Virus Kiamat yang tercetus menyebabkan Jepun diperintah oleh GHQ. Pelajar sekolah tinggi Shu bertemu penyanyi idola Inori, tetapi dia diambil oleh tentera.

Senjata genetik mencetuskan pertempuran antara Rumah Mayat dan GHQ. Shu terselamat selepas menghancurkan satu Endlave. Gai memaksanya untuk bertempur bersama-sama.

Pertempuran tamat. Shu, yang menolak untuk menyertai Rumah Mayat, berfikir bahawa dia boleh hidup dengan aman semula, tetapi dia terpaksa melindungi kebebasan diri.

Shu dipenjarakan kerana disyaki terlibat dengan pengganas setelah dikhianati oleh Yahiro. Shu bingung sama ada dia boleh percaya pada Segai atau tidak. Penjara diserang.

Shu melepaskan diri dari penjara GHQ dan pergi ke tempat persembunyian Gai. Shu berlatih sambil memakai pemancar, muslihat Segai yang mahu menahan Gai.

Serangan satelit Leukosit memang dahsyat. Semua tenaga bantuan Rumah Mayat dihancurkan dan Gai tercedera, tetapi pasukan itu bergerak untuk membalas serangan.

Satu perjanjian antara Gai dan Segai memadamkan maklumat kejadian itu daripada GHQ dan Shu hidup seperti biasa semula. Rakan sekelasnya mengalu-alukan kepulangannya.

Shu mempunyai masalah dengan Souta Tamadate, tetapi Void dia diperlukan untuk misi Rumah Mayat. Dia menuju ke Oshima dengan Souta untuk melaksanakan tugasnya.

Shu berasa yakin selepas misi Rumah Mayat dan bersatu semula dengan Yahiro yang melarikan diri dengan adiknya Jun. Dia menghadapi serangan Segai sendirian.

Seluruh Tokyo huru-hara apabila virus menghablur dan merebak kepada musuh dan juga sekutu. Keido merampas kuasa dan menyalahkan Rumah Mayat sepenuhnya.

Yuu, penjaga kubur Daath, menggunakan bilah Void ke atas Gai dan mengambil Inori. Shu mengekori mereka dan terjumpa Keido yang bakal memulakan upacara tidak menyenangkan.

Mana hilang. Gai sudah tiada. Dua minggu berlalu sejak meletusnya bencana itu. Shu tinggal di tempat perlindungan dengan orang lain yang terselamat.

Keido mengumumkan tiada orang yang terselamat di Tokyo semasa sekatan. Pengepungan Garisan Merah bakal berlaku. Shu bertindak untuk meredakan rusuhan pelajar.

Pelajar tenteram semula setelah Shu menjadi presiden majlis pelajar baharu, tetapi masalah masih banyak. Shu terpaksa bermuhasabah susulan daripada satu tragedi.

Argo menyusupi Tokyo semasa sekatan untuk menyelamatkan Arisa, tetapi setelah tiba di sana, apa yang ditemui olehnya? Shu terperanjat apabila kebenaran terbongkar.

Arisa mendapat tahu rahsia untuk menamatkan pemerintahan zalim Shu. Dia terpaksa diam, tetapi khabar angin terus tersebar. Shu menggunakan rancangan "Penghijrahan".

Shu telah dihukum atas segala dosanya. Tiba-tiba Gai yang disangkakan telah mati muncul di hadapannya, namun dia sudah berubah dan membawa Shu ke dalam kesengsaraan.

Selepas bergelut, Inori akhirnya memaafkan dosa Shu. Shu bersemuka sendirian dengan Gai untuk membongkar segalanya, dan kuasa ajaibnya mengukir takdir baharu.

25 Disember 2039. Dunia seadanya telah tamat dan bermulalah dunia baharu. Kiamat keempat diumumkan kepada seluruh dunia dan Shu bersemuka dengan musuh tersuratnya.

Bermula pertempuran yang akan menentukan takdir umat manusia. Semasa kuasa-kuasa besar bertembung, Shu menyerang Wad 24, tempat Gai menanti, untuk menyelamatkan Inori.

Kiamat keempat semakin menghampiri bertujuan membentuk evolusi dan pemilihan kepada mereka yang hidup di bumi. Kedua-duanya harus menamatkan persengketaan pada masa lalu.