正月二日に白薔薇さまである聖から山百合会の合宿に誘われた祐巳は、聖の運転する黄色の車で合宿所に行くことに。実は合宿所は祥子の豪邸で、山百合会のメンバーが全員集合していたのだった。薔薇さまたちや柏木、祐巳の弟の祐麒も交え、楽しい時間を過ごす祐巳。さらに聖とともに祥子のお宅に泊まることになり…。

今回は三月の話。祐巳は写真部の蔦子から数枚の写真を渡される。写っていたのは黄薔薇さまである江利子。ただし日替わりで違う男性と寄り添う写真。その写真の事実を山百合会メンバーで相談しようとする祐巳だったが、うまく切り出せない。蔦子に写真を返そうとするが、紅薔薇さまである蓉子に見つかってしまい…。

山百合会メンバーによる卒業式の準備は着々と進んでいた。だが祥子は山百合会内の「薔薇さまのお別れ会」のことを忘れていた。あわてて祐巳が三薔薇さま方にお別れ会の日程の連絡を入れる中、聖から「隠し芸」の出し物について問われる。祐巳、由乃、志摩子の三人は相談し、それぞれ隠し芸を披露することに決まるが…。

卒業式まであと二日。祐巳は薔薇さま方との別れに寂しさを募らせていた。そんな中、蓉子に突然ミルクホールへ誘われる。蓉子は卒業を前にして祐巳に祥子のことを託したかったのだ。一方薔薇の館では、薔薇さま方の忘れ物を見つけ、祥子と令がお姉さま方への思いを巡らせる。そして、祐巳は一人教室に残る聖を見つけて…。

卒業式当日。聖は幼稚舎での江利子との過去を、蓉子は中等部に入学して初めて聖と出会った時のことを、江利子は蓉子に興味を持った日のことを思い出す。式は進行していたが、在校生代表として送辞を述べていた祥子は途中で涙が止まらなくなってしまう。そして薔薇さま方は思い出の詰まったリリアンを去って行く…。

一年前の春の話。志摩子は桜の木の下で聖に出会った。それから、志摩子は聖を意識するようになり、聖も志摩子に特別な感情を持つようになった。やがて志摩子は薔薇の館に連れてこられる。蓉子が呼び出したのだ。また一方で、聖と志摩子を近づけようとする意図もあった。聖はそれに反発し、一度は志摩子を拒絶するが…。

新年度に入り、高等部に新入生が仲間入りしてきた。そんな中、志摩子は時間が余ると一人校舎の裏に行き、桜を見ていた。その桜の木の下で、新入生の二条乃梨子と出会う。乃梨子もまた高校から入ったリリアンに馴染めず、桜を一人で見ていたのだ。一方、祐巳は祥子の遠縁にあたるという新入生の松平瞳子と出会っていた…。

お寺で志摩子と乃梨子は再会した。志摩子は寺の娘であるということを隠してリリアンに通っていた。秘密を守ると約束する乃梨子。一方、志摩子の秘密を知っていた祥子や令は、彼女自身の口から打ち明けさせたいと考えていた。そんな時、志摩子が乃梨子に数珠を渡しているところを見た瞳子から、ある計画が提案される…。

志摩子は乃梨子を妹にしていなかった。祥子や令は、きっかけを掴めない二人を心配し、乃梨子を山百合会の手伝いとして薔薇の館に招いた。だがリリアンの制度に馴染んでいない乃梨子は祥子と衝突してしまう。志摩子は止めに入るが、山百合会と乃梨子のどちらを取るかという選択を迫られ、薔薇の館から逃げ出してしまう…。

由乃は令に剣道部に入りたいと申し出た。しかし令は入部に反対し、喧嘩になってしまう。その一件以来、令と由乃は険悪な雰囲気になっていたが、由乃は令に黙って剣道部に入部届けを出してしまう。それを知った令は寝込んでしまった。数日後、令は回復するが、由乃に「姉妹の関係を考え直すべきかもしれない」と伝える…。

遊園地デートを祥子が突然キャンセルしてきた。次の日曜日、祥子はまたも約束を反故にした。祐巳は次の約束を求めるが、今は出来ないと断られてしまう。さらに次の週、約束の無い日曜日。祥子の家に電話をかけると、祥子と瞳子が一緒にいることを聞かされる。さらに学校で祥子が事情を説明しようと祐巳に話しかけるが…。

雨に濡れた祐巳を聖は友人である加東景の下宿している家に連れて行く。少し元気を取り戻す祐巳。次の日、少しでも明るくいようと友達とお昼を食べていると瞳子が現れ、祐巳は祥子に相応しくないと怒りをぶつけられる。一方、放課後に景の下宿にお礼に行くと、リリアンの卒業生という大家のおばあさんに迎え入れられて…。

学園祭の準備を始めた祐巳たち。だが人手が足りず、助っ人として瞳子を呼ぶ。祥子を好きな者同士、祥子が居ない分頑張ろうと考えたのだ。それから祥子は学校に出てこなかった。祐巳と瞳子は景の下宿の大家、弓子に会う。彼女は昔喧嘩別れした友人に会いに、病院に行くと言う。そんな時、祐巳は蓉子に呼び出されて…。

夏休みは祥子と遊園地に行ってみたいと思っていた祐巳だが、人ごみと暑いところが大の苦手の祥子からあっさりと断られてしまう。その代わりに祥子から避暑地の別荘行きに誘われる祐巳。しかも二人きりで行くことに。そして別荘で過ごす二人だが、そこへ綾小路菊代、京極貴恵子、西園寺ゆかり、そして瞳子が別荘にきて…。

花寺学院高校に通う祐巳の弟、祐麒から「花寺の学園祭の打ち合わせの前に、山百合会と顔合わせをしたい。」との申し出を受けた祐巳。リリアン学園高等部と花寺学院高校はお互いの学園祭で協力し合うのが例年の慣わし。祐巳は、男嫌いの祥子のことを考え、祥子を除く山百合会一同を集めて作戦会議を行うことにするが…。

二学期が訪れ、祐巳の周囲ではある変化が起きていた。一年生の細川可南子が祐巳にまとわりつくようになっていた。そんな中、山百合会一同は学園祭を手伝うため、花寺学院へと向かう。祥子が無事に学園祭を乗り切ることができるか気遣う祐巳。薔薇さまが審査員をするゲームが始まり、順調に進んでいるように思われたが…。

花寺学院の学園祭も終わり、リリアン女学園は体育祭の季節を迎えていた。出場種目を決めるホームルーム。祐巳はケンカ別れをしてしまった可南子のことを考え上の空…。複雑な心境の中、祐巳は祥子に可南子のことを相談する。アドバイスをもらった祐巳は可南子を呼び出し、ある約束を交わし体育祭で勝負をすることに…。

祐巳たちは、お姉さまや妹との別れを惜しみつつ修学旅行へ向かう準備をしていた。二年生が二つのグループに分かれて七泊九日間でイタリアに行く日程で、祐巳、由乃、志摩子の三人に写真部の蔦子、新聞部の真美が同じグループになる。祐巳たちは旅先である人と再会し、また、ある人の噂を耳にすることになる…。

祥子の提案で、今年の学園祭は「とりかえばや物語」を上演する事になった山百合会。そっくりな妹弟が入れ替わる話で、その役は当然、祐巳と弟の祐麒がやる事に。瞳子と可南子にも学園祭の手伝いをしてもらう事になっていたが、瞳子はかけもちしている演劇部の芝居を降板した事を隠し、男嫌いの可南子は花寺学院の男子生徒と芝居をする事が苦痛で、劇には出たくないと祐巳に告げる。祐巳にとっては祥子と姉妹(スール)になって一周年の大事な学園祭。特別な一日が近づいているというのに、祐巳は祥子との一周年の日に何をするかを考える余裕がなく…。

学園祭当日。先代紅薔薇さまの水野蓉子、先代白薔薇さまの佐藤聖も母校の学園祭へやってくる。二人は、どうしても中に入りたいと塀を登ろうとしている少女と出会う。一方、祐巳は二年松組・藤組の共同模擬店の当番を終えて祥子のクラスへ行くが、肝心の祥子は不在。途中で合流した蓉子と聖と一緒に待っていると、会いたくない人がいたと可南子が飛び込んでくる。そこへ戻ってきた祥子は、可南子を保健室に連れ出す。演劇部に戻った瞳子の舞台、山百合会の「とりかえばや物語」も無事に終わり、慌しい学園祭を終えた祐巳と祥子は一周年のその日を迎える。

姉妹（スール）になって一周年目の日に祥子から妹を作るように言われた祐巳だったが、自分が誰かの姉の立場になるという意識はまだ持てないでいた。そんな中、おなじく妹のいない由乃がオーディションで妹を選ぶ、と言い出した。祐巳は乗り気ではなかったが、一、二年生を対象とした茶話会という形で行うのを条件に参加する事にした。参加者はリリアンかわら版で募集することになったのだが、一年椿組では祐巳の妹候補だと噂されている瞳子に対しての風当たりが強くなっていた。同じクラスの乃梨子は瞳子が心配になり、なんとか力になりたいと思うのだが…。

妹探しの茶話会は総勢２７名が参加することになった。姉妹を探す、という名目で行われたのだが、実際には祐巳と由乃目当ての一年生ばかり。そんな中、祐巳は山百合会に憧れる一年生、内藤笙子と出会う。茶話会翌日は令が所属する剣道部の交流試合。先代薔薇さまの蓉子、江利子、聖も観戦にきていた。由乃は江利子に交流試合で妹を紹介すると約束をしてしまっていたのだが、結局茶話会で妹を見つける事ができなかった為、なんとか江利子から逃げる手立てはないものかと頭を悩ませ…。

「試験休みに、遊園地に行きましょうか。」祥子の提案で遊園地デートをすることになった祐巳と祥子。２人で電車に乗って楽しい時間を過ごしながら遊園地へ向かったが、なぜか遊園地の前では柏木優と祐巳の弟・祐麒が２人を待っていた。邪魔が入ったようで面白くない祐巳だったが、柏木の事はなるべく気にしないように、遊園地デートを楽しむことにする。ところが、人が大勢いる場所が苦手な祥子は倒れてしまい…。

遊園地デートから数日、柏木に言われた言葉が頭から離れない祐巳。そんな中、自宅に柏木から電話があり、瞳子が家を飛び出したまま戻っていないと知らされる。心配になった祐巳が可南子や乃梨子に電話をかけようとしたとき、祐麒が瞳子を連れて帰宅した。祐巳の家で夕食を食べた瞳子は、迎えに来た柏木の車で家へ戻っていった。翌日、柏木が瞳子の両親のかわりに祐巳の家へお礼の挨拶をしにやって来た。祐巳は瞳子の家出の理由を訊ねるが、それを受け止める覚悟があるかと柏木に言われ、それ以上聞くことができず…。

終業式のミサが終わり、薔薇の館ではクリスマスパーティの準備が進んでいる。写真部の蔦子や、一年生の瞳子、可南子が集まってくる中、由乃は令に紹介する為に中等部の菜々を連れてきた。令と志摩子が作ったケーキを食べたり、ツイスターゲームをしてパーティを楽しんでいたりしたが、会話の中で、令の卒業後の進路がリリアン女子大ではない事を知った由乃はショックを受けてしまう。一方、周りに気づかれないように出て行こうとする瞳子の後を追いかける祐巳だったが…。

泣いた顔で薔薇の館へ戻ってきた祐巳と祥子。祥子は薔薇の館にいる一同に、祐巳が瞳子にロザリオを受け取ってもらえなかった事を報告する。そして、これは二人の問題だから見守って欲しいと頼んだ。年が明けて1月2日、小笠原邸では「女性限定」の新年会が開かれ、山百合会のメンバーと、祥子の母・清子が共に新年を祝い楽しんでいた。皆で持ち寄った食事をしたり、百人一首や人間双六をしたり。自分を励まそうと集まってくれた仲間と、その為に新年会を開いてくれた祥子の事はとても嬉しいと感じているが、瞳子の事を思うと複雑な気持ちを隠せない祐巳だった。

新学期、瞳子は何も無かったかのような笑顔で祐巳と挨拶を交わした。以前にも増して気持ちを隠すようになってしまった瞳子に、同じクラスの乃梨子も複雑な気持ちを抱いていた。そんな中、来期の生徒会役員を決める説明会に瞳子が現れ、選挙に立候補した。瞳子が当選する事になれば、祐巳、由乃、志摩子の誰かが落選する事になる。薔薇さまに憧れていたとはいえ、瞳子の行動は山百合会メンバーに動揺を与えるには充分すぎる出来事だった。やがてその波紋は学園中に広がっていってしまう。瞳子の気持ちが分からず落ち込んでいた祐巳だったが…。

選挙は祐巳、由乃、志摩子が見事当選したが、当選の瞬間、瞳子が負ける為に立候補をした事に気付いた祐巳は愕然とする。しかし瞳子の真意を問い詰めに行こうとした乃梨子に対し、祐巳は微笑み、今はいいと告げる。乃梨子は祐巳が急に遠くに行ってしまったように感じた。祥子もまた、祐巳の変化を感じていた。帰宅した祥子はスキー帰りの柏木から、瞳子が12月に家出をして祐巳の家へ行っていた事を聞く。リリアン女学園では、今年もバレンタインデーのイベントに山百合会が協力する事になった。お茶を淹れながら、バレンタインデーイベントの事やお互いの妹問題の話をしていた祐巳と由乃だったが、由乃は、祐巳が瞳子の問題があるにもかかわらず、妙に落ち着いていると言う。

退部届をもらいに久しぶりに演劇部を訪ねた瞳子は、演劇部部長の高城典から姉妹（スール）の申し出を受ける。典は、演劇部には瞳子が必要である事、そして祐巳に近づく度に傷ついている瞳子を守りたいと告げる。校門には、祐巳との間に何があったのかを探る為、瞳子を待ち伏せる柏木が居た。週末、バレンタインデーイベントの事がリリアンかわら版号外で告知され、クラス内が慌しくなっていた。帰り道で祐巳と偶然会い、駅まで一緒に行く事になった瞳子は、祐巳の話を聞いているうちに、自分の秘密を知っていて哀れみでロザリオを差し出したのだと確信し、祐巳を拒絶してしまう。

バレンタインデー当日、学園内ではチョコを渡している姉妹（スール）で溢れていた。祐巳たちもまた例外ではなく、紅薔薇姉妹のツーショットを覗きたい生徒達から逃れ、チョコの交換をしていた。休み時間、瞳子は階段で祥子に会い、今日の宝探しに参加するのかを問い質される。放課後、中庭には宝探し大会に参加する多くの生徒が集まり賑わっていたが、そこには瞳子の姿もあり、祐巳は安堵する。祥子は５分のハンデを与えられ、令は大学受験の為「不在者チャンス」に投票し、乃梨子は参加を辞退しスタッフとして参加する事に。次期薔薇さまとの半日デート券をかけて大会がスタートした。

宝探し大会終了５分前。薔薇の館の2階で座っている祐巳に「立ちなさい」と促す祥子。そこへ瞳子が飛び込んできて、これまでの事を祐巳に謝罪し、妹にしてほしいと告げる。驚いて思わず立ち上がってしまった祐巳の座っていた椅子には赤いカードがあった。翌々週の日曜日、祐巳は瞳子に行き先を任せ、半日デートへ出掛ける。移動の電車の中で、瞳子から家出の理由を打ち明けられ、少しずつ瞳子の心に近づいていく祐巳。そして、行き着いた先は瞳子の祖父の松平病院だった。