所羅門預言實現，祝福者來襲，龍宮島的和平遭遇嚴重危機。皆城司令犧牲，能拯救大家的只有戰鬥。「總士，我們會到哪裡去」「樂園」總士的一句話使一騎從此踏上了駕駛法芙娜的征途…

一騎在總士幫助下成功消滅祝福者。然而一騎的身體卻因為駕駛法芙娜而發生了變化，潛藏的危機圍繞著一騎。戰鬥結束後無法歸來的人帶給生者巨大的傷痛，以一騎為首的一群少年和少女的命運也面臨著改變…

生命是迷茫還是歡欣，人們都有自己的答案。繼一騎後有資質的少年和少女們也開始了戰鬥訓練。沉眠中的乙姬出現覺醒的先兆，給龍宮島的未來帶來未知的變數…

新國聯偵察機和祝福者一同出現，龍宮島要如何應付？一騎不聽命令堅持救人使得龍宮島終於暴露在了新國聯的視線裡。龍宮島的先進技術結晶引起了新國聯的覬覦…

一騎在遠處和祝福者戰鬥，失去了法芙娜保護的龍宮島遭受到菲斯特姆的嚴重破壞。和一騎約定要保護好島嶼的翔子，決定戰鬥…

翔子為了遵守和一騎的約定不顧病弱的身體，毅然駕駛六號機和祝福者戰鬥。然而不諳操作Fafner的她卻被祝福者纏住無法脫身，她只好選擇與敵同歸於盡…

消失在天空中的少女，繼續戰鬥著的少年。露出憤怒的表情是大人們，然後留下淚水的也是大人們，大家感受到的不是戰鬥中生還的喜悅，而是必須犧牲某人的無奈，光是承受這些就已經讓大家筋疲力盡…

固執地認為是一騎和總士放棄了翔子的甲洋，奮力營救救生艇。在成功救援之後，迎接他的卻是祝福者侵蝕心靈的同化…

沉沒的法芙娜，似乎象徵著甲洋冰封的心，他是否將不再醒來？看著被同化後的他，大家不斷自責。只有總士，卻說出了冷酷的話。一騎車忍不住問總士「對你來說，法芙娜和我們哪一個比較重要？ 」「法芙娜」總士的回答讓他震驚…

感覺到總士似乎不再是他所熟悉的總士，一騎迷茫了。心的距離似乎難以逾越，一騎想要為總士做些什麼卻無從入手。而駕駛法芙娜之前的他有人會記得麼…

迷失方向的一騎聽從了徠谷由紀恵的安排，帶著法芙娜離開了島嶼。只是希望看見外面世界的他，沒想到迎接他的竟然是新國聯的監禁…

在戰鬥時，透過Fafner和Siegfried系統的同步，曾經多少次分享彼此的感受，痛苦和傷痕也是一騎和總士之間的一種強烈羈絆。然而，太想了解自己的一騎，是否已經忘了總士的存在，甚至連如何能挽回都已弄不明白…

「靠機器偷看別人的內心就算是了解麼？ 」總士被真矢這樣質問，他是真的不了解一騎麼，還是只是不善於表達。另一方面，新國聯的軍事基地遭到了祝福者的狂襲，一騎是否能平安無事…

新國聯軍隊來襲，乙姬覺醒後自己走出了島嶼的基地。 而在新國聯基地為了讓一騎繼承迷失的意志，真壁紅音將最新型的法芙娜交給了他…

一騎在戰鬥中面臨被祝福者同化的危機，而執著想見總士的信念拯救了他。因為尋找一騎而去了新國聯的真矢在硝煙漸漸消退的戰場發現了一騎的身影…

本已失去的龍宮島控制權，在乙姬幫助下重回大家手中。新國聯面對祝福者的攻擊一籌莫展，一騎及時歸來為保護島嶼而戰…

總士和一騎終於能夠坦白的面對彼此，曾經的隔閡消失。未來等待他們還是戰鬥…

真矢父親的造訪，使得真矢的未來發生巨變。即將步入戰鬥行列的她卻為此感到欣慰……

真矢瞳眸裡映出的是名為戰爭的地方，第一次戰鬥的她意外地表現出色。一直失去意識的甲洋竟然醒了…

因節慶而熱鬧非凡的龍宮島由於甲洋的出現而蒙上了不安的色彩，曾經一起的伙伴們執意保護他不被射殺。 終於，在總士機巧的幫助和一騎的努力下圓滿解決…

正在成為回憶的現在和正悄悄逝去的生命，在咲良措手不及的時候，另一種形式的結束方式悄然來到。終於打敗一騎的劍司卻再也看不見心上人的微笑……

失去的光芒，憤然挺身的心情，隨著咲良的倒下大家的命運再一次發生變化。一向怯懦的衛因為想要保護大家而變得無比堅強…

被奪走的力量，正被奪走的希望，厄運在大家還不適應的時候再一次降臨。「總士，總士~~~」眼睜睜看著總士被祝福者帶走，一騎只能悲痛欲絕地呼喊……

為了尋求人類和祝福者共存的未來，真壁紅音、乙姬和真壁史彥在山頂對話。而一騎得知總士還活著的消息後欣喜萬分。最終的決戰即將展開，一騎、真矢、劍司、卡農相約帶著總士一起回來…

紅音找到了駕駛員不被同化的方法，就在大家為之慶賀的時候，史彥為大家帶來了兩個不好的消息：一是一人出事，全員相位操作就會損壞；二是一人需要承擔所有人的痛苦。為了找到大氣圈以外的出口，史彥決定把這個計畫定為「蒼穹計畫」。而同時，乙姬也決定與島同化。作為主力先鋒的法芙娜隊，能不能在北極找到新的曙光…