新宿の古びたビルで小さな事務所を営んでいる麻生祇燐は猫を探していた。しかし見つかったのは自分の記憶の実感が湧かないという青年・前埜光輝。事務所に帰るなり、唯一の仕事仲間であるミミに、仕事もせずに若い男を拾ってきたことを叱られるのだった。結局、光輝の記憶探しを手伝うことになった燐は、青山製薬がこの件と繋がりがあることを発見する。早速、青山製薬のパーティに紛れ込み、新たな手がかりを探す燐であったが、ローラという謎の女性に襲撃されることに! 記憶に隠された真相は果たして!?

1991年。事務所に新しく所属することになった前埜光輝(まえのこうき)は、開店休業状況を打開すべく営業を任された。その処遇に不満な光輝であったが、ふとしたきっかけで島崎有紀と出会い｢天使を見つけてほしい｣という依頼を受ける。一方、燐とミミも半ばお金の為に貴重な切手を探す仕事を請けていた。とりあえず切手に詳しい人物、通称・センセイに会うためにホームレス住居群を訪れる燐だったが、たいした情報は得られずじまい。しかしその翌日、依頼主が殺され、センセイも何者かに襲われ、さらにその見舞いに行った燐を、殺したはずのローラが襲撃する!真相は天使だけが知っている!?

2025年。ヴァーチャルアイドル瑠音(るおん)が、1.0(現実世界)の前埜輝紀(まえのてるき)の目前で何者かによって殺された。現場を目撃してしまったために、追われる身となった輝紀は、運よく保に救われ、燐の事務所に連れていかれる。｢前埜｣という名前に驚く燐とミミは、彼を匿うことを決める。彼を狙っている人間をおびき寄せるため、一緒に買い物に出る燐であったが、目前にはローラ。何とか撃退する燐であったが、輝紀に不死者であると知られてしまう。そんなある日、輝紀の携帯に死んだはずの瑠音から連絡が入る。それは2.0(仮想世界)で逢って欲しいというものであった!?

2055年。燐が消え去り長い時が過ぎた。前埜美汐はアクセサリーを物色中に、父親・輝紀の古い記録メディアを発見する。若かりし頃の輝紀の画像や燐の画像をいたずら半分に見ていた美汐は、その後のパーティーで燐そっくりの女性を発見する。その後、帰宅途中に女性の死体と、頬に血をつけた燐とばったり出くわした。思わず悲鳴を上げる美汐だったが、後から来た警官に死体が無いことを指摘される。不可解な現象に困惑する美汐であったが、自ら燐という人間を調査することに・・・。ユグドラシルを巡る混乱が世界を浸食する!?

エイポスと共に姿を消した燐。一縷の望みにかけて燐を必死に探すミミと美汐。一方、世界は不死にまつわる噂や事件で、混乱の様子を見せはじめる。世界が徐々に壊れはじめようとしているその時に、純白のウェディングドレスを着た燐は、見知らぬ古城の中で目を覚ます。城の中をさまよい歩く燐は、不死者でありながら死んでしまっている女たちを目の当たりにする。そしてもやのかかる城外の広場に行き着いた燐の元に、天使の群れが舞い降りる!