パンドラによるテレビ放送の電波ジャックが続いていた。日本全国のエスパーに向け、パンドラへの参加を呼びかけるCMを放送しているのだ。バベルは電波の発信源特定に全力を傾けるが、依然不明のままであった・・・。一方、その実行犯である『電磁波義兄弟』ことエレキ・照＆マグ熱斗は、次の一手を画策していた。それは・・・最強の特務エスパー『ザ・チルドレン』の正体をテレビで放送することだった！！チルドレンは電波ジャックを阻止できるのか！？・・・時を同じくして、ここはバベルのとある施設。深い眠りについていた一人のエスパーが、今目覚めようとしていた・・・。

とある山小屋で『ザ・チルドレン』と『ワイルドキャット』の合同訓練が行われていたが、そこに皆本の姿は無い・・・。皆本は局長に連れられ、バベルのとある施設を訪れていたのだ。局長の話では、この施設で、バベル創設に関わる重鎮が十年もの間眠り続けているのだという。兵部、そしてパンドラが動き出した今、その重鎮の力を借りるべく、ここにやって来たのだ。重鎮の名は蕾見不二子管理官。すったもんだの挙句、ようやく目覚めた蕾見。兵部の元同僚で、とっくに80才を超えているはずなのだが、見た目はうら若き美人。戸惑う皆本に、蕾見はいきなり熱～いキスを浴びせ・・・！？

蕾見の作戦に乗り、皆本を深く傷つけてしまったチルドレンたち。皆本は大激怒、チルドレンの担当主任を辞めると言いだした。そんな大事になるとは思いもしなかった3人は泣いて謝るが、皆本は許さない。やがて泣き叫ぶ3人の超能力が大暴走、大混乱のバベル本部だったが、蕾見が3人をなだめて事無きを得る。続いて蕾見は皆本と2人きりで話すことを要求、エスパードルフィン・伊号中尉が見せたあの悲惨な未来の予知について語り始める。自分しか知らないはずの予知を、蕾見が知っていたことに驚く皆本。蕾見曰く、予知を回避する方法は、皆本とチルドレンがデキちゃうことなのだという。その真意は！？

エスパー犯罪者による銀行襲撃が予知され、出動直前の皆本。蕾見に呼び止められ、見せられたモニターに映し出されたのは、『懸案事項666号』と呼ばれる予知。その内容は「特務エスパー『ザ・チルドレン』は天使か？悪魔か？」という衝撃的なものだった。現在はまだ曖昧な予知だが、もしも完全に悪魔100%になってしまった時は・・・と、皆本に警告する蕾見。複雑な心境で出動する皆本だったが、能力をパワーアップさせることに重点を置いて開発した『新型リミッター』をチルドレンに与え、あらためて3人を守り抜くことを心に誓うのだった・・・。

皆本の京都出張にあわせて実家に帰ることにした葵。二人きりの旅行だとはしゃぐ葵だったが、そこへコメリカのエスパー『ザ・リバティベル』のケン・マクガイアが現れる。実は皆本の出張、世界遺産を破壊して回る国際的なエスパー犯罪者を追っているケンの案内役をすることだったのだ。そんなことはお構い無しにはしゃぐ葵に、皆本はキツイ一言を言ってしまい、機嫌を損ねた葵はどこかへ行ってしまう。と、その時、ケンの遠隔透視能力が世界遺産を破壊する犯罪者を発見するが・・・。皆本とケンは、京都の景観を守れるのか！？

皆本と葵が京都にいるその頃・・・。賢木は、薫と紫穂の面倒を見ている朧を狙って、皆本のマンションを訪れていた。しかし当ては外れ、2人を賢木に預けて職務に戻ってしまう朧。ふてくされる賢木の横で、ゲーム対決を始める薫と紫穂。サイコメトラーの紫穂は、ゲームのコツもバッチリわかっており、わざと手を抜いて薫を勝たせていたが、薫もそれに気付いてしまう。同じサイコメトラーの先輩である賢木は、心得をアドバイスをするのだが、聞く耳を持たない紫穂。そんな火花散る中、互いのプライドを賭けてゲーム対決をすることに。勝つのはレベル7の紫穂か、人生経験に勝る賢木か！？

今日はチルドレンの通う小学校の遠足の日。これが初めての遠足ということで、ワクワクの３人。特に薫は、この遠足で楽しみにしていることがもう一つあった。それは『お弁当』。有名女優である薫の母は家事とは無縁、薫は手作り弁当を食べたことがなかったからだ。そんな薫に、皆本が作ってくれた初めての手作り弁当。クラスメイトに自慢する薫だったが、そんな時、薫をからかおうとした東野がお弁当を奪取、取り返そうとした薫と揉み合いになった拍子に、なんとお弁当は谷底へ真っ逆さま・・・！クラスメイトの前では絶対に超能力は使えない。薫はお弁当を取り戻すことが出来るのか！？

大規模なバイオ・ハザードが予知された。現場へと向ったチルドレンの３人が目にしたのは、廊下で倒れている職員達。よ～く見てみると、職員達の頭には大きなタンコブが。紫穂のサイコメトリーによると、どうやら自分にたかっている『ハエ』を叩くのに失敗して、気絶したらしい。とその時、一匹のハエが紫穂の額に。すると、突然「人間の時代は終わった！これからはハエの時代だ！！」と珍発言を！人格がハエに支配されてしまったのか？・・・というのは作戦で、現状を把握するためにわざとハエと繋がったのだ。予知の正体がわかったのもつかの間、今度は皆本がガチで支配されてしまった！ハエ人間と化した皆本を救えるのか！？

放課後の二条女子高等学校・美術室。そこには特務エスパー『ワイルドキャット』こと梅枝ナオミともう一人、しなやかな手で百合の花を生ける美貌の教師・瑠璃子の姿があった。夕日が差し込む静かな教室。「本当に・・・いいの・・・？」とやさしく問いかける瑠璃子に、恥ずかしそうに頬を染めてうなずくナオミ。ふわりと風に揺れるカーテン。じっと見つめ合う二人。そして瑠璃子の手が、ナオミの制服のリボンをゆっくりとほどいて・・・・・・谷崎悶絶の展開は、放送でじっくりとご覧ください！！

在日コメリカエスパーチームのケンとメアリー、そしてグリシャムが本国で犯罪エスパーと交戦。まだ年端もいかない少年に見えるエスパーだが、その能力はなんとグリシャムを上回っていた・・・。そして数日後。ケンたちの調べによると、彼は『ブラックファントム』という謎のエスパー犯罪組織の一員であるらしい。しかも、彼の次なる標的は、なんと日本！？訪日中のサルモネラ大統領の暗殺に動き出す可能性があるのだという。大統領警護のため、歓迎パーティの会場を訪れたチルドレンと皆本。はたして『ブラックファントム』は現われるのか！？

"トリプル・ブースト"の力で『ブラックファントム』を退けることに成功したチルドレンたち。兵部は、未来の薫の姿である『破壊の女王～クイーン・オブ・カタストロフィー～』誕生に手を貸しているのは、まぎれもない皆本なのだと言う。兵部の言葉に悩む皆本だったが、伊号がかつて予知した、自らの手で薫を撃たねばならないという悪夢の未来を覆すべく、決意を新たにするのだった。一方兵部は、皆本たちの元へパンドラの女性エスパーを差し向けようとしていた。『ドリーム・メーカー』と呼ばれる能力を持つ彼女の名は黒巻節子。彼女は、かつての特務エスパー訓練生だった！！

『ドリーム・メーカー』こと黒巻の能力によって眠り続ける皆本。薫は兵部の元を訪ね、皆本を目覚めさせたいと願うが、兵部は交換条件として薫を自らの手元に置こうとする。そんな時、薫を助けるために葵と紫穂が駆けつけるが、兵部の力は強大で、葵は倒されてしまう。仲間を傷つけられた薫は兵部に反発。怒らせてしまったお詫びにと、兵部は薫に一枚の写真を手渡す。それは、皆本が見たのと同じ、黒巻による念写写真だった。写真を見た薫は皆本の夢に入ることに成功、そこでの薫は大人の姿をしていて・・・。はたして薫は、皆本を夢から連れ戻すことができるのか！？

吹雪の雪山を進むチルドレンと皆本。目指すは蕾見管理官の別荘「旧蕾見男爵家別邸」だ。その頃バベルのほかのメンバーもゾクゾクと別荘に集まってきていた。目的はミッション・・・ではなく、今日は蕾見の計らいで、別荘でのんびりと羽を伸ばすことになったのだ。無礼講で盛り上がる一同だったが、屋敷の中で紫穂がトンデモないものを目撃して・・・！？ゲスト声優にオープニングテーマを歌う可憐Girl'sの3人も登場！コチラも必見です！！

チルドレンたちの力を危険視する政府高官から尋問を受ける桐壺や皆本たち。数々の器物損壊の事例、そして『ザ・チルドレン』は天使か？悪魔か？を予知した『懸案事項666号』を取り上げ、チルドレンの危険性を訴える高官たち。その時、蕾見が「チルドレンが国の利益に繋がることを証明する」と宣言した。一方、その頃チルドレンたちは下校直前。その時、校門の奥からドシン、ドシンという大きな音が響いてきた。その音の正体は、なんと巨大なゾウ。そしてゾウに乗った王子様、インパラヘン王国の皇太子、バトゥラ17世だった！！

エスパー犯罪組織『ブラック・ファントム』のアジトでは、チルドレンに興味を抱いた首領が、配下のエスパーを日本へ差し向けようとしていた。その頃日本では、薫が皆本とともに、バベルの研究施設へ出かけようとしていた。"トリプル・ブースト"の力が薫にもたらす影響を調べるためだ。その結果解ったのは・・・！？そして残された葵、紫穂にも海底トンネルで起こった火災事故の解決というミッションが。現場に急行した二人を待ち受けていたのは、『ブラック・ファントム』の少年エスパー、ティム・トイだった！！二人の運命は！？

チルドレンは宇宙空間での任務を想定した訓練を行っていた。国際月ステーションの建設という日米合同プロジェクトに備えてのものである。訓練後の検査室、テレビのニュースでもその話題が大きく取り扱われていた。プロジェクトの第一段階として、5日後にシャトルの打ち上げが行われるらしい。と、テレビに映し出されたシャトルの女性クルーを見た皆本がふと呟いた。「キャロライン・・・。」女性との関係を疑うチルドレンだったが、その時、バベル本部に侵入者が！その侵入者とは、先程の女性クルー、キャロラインだった！！皆本とキャロラインの関係は！？

コメリカによる高レベルエスパー開発実験により、キャロラインの中に生まれた人格、キャリー。大学時代の皆本は、幼い人格だったキャリーを育てた親代わりであり、キャリーにとってかけがえのない存在となった。だが、母体であるキャロラインのため、キャリーは自らの存在を封印し、二人には悲しい別れが訪れた・・・。そして現在、なぜか再び目覚めたキャリーは、皆本をバベル本部から誘拐、コメリカ政府による追跡チームから逃走していた。逃走の中で、かつての感情をよみがえらせる二人。一方、チルドレンは皆本を取り戻すべくキャリーを追おうとするが、蕾見に制止され、監禁されてしまい・・・！？

小学生たちの潜在超能力を測定する『全国一斉ESP検査』が行われる時期がやってきた。チルドレンたちの通う六條院小学校でも実施されるのだが、チルドレン３人の秘密を守るため、皆本や賢木らが検査スタッフとして駆り出されていた。そんな中、皆本が気になる数値を持つ児童を発見する。少年の名は河村タケシ。超能力が発現する直前のエスパーである可能性が非常に高く、予測される能力は最高でレベル６だという・・・。しかも、彼の父親は反エスパー団体『普通の人々』の支援者だと言われていて・・・・・・。

皆本が訓練でしばらくの間家を空けており、チルドレンの３人は元気がない様子・・・。そんな下校途中、３人の上空から一冊のノートが落ちてきた・・・。ノートは『そのとおりになるのです帳』。そのノートに書かれたことは高確率で現実になるという・・・。賢木を交え、ノートの真贋について話し合う中、試しに書いた『皆本が今すぐに帰ってくる』という記述が、なんと現実に起こってしまう。『本物だ！！』とてつもない力を秘めたノートを巡り、チルドレンたちの想像を絶する頭脳戦が繰り広げられることに・・・。はたして、新世界の神になるのは誰だ！？（嘘）

深夜、蕾見管理官に呼び出された皆本。用件は『懸案事項666号』について。『ザ・チルドレン』がこの世に破壊をもたらす悪魔となる確率がさらに上昇したのだという・・・。チルドレンの未来を守り抜くため、と蕾見は再び皆本にブラスターを手渡すのだった。一方、兵部の肉体にも異常が起こり始めていた。残された時間が少ないと考えた兵部は、ある行動に出た。チルドレンは、そして未来は一体どうなってしまうのか・・・？時計は一旦その針を進め、未来の想い出を語り始める。そこには、大人になった薫、葵、紫穂の姿があった・・・・・・。

高級ホテルで犯罪者を捕らえる任務についたチルドレンの３人。思わぬ反撃であわや皆本が・・・というピンチを薫が救うが、その後突然、力の制御が出来なくなってしまう。検査の結果、薫の脳に微細なダメージが見つかる。そんな中、チルドレンに出動命令が下るが、薫は出動不可、ダメージが回復するまで超能力の使用禁止を告げられ、お留守番をすることに。一人取り残され寂しい薫は、かつて同じような経験をしたことを思い出していた・・・。と、そこに澪と桃太郎が現われた。ともに『ブラック・ファントム』と戦おうと誘う、澪。薫とパンドラメンバーの共同戦線が始まる！？

事件解決のために出動していた谷崎主任が何者かに襲撃され、記憶喪失の状態で発見された。発見時、谷崎の手には『アザミの花』が握り締められていたらしい。そんな中『ザ・チルドレン』に出動要請が入る。いつも通りの活躍で、見事国際ギャング団の検挙に成功するが、最後に検挙したエスパーは記憶を失っており、その場には件の『アザミの花』が残されていた。アザミの花言葉は、報復・・・。そして記憶の操作・・・。残されたヒントから、皆本が事件の背後にいる存在に気付いた時、その魔の手が皆本に迫り、記憶を奪われてしまう！さらに兵部の暗躍も相まって、事態は皆本が子供になってしまうという史上最大のトラブルへ！！どうするチルドレン！？

謎の敵に記憶を奪われ、精神が10年前に戻ってしまった皆本。さらに兵部の催眠能力によって、10年前の姿に見えるように視覚情報を操作されてしまう。そこに存在するのは紛れもない、10歳の皆本少年。さらに兵部は、パンドラのメンバーを使ってチルドレンが通う小学校を占拠、皆本とチルドレンがクラスメイトとして過ごせるよう、お膳立てをする。その天才ゆえに小学校に通うことが出来なくなってしまった皆本少年は喜ぶが・・・。兵部の行動の目的とは！？そして、皆本の記憶を奪った謎の敵も動き出し、ザ・ハウンドが倒されてしまう。一体どうなってしまうのか！？

真のエスパー解放のために勢力を拡大するパンドラ。一方、チルドレン達も皆本の元で確実に成長していた。そして月日は流れて・・・・・・。チルドレンたちの新しい"アレ"も登場！アニメ『絶対可憐チルドレン』最終話、お見逃しなく！！