiben, das sie bei sich trägt.

Seijis Schwester Namie gerät in Panik, als sie ihn nicht erreichen kann, doch Seijis Date, das Mädchen mit den roten Haaren, hat sein Telefon in einen Brunnen geworfen.

Mikado rettet das Mädchen mit der Narbe am Hals vor der kopflosen Motorradfahrerin. Am Tag darauf wird er von der Motorradfahrerin und Izaya vor der Schule konfrontiert.

Auf einem Dach versammelt sich eine Gruppe verschiedener Personen, um Mikados wahre Identität zu erfahren. In der Zwischenzeit bittet Shinra Celty, ihn zu heiraten.

Nachdem Mika ihre wahre Identität enthüllt hat, erkennt Celty, dass Shinra Geheimnisse vor ihr hat, und stellt seine Liebe für sie infrage.

Sechs Monate nach dem Treffen der Dollars ist es in Ikebukuro wieder relativ ruhig. Doch sowohl der Slasher als auch die gelben Schals planen ihre Rückkehr.

Nachdem der Journalist Shuji Niekawa vom Slasher angegriffen wurde, nimmt die Waffe von ihm Besitz und versucht, Anri anzugreifen und Shizuo seine Liebe zu gestehen.

Kyoheis Gang, Shizuo und Celty versuchen, Anri vor dem Slasherangriff zu schützen. Dabei kommt es zu einer schockierenden Enthüllung.

Während Shizuo im Park gegen die vom Slasher besessenen wütet, wird die Geschichte der Saika-Klinge und ihres wahren Besitzers enthüllt.

Als er und Mikado Anri vom Krankenhaus nach Hause begleiten, erhält Masaomi einen Anruf von den gelben Schals, der Erinnerungen an seine Vergangenheit weckt.

Anri versucht herauszufinden, was mit Masaomi los ist. In der Zwischenzeit bekämpfen sich die Dollars und die gelben Schals wegen der Identität Slashers.

Masaomi schöpft den Verdacht, dass ehemalige Mitglieder der Blue Squares die Dollars infiltriert haben, und stattet deswegen Kyoheis Gang einen Besuch ab.

Entgegen Masaomis Befehlen greifen die gelben Schals die Dollars an. Anris Versuch, einen Bandenkrieg zu verhindern, macht die Sache jedoch nur noch schlimmer.

Als die gelben Schals entdecken, dass Anri das Mädchen ist, das bei dem Treffen aus ihrem Versteck geflohen ist, kommen ihr unerwartete Retter zu Hilfe.

Als die gelben Schals sich von Masaomi abwenden, muss er sich selbst gegen sie und Shizuo verteidigen, den die Yellow Scarves angeschossen haben und für tot halten.

Mikado und Anri bringen Masaomi ins Krankenhaus, nachdem er von den gelben Schals bewusstlos geprügelt wurde. Später stellt Anri Izaya zur Rede.