Ett apokalyptiskt virus har tvingat Japan att underkasta sig GHQ:s styre. Skoleleven Shu träffar på den populära sångerskan Inori, men hon förs bort av militären.

Genetiska vapen leder till en plötslig strid mellan Funeral Parlor och GHQ. Shu förstör en Endlave och undkommer faran. Gai tvingar honom att ansluta sig till kampen.

Striden är över. Shu, som vägrade ansluta sig till Funeral Parlor, tror att han kan återgå till sitt vanliga liv, men inser snart att han måste kämpa för sin egen frihet.

På grund av Yahiros svek blir Shu misstänkt för terrorism och fängslas, och han undrar om han verkligen ska tro på Segai från GHQ. Fängelset utsätts för en attack.

Shu flyr GHQ:s fängelse och söker skydd hos Gai. Han påbörjar sin träning med gruppen, samtidigt som han bär på en sändare som Segai gav honom för att kunna gripa Gai.

Angreppet från Leukocyte är brutalt – alla Funeral Parlors förstärkningssoldater omintetgörs och Gai skadas, men teamet planerar snart en hämndattack.

En överenskommelse mellan Gai och Segai leder till att informationen som GHQ har om incidenten förstörs. Shu återvänder till skolan och sitt gamla liv.

Shu har problem med Souta Tamadate, men han behöver hans Void för Funeral Parlor-uppdraget. Han beger sig till Oshima med Souta för att fullfölja sin uppgift.

Shus självförtroende har stigit efter det lyckade uppdraget. Han återförenas med Yahiro, som är på flykt tillsammans med sin bror Jun, och tar sig ensam an Segais attack.

När Shu inte kunde rädda Jun på grund av ett misstag orsakat av hans eget ego tar rädslan överhanden. Men när Tokyo blir attackerat måste han fatta ett beslut.

När viruset genomgår en förändring och sprider sig både bland fiender och allierade bryter kaoset ut i Tokyo. Keido genomför en kupp och lägger skulden på Funeral Parlor.

Yuu, Daaths gravväktare, använder en Voids klinga mot Gai och för bort Inori. Shu följer efter dem och hittar Keido precis när han ska påbörja en ondskefull ritual.

Mana är försvunnen, likaså Gai. Två veckor har gått sedan katastrofens början och Shu lever i läger med de andra överlevande.

Keido berättar att det inte finns några överlevande kvar i Tokyo. En belägring hägrar, och Shu beslutar sig för att göra något för att lugna de upprörda eleverna.

Argo infiltrerar Tokyo för att rädda Arisa, men vad hittar han när han når fram? När sanningen uppdagas skakas Shu i grunden.

Arisa får veta hur Shus tyranni ska kunna få ett slut. Hon tvingas hålla tyst, men ryktena går inte att stoppa. Shu åberopar ”Exodus-planen”.

Shu straffas för sina många synder. Gai, som man trodde hade omkommit, besöker honom, men han är förändrad och får Shu att känna sig förtvivlad.

Efter en kamp förlåter Inori äntligen Shu. Shu tar sig ensam an Gai och avslöjar allt, och hans mirakulösa krafter skapar ett nytt öde.

Juldagen 2039. Den värld vi känner slutar och en ny tar vid. Den fjärde apokalypsen är kommen till hela jorden, och Shu ställs mot sin fiende i en avgörande kamp.

En strid som ska avgöra mänsklighetens öde börjar. Under slagets gång intar Shu avdelning 24, där Gai väntar, för att kunna rädda Inori.

Den fjärde apokalypsen sprider ljus över evolution och urval för de som lever på jorden. De två måste avgöra fejden från det förflutna.