謎の少年・アルファに襲われた天馬。彼を救ったのは、200年後の未来からやってきたという少年・フェイだった。アルファのチーム、「プロトコル・オメガ」とサッカーで勝負することになった天馬とフェイ。スピード、テクニック、すべてにおいて常識を超えた実力に加えて、化身を鎧として纏う『化身アームド』という力を持つアルファたちのプレイに、天馬は驚かされるばかり。前半終了後、不思議な力を身に纏ったフェイと、新たな必殺技を編み出した天馬が対抗するが、アルファに全く歯が立たない。突然、試合を中断して去っていくアルファたち。彼らは何者なのか。残されたフェイは、なぜ雷門中サッカー部が消えてしまったのかを語り始める――。

雷門中サッカー部を、そしてサッカーそのものを消滅させるために活動する『エルドラド』。彼らの暴挙を止めるため、雷門中サッカー部始まりの場所である過去の雷門中――入学したばかりの円堂守の元へとタイムジャンプした天馬とフェイ。そこに、再びアルファたちが姿を現し、円堂からサッカーを奪うために試合を挑んできた。激しくボールをぶつけて天馬たちを痛めつけるアルファ。サッカーは人を傷つけるものじゃないと憤る円堂は、必殺技でアルファのシュートを受け止める。その姿に触発された天馬も力を見せつける。とそこに、天馬がよく知る、ある少年が姿を現す――。

アルファとの試合を終えて、円堂の雷門中サッカー部設立を守った天馬たちは、歴史が元に戻ったかどうかを確かめるべく雷門中へと戻る。すると、神童をはじめ、他のメンバー達はサッカー部に戻っていたが、剣城の姿だけが見当たらない。それは、試合に協力してくれた剣城の兄・優一の存在があるためだという。剣城京介のいる、本当の雷門中サッカー部を取り戻すため、再び過去へと向かおうとする天馬。その前に、京介ともう一度だけ一緒にサッカーを楽しみたいと願う優一だが、京介は頑なにそれを拒む。そんな京介に、想いを届けようとする天馬――。そして、過去に飛んだ天馬たちの前には、幼い日の優一と京介がサッカーを楽しむ姿があった。そこに再び姿を現したアルファは、天馬たちに戦いを挑む。

歴史の改変をさせないためにも、何があろうと勝利してみせる。弟のため、強く心に誓った優一と共に戦い、剣城がいる本来の雷門中サッカー部を取り戻した天馬たち。しかし、その喜びもつかの間、政府が出した法律で、サッカーが禁止されてしまう。せっかく元に戻ったはずの雷門中サッカー部は廃部に。日本代表が日米親善試合の暴力行為でアメリカ代表の選手たちに大怪我をさせてしまったため、サッカーは危険で野蛮なスポーツだとされてしまったのだ。驚く天馬たち。これもエルドラドのチーム、プロトコル・オメガ2.0が試合に介入して、歴史を変えた結果だった。自分たちの未来――サッカーがプレイできることを勝ち取るため、雷門イレブンはプロトコル・オメガ2.0との戦いを決意する。

サッカー禁止の歴史は変えられず、円堂監督はエルドラドの手に堕ちた。その上、雷門イレブンのサッカーへの想いまで奪われてしまい、孤立してしまう天馬たち。監督や仲間を取り戻すには、自分たちが強くなって、プロトコル・オメガ2.0を倒すしかない。そのためには自分たちの力を高めて、化身アームドを出せる実力を身につける必要がある。雷門中の伝統にのっとって、特訓を始めようとする天馬たち。しかし、サッカー禁止令のため、特訓をする場所すら見つからない。サッカーを嫌いになってしまった仲間たちのことを思い出し、意気消沈してしまう彼らのもとに、ある人物から連絡が入る。そして、彼の口から発せられた意外な言葉に、天馬たちは……。

エルドラドの歴史介入を許すわけにはいかない。円堂監督を救う手助けをすると告げた豪炎寺が天馬たちを導いたのは、かつてフィフスセクターが究極の選手を生み出すために使っていた訓練施設、ゴッドエデンであった。「化身の声を聞く」という言葉を手掛かりに、化身アームドの特訓を始めた天馬たち。なかなかうまく結果を出せない彼らの前に、プロトコル・オメガ2.0のメンバーが再び現れ、勝負を挑んでくる。化身アームドを使えない天馬たちは復讐に燃える彼らに痛めつけられるだけ。まさに勝負が決まろうとしたその時、謎の化身が出現し、天馬たちの姿は掻き消えてしまう。彼らを救った人物は、かつてこの地で戦ったあの人物であった……。

ついに、本当の化身アームドの力を手にした天馬。しかし、サッカー禁止令によって、雷門中学のサッカー棟は取り壊されることになり、サッカーに関わるものが次々と消されていく。封印されてしまった円堂監督を助け出す為には、皆が化身アームドを出来る位の力を手に入れ、プロトコル・オメガ2.0を倒さなくてはならない。その手掛かりは『覇者の聖典』にあるかもしれない。伝説のサッカープレイヤー・マスターＤによって、最強のサッカーチームの秘密が記されたといわれているその聖典を手に入れるため、200年後の未来にタイムジャンプする天馬たち。サッカーへの想いの結晶ともいえる『覇者の聖典』は、厳重なセキュリティに守られた博物館の中に保管されていて……。

200年後の未来から『覇者の聖典』を手に入れた天馬たち。しかし、聖典は暗号で書かれており、これまで誰にも解くことができなかったその内容は、まったく解読できない。書いた本人であるマスターＤに内容を聞こうにも、彼が誰なのかわからないために、探しようもなく頭を抱える天馬たち。そこにやって来た春奈と秋が、驚きの事実を告げる。聖典は円堂監督の祖父、円堂大介のノートにそっくりだったのだ。マスターＤは円堂大介かもしれない。その可能性を信じて、天馬たちは鬼道と共に大介に会いに向かう。

雷門中とプロトコル・オメガ2.0との戦いを見て、監督になると申し出る円堂大介。「勝利への道は３Ｄ」という彼の言葉に、天馬たちそれぞれはその答えを探しながら戦う。敵の動きをヒントに新たな必殺タクティクスを生み出した雷門イレブン。フィールド全体を使って、バラバラの点を繋ぐ――ボールの行先を悟らせないダイレクトパスで天馬に繋ぎ、シュートを決める。さらに剣城は大介のアドバイスをきっかけに化身アームドを完成させ、逆転に成功する。しかし、本気を出したプロトコル・オメガ2.0は、桁違いのパワーを発揮して雷門を圧倒。敗北を喫した彼らの前で、円堂大介を封印しようとする……。

大介の考えた究極の夢、最強のイレブンを実現するため、時空を超えてメンバーの力を集めることになった天馬たち。まずは、「人を見抜き大局を見抜く、静と動を併せ持つ真実のゲームメーカー」を求めて、織田信長の時代へと向かうことに。尾張の地に降り立った彼らは、目の前に広がる時代劇さながらの風景に興奮を隠せない。さっそく、信長にたどり着くための手掛かりを探し始めるが、なかなか有力な情報は手に入らない。そんな中、天馬と信助は藁と縄で作った玉で遊ぶ太助たちと知り合い、サッカーのような遊びに混ぜてもらう。すっかり仲良くなった天馬たちであったが、子供をさらって他の国に売り飛ばしているという、白鹿組に太助たちがさらわれてしまい……。

さらわれた太助たちを追って、白鹿組のアジトに向かった天馬たちの前に姿を現したのは、紅菊の姉御――プロトコル・オメガ2.0のベータであった。彼女はスフィアデバイスを使い、白鹿組を操っていたのだ。太助たちを救うには、操られた白鹿組にサッカーで勝たねばならない。太助たちをチームに加えて白鹿組に挑む天馬たち。しかし、初めてのサッカーに戸惑う太助たちはうまくプレイできず、対する白鹿組はベータに与えられた力で激しい攻撃を繰り出してくる。神童の的確な指示によって、太助たちは持ち直すものの、天馬も剣城も白鹿組に化身アームドを塞がれてしまい、なかなかプレイがかみ合わない。白鹿組にリードされたまま前半が終了。あせる天馬たちであったが、木下藤吉郎が妙案を思いつき……。

今川義元のために兵を集めていたという白鹿組。ベータたちは信長と敵対している今川に協力することで、歴史を変えようとしているのかもしれない。何とかして信長に近づくために、ワンダバが考え付いたのは、宴の踊り子に化けて信長に接近するという作戦であった。太助の姉・勝の力を借りて踊りの練習に励む天馬たち。一方、神童は信長のオーラを受け入れるだけの大きな器を体得すべく、ひとり特訓に励んでいた。どうして自分は化身アームドを体得できないのか。思い悩む彼に、勝の優しいひとことが大きなきっかけを与える。「サッカーを好きな気持ち」というヒントを得て再び特訓を再開する神童。ようやく花見の宴に侵入した天馬たちに待ち受けていたものとは――。

化身アームド、そして信長の力を身に着け、ゲームメーカーとしてひとまわり成長した神童。円堂監督を取り戻すことはできなかったが、プロトコル・オメガ2.0に勝利したことで仲間たちの洗脳は解かれ、元のサッカーが大好きな雷門イレブンの姿を取り戻す。しかし霧野は成長した神童の姿を見て嫉妬にも似た感情を抱き思い悩んでいた。そんな折、天馬たちの前に菜花黄名子という見知らぬ少女が現れる…。一方、時空最強イレブンの次なる力――仲間の勇気を奮い立たせ、鉄壁の守りに変えるカリスマディフェンダーを求め、ふたたび時空を越えることになった天馬たちを、ある不思議な事件が襲う――。

ジャンヌ・ダルクの力を求めてタイムジャンプした天馬たちがたどり着いた先は、中世フランスの戦場だった。敵国のスパイに間違えられそうになりながらも、本物のジャンヌと出会い、彼女と同行することに。疑いが晴れぬまま監視されているうちに、ついついサッカーの練習を始める天馬たち。その姿に興味を覚えたジャンヌに、自分たちは大切なもの＝サッカーを守るためにここに来たのだと告げる。一方、新たにガンマをキャプテンとして雷門イレブンを追っていたプロトコル・オメガ3.0は、ムゲン牢獄を脱獄したザナーク・アバロニクに襲われていた。ガンマたちをあっさりと倒したザナークは、彼らに恐るべき力を与える。

神のお告げを受けて、長い間、戦争の続くフランスを救うべく立ち上がったジャンヌ・ダルク。敵軍に支配されたオルレアンの街を解放するため、必要となる援軍を求めて、彼女と共にシャルル王子の元へと向かう天馬たち。なんとかシャルル王子と会うことは許されたものの、周囲の目は疑わしそうなまま。その様子に不安を隠せないジャンヌ。天馬たちの励ましを受け、従者として付き従う霧野と共に広間に通された彼女は、目の前の人物が本物のシャルル王子ではないと言い放つ。一方、ジャンヌ達の戻りを待つ間にサッカーを始めた天馬たち。人数が足りないと、通りかかった兵士の男を交えてゲームを始める。なぜか偉そうなその兵士は、すっかりサッカーが気に入った様子で――。

化身アームドは身につけたが、敵はそれ以上に強くなっている。雷門のゴールを守り切らなければと力み過ぎるあまり、逆に本来の自分らしいプレイを出来ずにいる信助に、三国は失敗を恐れずに思い切りやれとアドバイスする。一方、時空最強イレブンを実現するため、今度は三国志の時代へとタイムジャンプすることになった天馬たち。次なる力、「未来をも見通す状況推理能力で敵の急所をつく、正確無比のミッドフィルダー」と、「大国を治める力、強靱な行動力と実行力を持つ、鉄壁のキーパー」のオーラは諸葛孔明と劉玄徳が持つという。三国は、絶対に劉備の力を手に入れて戻ってくるよう信助を激励する。さらに豪炎寺に事情を聞いた雨宮太陽を新たに仲間に加え、雷門イレブンは三国志時代に向かう。

劉備と共に孔明の要塞に潜入する天馬たち。その矢先、ザナークのマインドコントロールを受けてしまった関羽と張飛を加えた新たな敵がサッカーバトルを挑んでくる。試合中、ゴールキーパーだったはずの劉備が前線に出てきたことで、さらなるピンチを迎えてしまうも何とか勝利を収める。さらに奥へと進んだ先では、劉備がよく考えずに行動をするせいで、要塞に仕掛けられた罠に足止めを食らう羽目になる。そんな慎重さを欠く彼の行動に怒りを覚える信助。困難の末に罠を突破した天馬たちであったが、その先で待ち構えていたのは、からくり兵馬俑との勝負だった。再びキーパーとして試合に出る劉備であったが、試合中に腕を痛めてしまい信助が試合に出ることに。「迷ったら、飛べ！」劉備の言葉が信助を奮い立たせ、天馬たちはからくり兵馬俑戦に勝利を収めた。