Et utbrudd av apokalypseviruset fører til at Japan havner under GHQs makt. High school-eleven Shu møter popidolet Inori, men hun bortføres av militæret.

Genetiske våpen utløser et uventet slag mellom Funeral Parlor og GHQ. Shu ødelegger en Endlave og kommer seg i trygghet. Gai tvinger ham til å bli med i kampen.

Slaget er over. Shu, som nektet å bli med i Funeral Parlor, tenker at han kan returnere til et normalt og rolig liv, men han finner ut at han må beskytte friheten sin.

Shu arresteres mistenkt for å være innblandet i terroristhandlinger, som følge av Yahiros svik. Shu lurer på om han kan tro på GHQs Segai. Fengselet angripes.

Shu rømmer fra GHQ-fengselet til Gais skjulested, hvor han trener iført en hemmelig sender som han fikk av Segai, som ønsker å arrestere Gai.

Leukocyte-satellittens angrep er brutalt. Funeral Parlors forsterkninger ødelegges og Gai blir skadet, men teamet går inn for å kjempe tilbake.

En avtale mellom Gai og Segai sletter informasjon om hendelsen fra GHQ, og Shu vender tilbake til et normalt liv. Han blir ønsket velkommen av klassekameratene sine.

Shu har problemer med Souta Tamadate, men de trenger Voiden hans for Funeral Parlor-oppdraget. Han drar til Oshima med Souta for å utføre oppdraget.

Shu føler seg mer selvsikker etter Funeral Parlor-oppdraget, han gjenforenes med Yahiro, som er på rømmen med broren, Jun. Han møter Segais angrep alene.

Shu klarer ikke å redde Jun, og han blir overveldet av frykt for å bruke Voider på grunn av de egoistiske feilene han gjorde. Tokyo blir angrepet, og han må ta et valg.

Viruset krystalliseres og spres til både fiender og allierte. Tokyo er et eneste kaos. Keido setter i gang et kupp og legger all skylden på Funeral Parlor.

Yuu, Daaths gravvokter, bruker Voids blad på Gai og bortfører Inori. Shu følger etter dem og finner Keido i ferd med å starte et illevarslende ritual.

Mana har forsvunnet. Gai er borte. Det har gått to uker siden utbruddet. Shu bor på et tilfluktssted sammen med de andre overlevende.

Keido kunngjør at det ikke finnes flere overlevende i avsperrede Tokyo. En Red Line-beleiring er i anmarsj. Shu bestemmer seg for å gjøre noe for å dempe de arge elevene.

Ro og orden gjenopprettes blant elevene når Shu blir ny elevrådspresident, men problemene står i tur. En tragedie fører til at Shu må gå i seg selv.

Argo infiltrerer det avsperrede Tokyo for å redde Arisa, men hva finner han der? Sannheten som avsløres, blir for mye for Shu.

Shu straffes for syndene sine. Gai som var antatt død, viser seg for ham, men han er forandret og fører til at Shu mister håpet.

Inori tilgir Shu syndene hans etter en kamp. Shu møter Gai ansikt til ansikt og avslører alt. De mirakuløse kreftene hans skaper en ny skjebne.

25. desember 2039. Verden slik vi kjenner den ender og en ny verden begynner. Den fjerde apokalypsen annonseres for hele verden, og Shu møter en skjebnesvanger fiende.

Det bryter ut en strid som kommer til å avgjøre menneskehetens skjebne. Midt under den mektige kampen invaderer Shu distrikt 24, hvor Gai venter, for å redde Inori.

Den fjerde apokalypsen er nært forestående og kaster evolusjonens lys og utvalg over de som lever på jorden. De to må løse feiden fra fortiden.