一天，Festum突如其来袭击了龙宫岛被问及“你在那里吗…”的那一天起回溯到1年前。比总士、一骑等人高一年级的前辈将陵僚等人就读的龙宫岛中学，举行了错季的「毕业」典礼…。是的，那正是等待他们的命运之序章… Fenrir释放。最后传递的信息，用生命守护的岛。那里已经没有人了，而海流或许会把机体送回到岛上。他们的故事结束了。Festum离去了。L计划从目的上来说，无疑是成功了。L计划里的L是Left，是左边，也有离开的意思。从结局来看我却更愿意当成是 “剩下的 。” 半年时间里，龙宫岛上的人们继续享受着他们用生命换来的短暂和平。从海流中打捞上来的残骸，发现了记录。只有音频，只能猜测，曾经在那里的一定是那个曾经病弱的少年。沉默和眼泪，战斗的痛苦，生存的渴望，以及更多。Angela的声音又一次响起，被拯救的人，被留下的人，还生存着的人，将要继续背负着他们留下来的希望和责任以及前线战斗者的痛苦，感谢的继续生存下去 。 半年之后，又会有一批少年们为了保护岛，保护家人和朋友，继续战斗着

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剧场版剧情发生于2004年TV版动画《苍穹之法芙娜 Dead Aggressor》剧情的2年之后，2015年TV版动画《苍穹之法芙娜 EXODUS》剧情的半年之前，讲述了苍穹作战成功、北极星核被破坏后因人类军对festum的主动战争而引发的想要消除痛苦的festum对真壁一骑等人所在的龙宫岛进行的战争：虚无与存在间地再一次地碰撞，对和平的追求与战争播种的仇恨间地激烈冲突，以及战争最后皆城总士的归来...

红音找到了驾驶员不被同化的方法，就在大家为之庆贺的时候，史彦为大家带来了两个不好的消息：一是一人出事，全员相位操作就会损坏；二是一人需要承担所有人的痛苦。为了找到大气圈之外的出口，史彦决定把这个计划定为“苍穹计划”。而与此同时，乙姬也决定与岛同化。作为主力先锋的法芙娜队，能不能在北极找到新的曙光……

人类和菲斯特姆的最终决战终于到来，投身战场的一骑和大家秉承着一定要活着回来的信念而战斗。乙姬为了龙宫岛选择了消失，然而在她消失的尽处又产生了新的生命。最终为人类赢得胜利的一骑却失去了总士，即使紧紧抓住还是只能失去。“总士……我就在这里……在这里……等你……永远……”一骑忍不住流下了眼泪，“只要你依然相信……有朝一日我定会回来……回到有你的地方……”苍穹的尽头传来的是总士的声音，一骑能够等到总士的归来么……