在一座落于太平洋的孤岛“龙宫岛”上，岛上的少年们在好奇心的驱使之下转开收音机，听到了未知者发出的声音：“你，在那里吗？（あなたはそこにいますか……）”。 在数年后的西历2146年，龙宫岛再次响起那把声音。有着金色外表、由硅所构成的未知生命“异界体（Festum）”袭击了龙宫岛，一口气摧毁了眼前的和平。 真壁一骑是个生长在日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的。但当Festum开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法芙娜（Fafner）和Festum战斗──在激战的彼端，等待着他的是……