21世紀末，由於人類一昧的浪費資源破壞環境，加上被毫無根據的主義主張所慫恿而互相殘殺，終究到了面臨滅亡的困境。為了避免滅亡，他們所作的選擇是利用基因操作，採取強制性的進化方法，預先準備程式而從DNA產出生命，連性格和適應能力都能掌控。由於人們喪失了戀愛、感情和支配欲，社會因此相當安定，一直到了23世紀，終於確立了完整的基因操作社會……

生化科技基因複製人聖堂美香、蘇菲亞、蜜爾、瑪利歐與血姬等五人，被選為“比爾基斯戰艦”S任務的成員，由艦長天際博人領導。這五人各有不同的基因組合和特殊技能，其中人稱白雪女王的蜜爾擁有本世紀最完美的技能，也因此相當狂傲自大，總是認為尖端新武器“尖鋒號”的駕駛非她莫屬。另一方面，由於馬拉坎納太空站的爆炸直接衝擊了北美加州，美香的母親也因此生死未蔔……

塞爾吉擅自下令比爾斯基號脫離軍方的管轄，目的是消滅對地球發動攻擊的輪環。為了徹底調查利用輪環攻擊人類的元兇“歐貝拉斯”，比爾基斯號來到了木星的衛星“誑圻戔o”空域，不料輪環竟突然出現並包圍了誑圻得整個星體，艦長天際博人隨即下令美香和蘇菲亞出動尖鋒號衝撞輪環，然而美香卻認為這根本是叫她去送死，因而執意抗命……

為了修復老是當機的尖峰號，人類最厲害的程式設計師佐藤朵倩登場了，朵倩的代號是“娃娃天使”，手裡永遠抱著一個會說話人偶娃娃。正當整修尖鋒號瑕疵的工作如火如荼地進行時，一個小型的輪環卻潛入了比爾基斯戰艦，它不但複製出假冒的艦上人員、釋放病毒入侵艦內的電腦系統，使得艦上頓時陷入一片混亂，最後還奪走了尖鋒號……

航行於外太空的比爾基斯號，回收了一艘漂浮於太空中的21世紀小型太空船，該船搭載了三名來自於21世紀的男子，據說他們是在返回地球的途中遭遇到了輪環，隨後便來到了23世紀。天際艦長雖然將他們以古代人的身份予以隔離，但是美香和蘇菲亞卻因為好奇心的驅使，馬上就跟他們成為好朋友，並告訴他們關於現在這個基因操作世界的一切；然而，這些男人在得知世界變成如此後十分憤怒，因而佔據比爾基斯號並要求返回地球……

美香駕駛著尖峰號準備向輪環展開攻擊，不料當目標進入射程範圍時，尖峰號竟然又當機了，就在美香打算重新開機系統時，卻發現尖峰號出現異常的狀況。就在此時，比爾基斯號直接被輪環擊中，天際艦長在混亂中失去了意識，瑪利歐隨即接下指揮權並設法逃離輪環的攻擊。另一方面，擔任副駕駛的蜜爾強制解除了美香的DU（DEVICEUNIT），打算自行重新啟動尖峰號，但這時她才發現，尖峰號竟然被安裝了前所未見的攻擊程式……

蜜爾的記錄員蕊咪竟然是反政府組織的成員，其組織的宗旨就是反對政府以操作DNA的方式製造人類，而更令人意外的是，史尼克卿（塞爾吉）居然也和蕊咪同一陣線，這使得蜜爾大為震驚。蕊咪在誑圻戔o衛星的尼本基地發現另一艘尖鋒號，在看過其黑盒子的資料後才知道，政府、元老院以及反政府組織都被史尼克卿騙了，原來史尼克卿的真正目的是要把地球和人類全都消滅……

由於比爾基斯艦的擅自行動，政府終於下令聯合艦隊出動追擊。聯合艦隊的女司令官是瑪利歐的舊識娜達莉，娜達莉念在舊交情以及對瑪利歐的瞭解，於是決定給瑪利歐一點時間考慮，並希望他能交出比爾基斯艦和尖鋒號。然而，娜達莉旗下第一級戰鬥艦“約紀”的艦長約翰傑特，突然擅自對比爾基斯艦發動質子導彈攻擊，不料卻誤射了娜達莉的旗艦，娜達莉因此生死不明……

約翰在擊沈聯合艦隊司令官娜達莉的旗艦後，便自己坐上了司令官的寶座，開始對比爾基斯艦發動攻擊。由於約翰所散播的病毒奏效，比爾基斯艦失去控制漸漸被木星的強大重力所吸引。在此生死存亡之際，蜜爾不經意的從尖峰號上發現了空間轉換程式，並迅速將它完成了，瑪利歐遂利用此程式將自己瞬間傳送到約翰所在的約紀艦上，打算一槍將約翰斃命好結束這場戰鬥……

瑪利歐在侵入約紀艦後不久，其生命跡象的訊號便消失了，這個噩耗使得比爾基斯艦上所有的人震驚不已。艦長臥病在床、副艦長陣亡，比爾基斯艦上暫態陷入群龍無首的狀態，豈料輪環又在此時來襲，記錄員貝特李查於是毅然扛起指揮官的重任，號令全艦開始對付輪環。美香和蘇菲亞駕駛尖鋒號出擊，然而朵倩所完成的尖峰號最終程式卻出了狀況，導致美香在攻擊輪環時突然昏了過去……

蕊咪死了，蘇菲亞死了，瑪利歐也死了。艦長天際博人終於醒了，面對這種存亡關頭，艦長立刻下令美香出動尖鋒號，然而美香卻執意不肯，登錄員貝特李查也認為不必再做無謂的犧牲。為了拯救人類的生存，虛弱而恍惚的博人只好自行啟動尖峰號的傳送器，打算在抵達木星的第二衛星尤羅芭後，啟動質子崩壞彈與尤羅芭同歸於盡。美香隨後也急赴尤羅芭想救回博人，但是……

美香駕駛尖鋒號前往木星第二衛星尤羅芭拯救艦長天際博人，途中遇到同是駕駛尖鋒號的蜜爾前來阻攔，展開一場尖鋒號對決大戰。此時，天際艦長在尤羅芭和塞爾吉也展開一場槍戰，然而塞爾吉是不朽之人，擁有迅速的細胞再生能力，天際艦長根本殺不了他。就在緊急關頭，美香駕駛朵倩修改過的人性化尖鋒號降落尤羅芭，擁有白色基因類型，被視為最具可能性的美香要如何拯救人類呢?