ジャンヌ・ダルクの力を求めてタイムジャンプした天馬たちがたどり着いた先は、中世フランスの戦場だった。敵国のスパイに間違えられそうになりながらも、本物のジャンヌと出会い、彼女と同行することに。疑いが晴れぬまま監視されているうちに、ついついサッカーの練習を始める天馬たち。その姿に興味を覚えたジャンヌに、自分たちは大切なもの＝サッカーを守るためにここに来たのだと告げる。一方、新たにガンマをキャプテンとして雷門イレブンを追っていたプロトコル・オメガ3.0は、ムゲン牢獄を脱獄したザナーク・アバロニクに襲われていた。ガンマたちをあっさりと倒したザナークは、彼らに恐るべき力を与える。

化身アームドは身につけたが、敵はそれ以上に強くなっている。雷門のゴールを守り切らなければと力み過ぎるあまり、逆に本来の自分らしいプレイを出来ずにいる信助に、三国は失敗を恐れずに思い切りやれとアドバイスする。一方、時空最強イレブンを実現するため、今度は三国志の時代へとタイムジャンプすることになった天馬たち。次なる力、「未来をも見通す状況推理能力で敵の急所をつく、正確無比のミッドフィルダー」と、「大国を治める力、強靱な行動力と実行力を持つ、鉄壁のキーパー」のオーラは諸葛孔明と劉玄徳が持つという。三国は、絶対に劉備の力を手に入れて戻ってくるよう信助を激励する。さらに豪炎寺に事情を聞いた雨宮太陽を新たに仲間に加え、雷門イレブンは三国志時代に向かう。