การแพร่ระบาดของไวรัสล้างโลกทำให้ญี่ปุ่นตกอยู่ภายใต้การปกครองของจีเอชคิว ส่วนโอมะ ชูนักเรียนมัธยมปลายได้พบกับนักร้องไอดอลขวัญใจอย่าง อิโนริ แต่แล้วเธอกลับถูกทหารจับตัวไป

อาวุธชีวภาพทำให้เกิดการต่อสู้กันระหว่างกลุ่มนักจัดงานศพและจีเอชคิว ชูทำลายเอนด์เลฟและหนีพ้นอันราย ขณะเดียวกันไกบังคับให้เขาร่วมต่อสู้

การสู้รบจบลง ชูที่ปฏิเสธการเข้าร่วมกลุ่มนักจัดงานศพคิดว่าเขาสามารถกลับไปใช้ชีวิตปกติได้ แต่เขาจะต้องปกป้องอิสรภาพของตัวเอง

การหักหลังของยาฮิโระทำให้ชูถูกจับในฐานะผู้ต้องสงสัยที่เกี่ยวข้องกับผู้ก่อการร้าย ขณะเดียวกันชูสงสัยว่าจะเชื่อเซไกแห่งจีเอชคิวได้ไหม ส่วนสถานที่กักขังก็ถูกโจมตี

ชูหนีจากการคุมขังของจีเอชคิวไปยังที่ซ่อนของไก ซึ่งเขาได้เริ่มการฝึกโดยสวมเครื่องส่งสัญญาณที่เซไกให้เขาไว้อย่างลับๆ เพราะเซไกต้องการเข้าจับกุมตัวไก

การโจมตีของดาวเทียมลูโคไซต์รุนแรงมากจนกำลังเสริมของกลุ่มนักจัดงานศพถูกทำลายทั้งหมดและไกได้รับบาดเจ็บ แต่ทีมก็ยังพยายามหาทางตอบโต้

ข้อแลกเปลี่ยนระหว่างไกและเซไกทำให้มีการลบข้อมูลเหตุการณ์ออกจากจีเอชคิวและชูได้กลับสู่ชีวิตปกติ เพื่อนร่วมชั้นต่างต้อนรับการกลับมาของเขา

ชูมีปัญหากับทามาดาเตะ โซตะ แต่จำเป็นต้องใช้วอยด์ของเขาเพื่อภารกิจของกลุ่มนักจัดงานศพ เขาเดินทางไปโอชิมะกับโซตะเพื่อทำภารกิจให้สำเร็จ

เมื่อมีความมั่นใจมากขึ้นจากภารกิจของกลุ่มนักจัดงานศพ ชูได้พบกับยาฮิโระอีกครั้งซึ่งกำลังหนีจุนน้องชายของเขา ขณะเดียวกันเขาต้องเผชิญหน้ากับการโจมตีของเซไกคนเดียว

เมื่อไม่สามารถช่วยจุนไว้ได้ ชูถูกครอบงำด้วยความกลัวที่จะใช้วอยด์เพราะความผิดพลาดที่เกิดจากทิฐิของตัวเอง และเมื่อโตเกียวถูกโจมตี เขาจำเป็นต้องเลือก

โตเกียวต้องตกอยู่ในความวุ่นวายเมื่อไวรัสตลกผลึกและแพร่ระบาดไปทั่วทั้งในกลุ่มศัตรูและพันธมิตร เคอิโดะประกาศภาวะฉุกเฉินและโยนความผิดให้กลุ่มนักจัดงานศพ

ยู ผู้เฝ้าสุสานดาธ ใช้ดาบวอยด์กับไกและพาอิโนริหนีไป ชูตามทั้งคู่ไปและพบว่าเคอิโดะกำลังจะเริ่มพิธีกรรมอันเลวร้าย

มานะหายตัวไป ไกก็จากไป สองสัปดาห์ผ่านไปหลังจากเหตุการณ์ไวรัสระบาด ชูอยู่ในที่หลบภัยกับผู้รอดชีวิตคนอื่นๆ

เคอิโดะประกาศว่าไม่มีผู้รอดชีวิตเหลือในโตเกียวระหว่างปิดเขตกักกัน มีการปิดล้อมเมืองด้วยเส้นสีแดง และเพื่อทำให้การชุมนุมของนักเรียนสงบลง ชูตัดสินใจลงมือทำบางอย่าง

ชูได้เป็นประธานนักเรียนคนใหม่ แต่ยังมีปัญหามากมายรออยู่ และเมื่อต้องเผชิญกับโศกนาฏกรรม ชูจึงหันมาทบทวนตัวเองใหม่

อาร์โกแทรกซึมตัวเข้าสู่เขตกักกันในโตเกียวเพื่อช่วยอาริสะ แต่เขากลับได้พบกับบางสิ่งเมื่อเดินทางไปถึง ความจริงที่ถูกเปิดเผยทำให้ชูเสียศูนย์

อาริสะรู้ความลับในการโค่นชูจากบัลลังก์เผด็จการ แต่เธอถูกบังคับให้เงียบไว้ ทว่าข่าวลือยังคงแพร่กระจาย ชูพยายามดำเนินตาม "แผนอพยพ"

หลังจากพยายามต่อสู้ ในที่สุดอิโนริก็ให้อภัยต่อความผิดที่ชูกระทำไว้ ชูพยายามต่อกรกับไกเพียงลำพังโดยเปิดเผยทุกสิ่ง และพลังอัศจรรย์ได้นำพาเขาไปสู่เส้นทางชีวิตใหม่

25 ธันวาคม 2039 โลกที่เคยรู้จักได้ล่มสลายลงและโลกใหม่ถือกำเนิดขึ้น วันสิ้นโลกครั้งที่สี่ถูกประกาศไปทั่วโลก ส่วนชูต้องเผชิญหน้ากับศัตรูที่จะมากำหนดชะตากรรมของเขา

การสู้รบที่จะเป็นตัวตัดสินชะตากรรมของมนุษยชาติเริ่มต้นขึ้น ระหว่างการปะทะอันรุนแรง ชูบุกไปยังแผนก 24 เพื่อช่วยอิโนริ ซึ่งไกได้รอเขาอยู่ที่นั่นแล้ว

วันสิ้นโลกครั้งที่สี่ใกล้เข้ามาเพื่อฉายแสงแห่งวิวัฒนาการและก่อเกิดการคัดสรรสิ่งมีชีวิตบนโลก ส่วนชูและไกต้องสะสางความบาดหมางในอดีต