Nella città di Gotham City il noto criminale Joker e la sua assistente Harley Quinn rubano il Drago che Ride, una statuetta fatta di kryptonite. Saputo ciò Batman, eroe mascherato di Gotham, decide di andare a Metropolis nei panni del suo alter ego, il miliardario Bruce Wayne, e lì comincia ad avere una relazione amorosa con Lois, facendo ingelosire Clark. Anche il Joker va in tale città, dove si mette d'accordo con Luthor per eliminare Batman e Superman. Intanto i due supereroi hanno modo di confrontarsi l'uno con l'altro, finendo per scoprire ognuno la vera identità dell'altro.

Il Joker riesce a rapire Lois, attirando a sé Superman, con l'intento di utilizzare su di lui metà del Drago che Ride. Proprio per via della statuetta Superman sembra non avere scampo, ma Batman interviene facendo sciogliere la statuetta e salvando Superman e Lois. Visto l'accaduto Luthor si arrabbia moltissimo col Joker che, successivamente, attira Batman al porto, dove lo attacca.

Batman va al Daily Planet per trovare Clark, incontrando però Lois. Quando un robot di Luthor rubato dal Joker attacca Batman, il suddetto perde la maschera, facendo scoprire a Lois la sua vera identità. Visto l'accaduto Clark e Bruce decidono di mettere da parte la gelosia per Lois e aiutarsi. I due riescono così a fermare il Joker, che nel frattempo aveva rubato il Lexwing, un enorme velivolo della LexCorp, con cui aveva intenzione di distruggere tutto ciò che era stato costruito da Luthor. Successivamente Bruce Wayne torna a Gotham, interrompendo così la sua relazione con Lois.

Superman scopre che da un po' di tempo Batman è sparito dalla circolazione, così decide di andare a Gotham City dove scopre da Robin (l'aiutante di Batman), che Bruce Wayne ha lasciato la sua azienda e se n'è andato senza dare spiegazioni a nessuno. Sfruttando la sua abilità di imitare alla perfezione le voci altrui, Superman finge di essere Batman, indossando il suo costume e, indagando, scopre che Wayne è stato "infettato" da alcuni mini-robot, i nanites, che gli hanno fatto il lavaggio del cervello. Il colpevole di tutto ciò è Brainiac, che ha voluto usare Wayne sapendo che le sue aziende gli avrebbero permesso di entrare in possesso di un razzo. Superman si scontra quindi con Brainiac e, dopo aver distrutto il suo corpo, i nanites cominciano ad autodistruggersi, facendo riprendere a Wayne la sua coscienza.

Superman and Batman team up against an aging Ra's Al Ghul who sees Superman as the key to his continued immortality.