Japonia ajunge la mâna GHQ după izbucnirea Virusului Apocalipsei. Liceanul Shu o întâlnește pe Inori, o cântăreață populară, dar ea e capturată de armată.

Armele genetice provoacă o luptă între organizația Pompe Funebre și GHQ. Shu distruge o mașină Endlave și reușește să scape. Gai îl obligă să se alăture luptei.

Lupta s-a sfârșit. Shu refuză să se alăture organizației Pompe Funebre și crede că-și poate relua viața liniștită, dar află că trebuie să-și apere propria libertate.

Din cauza trădării lui Yahiro, Shu este încarcerat ca suspect în activități teroriste. Shu nu știe dacă să-l creadă pe Segai, maiorul din GHQ. Închisoarea e atacată.

Shu scapă din închisoarea GHQ și merge în ascunzătoarea lui Gai, unde se antrenează purtând un transmițător oferit în secret de Segai, care vrea să-l aresteze pe Gai.

Atacul satelitului Leucocită este violent. Toate întăririle organizației Pompe Funebre sunt distruse și Gai este rănit, dar echipa răspunde asaltului.

O înțelegere dintre Gai și Segai duce la eliminarea informațiilor despre incident din GHQ, iar Shu revine la viața sa normală. Colegii săi îl primesc cu brațele deschise.

Shu are un conflict cu Souta Tamadate, dar organizația Pompe Funebre are nevoie de Vidul său. El merge cu Souta la Oshima pentru a-și îndeplini misiunea.

Căpătând încredere după misiunea de la Pompe Funebre, Shu se reîntâlnește cu Yahiro, care fuge împreună cu Jun, fratele lui. El înfruntă singur atacul lui Segai.

Neputând să-l salveze pe Jun, Shu se teme să folosească Vidul din cauza greșelilor cauzate de propriul lui ego. Când orașul Tokyo este atacat, el trebuie să aleagă.

Virusul se cristalizează și atacă atât dușmani, cât și aliați, iar întregul Tokyo este cuprins de haos. Keido lansează o lovitură și dă vina pe cei de la Pompe Funebre.

Yuu, paznicul mormântului Daath, folosește tăișul Vidului asupra lui Gai și o ia pe Inori. Shu îi urmărește și îl găsește pe Keido pe cale să înceapă un ritual sinistru.

Mana a dispărut. Gai nu mai e. Au trecut două săptămâni de la izbucnirea dezastrului. Shu se adăpostește împreună cu restul supraviețuitorilor.

Keido anunță că nu există supraviețuitori în zona sub carantină din Tokyo. Asediul prin liniile roșii e iminent. Pentru a calma grupul de elevi, Shu decide să acționeze.

Devenit președintele Consiliului Elevilor, Shu restabilește ordinea, dar îl așteaptă multe probleme. O tragedie îl împinge pe Shu spre introspecție.

Arisa află secretul prin care tirania lui Shu poate fi oprită. Deși ea rămâne ascunsă, zvonurile se răspândesc. Shu vrea să pună în aplicare Exodul.

Shu e pedepsit pentru tot răul făcut. Gai, crezut mort, apare deodată în fața lui, dar este complet schimbat, iar Shu e cuprins de disperare.

Inori îl iartă în sfârșit pe Shu pentru răul comis. Shu îl înfruntă pe Gai de unul singur și adevărul iese la iveală, iar puterea sa miraculoasă urzește un nou destin.

25 decembrie 2039. Lumea așa cum o știm se sfârșește, iar o lume nouă se naște. Se declară a Patra Apocalipsă, iar Shu își înfruntă dușmanul fatidic.

Izbucnește o luptă care va decide soarta omenirii. Puteri imense intră în conflict, iar Shu invadează secția 24 pentru a o salva pe Inori, dar e așteptat de Gai.

A Patra Apocalipsă e pe cale să emită raza evoluției și a selecției asupra locuitorilor Pământului. Cele două forțe trebuie să-și rezolve conflictul din trecut.